Structural alignmentStructural alignment attempts to establish homology between two or more polymer structures based on their shape and three-dimensional conformation. This process is usually applied to protein tertiary structures but can also be used for large RNA molecules. In contrast to simple structural superposition, where at least some equivalent residues of the two structures are known, structural alignment requires no a priori knowledge of equivalent positions.
Programmation dynamiqueEn informatique, la programmation dynamique est une méthode algorithmique pour résoudre des problèmes d'optimisation. Le concept a été introduit au début des années 1950 par Richard Bellman. À l'époque, le terme « programmation » signifie planification et ordonnancement. La programmation dynamique consiste à résoudre un problème en le décomposant en sous-problèmes, puis à résoudre les sous-problèmes, des plus petits aux plus grands en stockant les résultats intermédiaires.
Arbre phylogénétiquevignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.
Domaine protéiqueredresse=1.15|vignette|Exemples de structures de protéines organisées en domaines distincts. Le domaine de couleur brique, appelé domaine PH, est commun aux deux protéines,. Sa fonction est de fixer le phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate (PIP3) Un domaine protéique est une partie d'une protéine capable d'adopter une structure de manière autonome ou partiellement autonome du reste de la molécule. C'est un élément modulaire de la structure des protéines qui peuvent ainsi être composées de l'assemblage de plusieurs de ces domaines.
Sequence logoIn bioinformatics, a sequence logo is a graphical representation of the sequence conservation of nucleotides (in a strand of DNA/RNA) or amino acids (in protein sequences). A sequence logo is created from a collection of aligned sequences and depicts the consensus sequence and diversity of the sequences. Sequence logos are frequently used to depict sequence characteristics such as protein-binding sites in DNA or functional units in proteins. A sequence logo consists of a stack of letters at each position.
Séquence codantevignette|Schéma simplifié du dogme central de la biologie moléculaire. Certaines séquences d'ADN subissent une transcription afin de générer un ARN messager primaire. Cet ARNm subit différentes transformations, notamment l'épissage, par lequel les introns sont enlevés, pour générer un transcrit mature. Finalement, les ribosomes traduisent la séquence codante en protéine. La séquence codante est indiquée en vert.
Matrice de similaritéLes matrices de similarité ou matrices de substitution sont des matrices utilisées en bioinformatique pour réaliser des alignements de séquences biologiques reliées évolutivement. Elles permettent de donner un score de similarité ou de ressemblance entre deux acides aminés. Ces matrices, M, sont des matrices 20 x 20 (pour les 20 acides aminés protéinogènes standards) qui recensent l'ensemble des scores M(a,b) obtenus lorsqu'on substitue l'acide aminé a à l'acide b dans un alignement.
CASPCritical Assessment of Structure Prediction (CASP), sometimes called Critical Assessment of Protein Structure Prediction, is a community-wide, worldwide experiment for protein structure prediction taking place every two years since 1994. CASP provides research groups with an opportunity to objectively test their structure prediction methods and delivers an independent assessment of the state of the art in protein structure modeling to the research community and software users.
FASTA (format de fichier)Le format FASTA (ou format Pearson) est un format de fichier texte utilisé pour stocker des séquences biologiques de nature nucléique ou protéique. Ces séquences sont représentées par une suite de lettres codant des acides nucléiques ou des acides aminés selon la nomenclature IUPAC. Chaque séquence peut être précédée par un nom et des commentaires. Ce format est originellement issu de la suite de programmes FASTA mais, de par son utilisation très répandue, est devenu un standard de facto en bioinformatique.
BiopythonThe Biopython project is an open-source collection of non-commercial Python tools for computational biology and bioinformatics, created by an international association of developers. It contains classes to represent biological sequences and sequence annotations, and it is able to read and write to a variety of file formats. It also allows for a programmatic means of accessing online databases of biological information, such as those at NCBI.
