Groupe-couronnevignette|redresse=1.5|Un arbre phylogénétique. Le groupe-couronne est indiqué en rouge, le dernier ancêtre commun en jaune et le groupe-souche en bleu. En biologie de l'évolution, un groupe-couronne, aussi appelé groupe apical, est le plus petit clade comprenant au moins deux espèces vivantes, et de manière générale un ensemble d'espèces vivantes, c'est-à-dire le clade formé par leur dernier ancêtre commun et toutes les espèces qui en descendent, qu'elles soient actuelles ou fossiles.
Rang taxonomiquevignette|Principaux rangs taxinomiques. En nomenclature biologique, on nomme rangs taxinomiques, ou rangs taxonomiques, les niveaux hiérarchiques de la classification scientifique du monde vivant, qui du règne à l'espèce, forment les étages de la pyramide accueillant les taxons de la systématique d'un groupe donné d'animaux, de plantes, de champignons, de protistes, de bactéries ou d’archées.
PhyloCodeLe Code international de nomenclature phylogénétique, connu sous le nom plus court de PhyloCode, est un projet de développement d'un ensemble de règles formelles régissant la nomenclature phylogénétique. Sa version actuelle est spécialement conçue pour réguler la dénomination des clades, laissant la gouvernance des noms d'espèces à des codes basés sur le rang (CIN, CINZ, Nomenclature bactérienne). Le PhyloCode est associée à la Société internationale pour la nomenclature phylogénétique (ISPN). Catégorie:Nom
Symplésiomorphiethumb|upright=2|Illustration de apomorphie, synapomorphie et symplésiomorphie. En systématique phylogénétique (cladistique), une symplésiomorphie (ou caractère symplésiomorphique) est un caractère ancestral (ou plésiomorphie) partagé par deux taxons ou plus ; à condition qu’il soit hérité d’un ancêtre commun, ce caractère représentant l’état ancestral. Ce terme est donc plus précis que celui de « similitude » des généticiens et d’« homologie partagée » des évolutionnistes – cette dernière portant sur un patron commun dont les deux caractères, ancestral et dérivé, ne constitueraient que deux formes distinctes.
Systématique évolutionnistevignette|Arbre à « bulles », ici stylisé, typique de la systématique évolutionniste. La systématique évolutionniste, ou simplement évolutionnisme, appelée aussi systématique évolutive, éclectique ou synthétiste, est une école de systématique, et plus particulièrement de taxonomie (désignée dans ce cas par taxinomie ou taxonomie évolutive), qui a pour finalité d'établir une classification phylogénétique tenant compte à la fois de la généalogie des espèces et de leurs distances phénotypiques (notamment leurs différents plans d'organisation).
PhénétiqueEn biologie, la phénétique est une discipline de la systématique qui consiste à étudier les relations de similarité ou de dissimilarité globale entre les êtres vivants. L'objectif peut être de produire une classification (voir taxonomie) ou bien d'identifier les processus responsables de certains patterns comme les relations phylogénétiques.
Phylumvignette|Principaux rangs taxinomiques. En systématique, le phylum (au pluriel phyla) est le deuxième niveau dans la classification classique des espèces vivantes, le premier étant le règne. Ce terme est accepté par toutes les disciplines concernées par le monde vivant, comme terme principal ou comme terme de remplacement autorisé. Les mots embranchement et division (ou divisio) sont synonymes mais ne sont utilisés que pour certains règnes, embranchement en zoologie et division ou divisio en botanique.
RodentiaLes rongeurs ou Rodentiens (Rodentia) sont un ordre de mammifères placentaires (le plus grand ordre de mammifères, regroupant plus de ). Ces animaux se caractérisent par leur unique paire d'incisives à croissance continue sur chacune de leurs mâchoires (ce qui les distingue des Lagomorphes), qui leur servent à ronger leur nourriture, à creuser des galeries ou à se défendre. Le reste de leur morphologie est relativement variable, mais la majorité des espèces sont de petite taille, avec un corps trapu, des pattes courtes et une longue queue.
NomenclatureUne nomenclature est un système de classification (code, tableau, liste, règles d'attribution d'identité...) servant de référence dans le cadre d'une activité professionnelle, industrielle ou d'une discipline donnée (exemples : en chimie, en botanique, en zoologie, en astronomie). La nomenclature est un élément-clé de toute taxonomie. Le mot et l'idée viennent directement du latin nomenclatura. Primitivement, le nomenclator désigne l'esclave qui clame les noms des plats d'un dîner ou annonce les personnes à leur arrivée en un lieu.
SynapomorphieEn phylogénétique, un caractère synapomorphique, ou synapomorphie, est un caractère dérivé (ou apomorphique), partagé par deux ou plusieurs taxons-frères. Le partage par au moins deux taxons certifie que la dérive du caractère n'est pas simplement contingente, mais est persistante et caractéristique de nouvelles espèces viables. Une synapomorphie détermine ainsi un groupe monophylétique strict, ou clade, seul type de groupe reconnu par le cladisme.
