BactérieLe terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
Riftia pachyptilaLe ver tubicole géant (Riftia pachyptila) est l'une des espèces extrêmophiles de vers vestimentifères tubicoles vivant dans les grands fonds marins, en colonies pouvant atteindre 100 à 200 individus par m2. C'est une espèce à symbiose obligatoire (avec des bactéries chimioautotrophes). Elle est utilisée comme espèce modèle pour l'étude de ces symbioses, notamment en France à la station de biologie marine de Roscoff. Il s'agit d'un ver souple, de couleur brunâtre, qui peut mesurer jusqu’à 2 mètres de long.
ArchaeaLes archées () ou Archaea (du grec ancien , « originel, primitif »), anciennement appelés archéobactéries, sont des microorganismes unicellulaires procaryotes, c'est-à-dire des êtres vivants constitués d'une cellule unique qui ne comprend ni noyau ni organites, à l'instar des bactéries. D'apparence souvent semblable à ces dernières, les archées ont longtemps été considérées comme des bactéries extrêmophiles particulières, jusqu'à ce que les recherches phylogénétiques sur les procaryotes, commencées en 1965, aboutissent, avec les travaux de Carl Woese et George E.
ChemosynthesisIn biochemistry, chemosynthesis is the biological conversion of one or more carbon-containing molecules (usually carbon dioxide or methane) and nutrients into organic matter using the oxidation of inorganic compounds (e.g., hydrogen gas, hydrogen sulfide) or ferrous ions as a source of energy, rather than sunlight, as in photosynthesis. Chemoautotrophs, organisms that obtain carbon from carbon dioxide through chemosynthesis, are phylogenetically diverse.
Type trophiqueLe type trophique (du mot grec θροφη, « nourriture ») définit la manière dont un organisme vivant constitue sa propre matière organique et produit l'énergie dont il a besoin. Ces deux mécanismes sont intimement liés et forment le métabolisme d'un organisme. Le type trophique s'analyse en trois axes : la nature de la source de carbone (autotrophie, hétérotrophie) la nature organique (organotrophie) ou inorganique (lithotrophie) du donneur d'électrons (pour la réduction de la source de carbone en molécules organiques) la nature de la source d'énergie qui sera emmagasinée dans les molécules organiques synthétisées (phototrophie, chimiotrophie), ou consommée par les cellules pour leur fonctionnement.
PlanctomycetotaLes planctomycètes ou Planctomycetota (anciennement Planctomycetes) forment un phylum de bactéries aquatiques, qui se trouvent dans des terrains saumâtres, marins ou d'eau douce, mais aussi de bactéries terrestres qui jouent un rôle important dans le processus anammox. Ils se reproduisent par bourgeonnement. La structure des organismes de ce groupe est ovoïde avec une tige, à la terminaison non-reproductive, qui les aide à se joindre les uns aux autres au cours du bourgeonnement.
Bactérie pourpreUne bactérie pourpre est une protéobactérie phototrophe, c'est-à-dire capable de produire son énergie métabolique par photosynthèse. Ces bactéries sont pigmentées par de la bactériochlorophylle a et b avec divers caroténoïdes qui leur donnent des couleurs allant de l'orange au pourpre en passant par le brun et le rouge. On peut les diviser en deux groupes : les bactéries pourpres sulfureuses et les bactéries pourpres non sulfureuses (Rhodospirillaceae).
AutotrophAn autotroph is an organism that produces complex organic compounds (such as carbohydrates, fats, and proteins) using carbon from simple substances such as carbon dioxide, generally using energy from light (photosynthesis) or inorganic chemical reactions (chemosynthesis). They convert an abiotic source of energy (e.g. light) into energy stored in organic compounds, which can be used by other organisms (e.g. heterotrophs).
LithotrophLithotrophs are a diverse group of organisms using an inorganic substrate (usually of mineral origin) to obtain reducing equivalents for use in biosynthesis (e.g., carbon dioxide fixation) or energy conservation (i.e., ATP production) via aerobic or anaerobic respiration. While lithotrophs in the broader sense include photolithotrophs like plants, chemolithotrophs are exclusively microorganisms; no known macrofauna possesses the ability to use inorganic compounds as electron sources.
