Substance humiqueLes substances humiques sont des composés organiques largement présents dans l'humus, principale fraction organique des sols, ainsi que dans la tourbe et le charbon. Elles peuvent également être trouvées à l'état dissout ou colloïdal dans les cours d'eau, les lacs dystrophiques et les océans. D'un point de vue théorique, les substances humiques ont été considérées dans le cadre de la théorie acido-basique comme des acides organiques, et leurs bases conjuguées, les humates, comme des composants clés de la matière organique naturelle des sols.
Fungivignette|La présence de sporophores en console du Polypore amadouvier sur le volis et la chandelle d'un hêtre montre que ce dernier a été attaqué par ce champignon nécrotrophe lignicole à l'origine de la pourriture blanche qui creuse le cœur de l'arbre qu'il parasite en le faisant mourir d'épuisement. La poursuite du développement de ce macromycète sur le volis entraîne une modification rapide de l'orientation de la « fructification » en croissance, afin de pouvoir projeter les spores fongiques dans les conditions optimales.
BactérieLe terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
Décomposeurvignette|Cycle de la matière organique : minéralisation et humification. Les décomposeurs sont les êtres vivants participant directement à la décomposition de la matière organique morte (nécromasse) ou des excréments ou excrétats d'êtres vivants. Ils jouent un rôle majeur, nécessaire au recyclage des éléments (minéraux, oligo-éléments...) qui composent la matière organique.
PlanteLes plantes (Plantae) sont des organismes photosynthétiques et autotrophes, caractérisés par des cellules végétales. Elles forment l'un des règnes des Eukaryota. Ce règne est un groupe monophylétique comprenant les plantes terrestres. La science des plantes est la botanique, qui dans son acception classique étudie aussi les algues et les cyanobactéries (qui n'appartiennent pas au règne des Plantae). L'ancien « règne végétal » n'existe plus dans les classifications modernes (cladistes ou évolutionnistes).
BiologieLa biologie (du grec bios « la vie » et logos, « discours ») est la science du vivant. Elle recouvre une partie des sciences de la nature et de l'histoire naturelle des êtres vivants. La vie se présentant sous de nombreuses formes et à des échelles très différentes, la biologie s'étend du niveau moléculaire, à celui de la cellule, puis de l'organisme, jusqu'au niveau de la population et de l'écosystème. vignette|Portrait de Jean-Baptiste Lamarck, 1893.
MéthaneLe méthane est un composé chimique de formule chimique , découvert et isolé par Alessandro Volta entre 1776 et 1778. C'est l'hydrocarbure le plus simple et le premier terme de la famille des alcanes. Comme fluide frigorigène, il porte la dénomination « R50 » dans la nomenclature des réfrigérants, régie par la d'ANSI/ASHRAE. Assez abondant dans le milieu naturel, le méthane est un combustible à fort potentiel.
Soil organic matterSoil organic matter (SOM) is the organic matter component of soil, consisting of plant and animal detritus at various stages of decomposition, cells and tissues of soil microbes, and substances that soil microbes synthesize. SOM provides numerous benefits to the physical and chemical properties of soil and its capacity to provide regulatory ecosystem services. SOM is especially critical for soil functions and quality.
Litière (écologie)vignette|Les champignons saprotrophes participent à la dégradation de la litière grâce à leur filaments mycéliens dont le réseau peut atteindre de longueur dans un mètre carré de sol fertile. vignette|La litière qui se décompose le moins bien est constituée d'aiguilles de résineux, sur sol sableux et acide. Peu de plantes peuvent y vivre La litière désigne de manière générale l'ensemble de feuilles mortes et débris végétaux en décomposition (minéralisation primaire, humification, minéralisation secondaire), issus de la végétation épigée et qui recouvrent le sol (des forêts, jardins, sols plantés de haies, etc.
DécompositionEn biologie, la décomposition, appelée aussi putréfaction, est le processus par lequel des corps organisés, qu'ils soient d'origine animale ou végétale dès l'instant qu'ils sont privés de vie, dégénèrent sous l'action de facteurs biologiques modifiant complètement leur aspect et leur composition. Le processus de décomposition fait intervenir une succession de micro-organismes tels que les champignons et les bactéries, le plus souvent anaérobies. Autrement dit, il s'agit de la dégradation des molécules organiques par l'action de micro-organismes.