Classe (biologie)En biologie, la classe est le troisième niveau de la classification classique (c’est-à-dire n’utilisant pas la notion de distance génétique) des espèces vivantes (voir systématique). Par exemple, selon la classification des biologistes Ruggiero (2015), les sept règnes du vivant sont constitués de 352 classes. Le nom des classes se termine par le suffixe -opsida chez les plantes, -phyceae chez les algues et -mycetes chez les champignons. Pour le règne animal, des suffixes par défaut sont seulement mis en place en dessous du rang de super-famille (ICZN article 27.
Nomenclature codesNomenclature codes or codes of nomenclature are the various rulebooks that govern biological taxonomic nomenclature, each in their own broad field of organisms. To an end-user who only deals with names of species, with some awareness that species are assignable to families, it may not be noticeable that there is more than one code, but beyond this basic level these are rather different in the way they work. The successful introduction of two-part names for species by Linnaeus was the start for an ever-expanding system of nomenclature.
Cladistiquevignette|300x300px|Cladogramme représentant les relations de degré de parenté entre taxons représentant les archées, les eucaryotes et les procaryotes. La cladistique (ou systématique phylogénétique) est la théorie des clades et des cladogrammes (du grec ancien , « branche »), et de la reconstruction des relations de parenté entre les êtres vivants. Un clade (groupe monophylétique) est un groupe dont tous les membres sont plus apparentés entre eux qu'avec n'importe quel autre groupe, et un cladogramme (arbre phylogénétique) est une hiérarchie de clades.
Phylogénétique moléculairevignette|Séquençage moléculaire La phylogénétique moléculaire est l'utilisation de séquences de macromolécules biologiques pour obtenir des informations sur l'histoire évolutive des organismes vivants, et notamment sur leurs liens de parenté (leur phylogénie). C'est un important outil d'étude parmi ceux de l'évolution moléculaire. Le produit d'une analyse de phylogénétique moléculaire est soit un arbre phylogénétique, soit un graphe du réseau phylogénétique.
Type (biologie)thumb|Holotype de l'étoile de mer fossile Marocaster, au Muséum de Toulouse. thumb|Holotype de la rascasse fossile Scorpaena jeanneli, au Muséum de Paris. thumb|220px|Holotype de Lethe corbieri, papillon fossile de l'Oligocène de Provence. thumb|Holotype de Testudo hermanni Gmelin, 1789 (plastron détaché), Musée zoologique de Strasbourg En systématique, un type est l'élément de référence attaché à un nom scientifique à partir duquel une espèce a été décrite.
Taxonthumb|upright=1.5|Les taxons sont des entités nommées, constituées d'organismes vivants regroupés et identifiés par la taxonomie : 1-Règne 2-Embranchement 3-Classe 4-Ordre 5-Famille 6-Genre 7-Espèce Un taxon est une entité conceptuelle qui regroupe tous les organismes vivants possédant en commun certains caractères taxinomiques ou diagnostiques bien définis. Le terme dérive du terme taxonomie par troncation, et non directement du grec / táxis, « placement », « mise en ordre ».
Linnaean taxonomyLinnaean taxonomy can mean either of two related concepts: The particular form of biological classification (taxonomy) set up by Carl Linnaeus, as set forth in his Systema Naturae (1735) and subsequent works. In the taxonomy of Linnaeus there are three kingdoms, divided into classes, and they, in turn, into lower ranks in a hierarchical order. A term for rank-based classification of organisms, in general. That is, taxonomy in the traditional sense of the word: rank-based scientific classification.
ParaphylieEn systématique, un groupe est dit paraphylétique quand il ne rassemble pas tous les descendants d'une espèce souche qu'il contient. Contrairement à la polyphylie, le groupe paraphylétique est fondé sur une similitude héritée d'un ancêtre commun (homologie). L'exclusion de certaines lignées nécessite de considérer les états ancestraux de certains caractères (encore appelé symplésiomorphie) par opposition à leurs états dérivés (ou synapomorphie) dans les lignées exclues.
Polyphyliethumb|334px|Le groupe des « animaux à sang chaud » est polyphylétique. Un groupe polyphylétique est un assemblage d'organismes excluant leur ancêtre commun le plus récent. Un tel groupe est le plus souvent défini par une ressemblance qui n'a pas été héritée d'un ancêtre commun. Ce terme désigne donc des groupes qui n'ont aucune pertinence pour retracer les liens de parenté et donc l'évolution.
Dernier ancêtre communEn biologie de l'évolution, le concept de dernier ancêtre commun (DAC) à deux lignées d'êtres vivants, ou cénancêtre, correspond à l'espèce la plus récente que ces deux taxons ont pour ancêtre commun. Cette espèce, qui correspond au dernier nœud de l'arbre phylogénétique à partir duquel divergent les branches de chacune des lignées en question, est le plus souvent difficilement identifiable dans la pratique. Le dernier ancêtre commun à deux ou plusieurs individus est une notion distincte qu'il importe de ne pas confondre avec la précédente.