Fixation du carboneLa fixation du carbone est un processus à l'œuvre chez les organismes dits autotrophes, qui convertissent le carbone inorganique — typiquement, le dioxyde de carbone — en composés organiques tels que des glucides. La photosynthèse en est l'exemple le plus emblématique, caractérisant les organismes dits photoautotrophes ; la chimiosynthèse est une autre forme de fixation du carbone susceptible d'avoir lieu même en l'absence de lumière — on parle alors de lithotrophie pour qualifier les organismes qui utilisent l'énergie des oxydations inorganiques pour produire leur matière vivante.
Décomposeurvignette|Cycle de la matière organique : minéralisation et humification. Les décomposeurs sont les êtres vivants participant directement à la décomposition de la matière organique morte (nécromasse) ou des excréments ou excrétats d'êtres vivants. Ils jouent un rôle majeur, nécessaire au recyclage des éléments (minéraux, oligo-éléments...) qui composent la matière organique.
PhototrophieLa phototrophie (du grec ancien , photos « lumière » et , trophein « nourriture ») est le type trophique des organismes vivants qui tirent leur énergie à partir de la lumière, par photosynthèse ou grâce à des protéines comme les bactériorhodopsines. Le phototrophe qualifie un organisme autotrophe disposant de cette capacité de phototrophie. La phototrophie n'est pas le seul mode de vie autotrophe. La chimiotrophie est un mode caractéristique des organismes qui tirent leur énergie de la transformation de molécules.
Mont hydrothermalthumb|upright=0.8|Une cheminée hydrothermale dans l'océan Atlantique. Les monts hydrothermaux, cheminées hydrothermales, sources hydrothermales ou fumeurs sont des évents hydrothermaux situés sur l'axe des dorsales océaniques ainsi qu'à proximité des bassins arrière-arc. Ils sont une conséquence des mouvements des plaques tectoniques. Ils évacuent une partie de la chaleur interne de la Terre. C’est en 1977 que ces monts et la vie sous-marine luxuriante qui leur est associée ont été découverts aux îles Galápagos par le submersible américain Alvin.
HétérotrophieL'hétérotrophie est le mode de nutrition des organismes vivants hétérotrophes. Ces organismes se nourrissent de matière organique préexistante. L'hétérotrophie s'oppose à l'autotrophie. Les organismes autotrophes fabriquent la matière organique qui les constitue à partir de matière minérale. Certains organismes se nourrissent à la fois par autotrophie et par hétérotrophie. Ces organismes sont dits mixotrophes. La plupart des animaux (dont les humains) sont ainsi hétérotrophes, tandis que la plupart des plantes sont autotrophes.
Cycle biogéochimiqueUn cycle biogéochimique est le processus de transport et de transformation cyclique (recyclage) d'un élément ou composé chimique entre les grands réservoirs que sont la géosphère, l'atmosphère, l'hydrosphère, dans lesquels se retrouve la biosphère. Un tel cycle induit souvent des passages de l'état organique à l'état minéral au sein de la biosphère. Les divers cycles en interaction confèrent à la biosphère une capacité de régulation, appelée homéostasie.
Nitrificationthumb|350px|Diagramme montrant le cycle de l'azote. La nitrification est le processus biologique par lequel les nitrates sont produits dans l'environnement. Celle-ci se fait en deux étapes distinctes, chacune sous l'action de micro-organismes différents. Étape 1 : l'ammoniaque est oxydé en nitrite, c'est la nitrosation (réaction par des bactéries du genre Nitrosomonas, , ), appelée également nitritation. Étape 2 : le nitrite est oxydé en nitrate, c'est la nitratation (réaction par des bactéries du genre Nitrobacter, Nitrococcus, Nitrospira).
Food chainA food chain is a linear network of links in a food web starting from producer organisms (such as grass or algae which produce their own food via photosynthesis) and ending at an apex predator species (like grizzly bears or killer whales), detritivores (like earthworms or woodlice), or decomposer species (such as fungi or bacteria). A food chain also shows how organisms are related to each other by the food they eat. Each level of a food chain represents a different trophic level.