DénitrificationLa dénitrification, appelée aussi rétrogradation de l'azote minéral, est un processus microbien de respiration anaérobie qui utilise les ions nitrates comme accepteurs d'électrons. Ce phénomène biologique est opéré en milieu hypoxique ou anoxique, par des bactéries spécifiques qui satisfont leur besoin en oxydant par une désoxygénation des nitrates. Ce phénomène se produit dans le sol, mais pas exclusivement : il est aussi à l’œuvre dans certains sédiments, dans les aquifères (dans une certaine mesure et à certaines conditions), dans les matières organiques en décomposition (ex : bois mort), ou encore dans le système digestif.
Animalvignette|upright=1.5|Biomasse animale totale (en gigatonne de carbone). Les Animaux (Animalia) (du latin animalis « animé, vivant, animal ») sont en biologie, selon la classification classique, des êtres vivants hétérotrophes (c’est-à-dire qui se nourrissent de substances organiques) et possédant du collagène dans leurs matrices extracellulaires. On réserve aujourd'hui le terme à des êtres complexes et multicellulaires, bien qu’on ait longtemps considéré les protozoaires comme des animaux unicellulaires.
DetritusIn biology, detritus (dᵻˈtraɪtəs) is dead particulate organic material, as distinguished from dissolved organic material. Detritus typically includes the bodies or fragments of bodies of dead organisms, and fecal material. Detritus typically hosts communities of microorganisms that colonize and decompose (i.e. remineralize) it. In terrestrial ecosystems it is present as leaf litter and other organic matter that is intermixed with soil, which is denominated "soil organic matter".
Cycle des nutrimentsvignette|Nutrient-cycle Le cycle des nutriments (ou recyclage écologique) est le processus par lequel les composés organiques et inorganiques sont réutilisés dans un nouveau but de production de la matière. A l'inverse, l'énergie est utilisée dans un but de consommation sans jamais revenir à son état de départ. On ne peut pas parler de cycle de l'énergie, contrairement au cycle des nutriments minéraux.
Engrais vertvignette|Engrais vert (mélange à base de trèfle incarnat) dans une vigne. Rhénanie-Palatinat, 2020 Un engrais vert est une culture en couverture du sol en agriculture de conservation destinée, soit à être enfouie à l'état vert sur place par un labour (ou sans labour en technique culturale simplifiée, afin d'éviter la battance et de préserver le complexe argilo-humique), soit laissée sur place comme paillis protecteur de la culture suivante, pour améliorer la structure du sol et sa fertilité.
Fumiervignette|Tas de fumier traditionnel sur fumière aménagée, Autriche. vignette|Du fumier de cheval. vignette|Le ver rouge est une espèce thermophile et épigée dans la mesure où elle s'installe dans les tas de fumier. Le fumier est un matériau solide ou semi-solide composé de déchets de matière organique, issus d'excréments solides et d'urines d'animaux associés à de la litière absorbante comme les pailles de céréales, fougères, copeaux de bois, etc.
EauL'eau est une substance chimique constituée de molécules . Ce composé, très stable, mais aussi très réactif, est un excellent solvant à l'état liquide. Dans de nombreux contextes, le terme eau est employé au sens restreint d'eau à l'état liquide, ou pour désigner une solution aqueuse diluée (eau douce, eau potable, eau de mer, eau de chaux). L'eau est ubiquitaire sur Terre et dans l'atmosphère, sous ses trois états, solide (glace), liquide et gazeux (vapeur d'eau).
Carbone organique dissousLe carbone organique dissous ou COD (en anglais, dissolved organic carbon ou DOC) est un paramètre global de la chimie de l'eau utilisé pour caractériser et suivre l’évolution du taux de carbone dissous dans les eaux (douces, saumâtres ou marines), ou la pollution organique des milieux aquatiques. C'est une fraction parfois importante du Carbone organique total (COT). La pollution par certaines matières organiques et le carbone dissous tend à augmenter dans le monde, dont en France, en Bretagne par exemple.
Biotic materialBiotic material or biological derived material is any material that originates from living organisms. Most such materials contain carbon and are capable of decay. The earliest life on Earth arose at least 3.5 billion years ago. Earlier physical evidences of life include graphite, a biogenic substance, in 3.7 billion-year-old metasedimentary rocks discovered in southwestern Greenland, as well as, "remains of biotic life" found in 4.1 billion-year-old rocks in Western Australia.
Réseau trophiquevignette|Deux représentations rendant compte du fonctionnement d'un écosystème : pyramide écologique (a) et réseau trophique (b). Un réseau trophique est un ensemble de chaînes alimentaires reliées entre elles au sein d'un écosystème et par lesquelles l'énergie et la biomasse circulent (échanges d'éléments tels que le flux de carbone et d'azote entre les différents niveaux de la chaîne alimentaire, échange de carbone entre les végétaux autotrophes et les hétérotrophes).
