Microfaunevignette|Taille et diversité des organismes du sol. La microfaune désigne l'ensemble des tout petits animaux (inférieurs à ) présents dans un espace donné. La plus grande partie de la microfaune n'est visible qu'à la loupe, à la loupe binoculaire ou au microscope. En dépit de sa discrétion, elle joue un rôle fondamental pour la formation et l'évolution des sols et des sédiments, ainsi que pour la décomposition du bois mort et des cadavres animaux.
EuglenaEuglena (les euglènes) est un genre commun d’algues vertes flagellées, typiques des Euglénophytes, et souvent présentes dans l’eau (le plus souvent de l'eau douce, mais il existe de rares espèces marines) riche en nutriments. Utilisant les chloroplastes (photosynthèse) pour se développer ou capable d'utiliser directement la matière organique, on considère l'euglène comme étant un organisme mixotrophe. La longueur des cellules varie de ; elles sont typiquement cylindriques, ovales, ou fusiformes avec une apparence de flagelle unique.
EuglenophytaLes Euglenophyta ou Euglénophytes, ou encore Euglénoïdes constituent une classe de l’embranchement des Euglenozoa des Euglenobionta, composée principalement d’algues aquatiques unicellulaires. Les flagellés de ce groupe, qui comprend environ mille espèces, se trouvent couramment dans les eaux douces chargées de matières organiques ; il existe également quelques espèces marines et endosymbiotiques. La reproduction se fait par division cellulaire longitudinale.
Fungivignette|La présence de sporophores en console du Polypore amadouvier sur le volis et la chandelle d'un hêtre montre que ce dernier a été attaqué par ce champignon nécrotrophe lignicole à l'origine de la pourriture blanche qui creuse le cœur de l'arbre qu'il parasite en le faisant mourir d'épuisement. La poursuite du développement de ce macromycète sur le volis entraîne une modification rapide de l'orientation de la « fructification » en croissance, afin de pouvoir projeter les spores fongiques dans les conditions optimales.
ExcavataLes Excavata (Excavés, ce qui signifie creusés) ou Excavobionta sont un règne d'eucaryotes unicellulaires hétérotrophes et généralement flagellés. Le type ancestral se caractérise par la présence d'une zone creusée, le cytostome, permettant l'ingestion de fines particules alimentaires. De nombreux excavates sont anaérobies ou microaérophile et contiennent des organites particuliers et spécialisés : les mitosomes et les hydrogénosomes, Diplomonade De nombreux Excavobiontes sont des parasites de l'homme ou d'autres animaux.
Taxon poubelleUn taxon poubelle est un terme utilisé par certains taxonomistes pour désigner un taxon fourre-tout provisoire, dont le but est de regrouper des organismes difficiles ou impossibles à classer, dépourvus de caractères uniques distinctifs discernables (autapomorphies). Ces organismes sont regroupés soit par une certaine similitude souvent superficielle, soit par l'absence d'un ou plusieurs caractères distincts, ou par leur non-appartenance à un ou plusieurs autres taxons.
Trypanosoma bruceiTrypanosoma brucei est une espèce de parasites de l'ordre des Trypanosomatida. L'espèce provoque des maladies, des trypanosomiases, chez l'humain et les animaux en Afrique. Il est transmis par des morsures de mouche tsé-tsé. Il existe trois sous-espèces de T.brucei : T.b. brucei, T.b. gambiense et T.b. rhodesiense. La trypanosomiase humaine africaine, ou la maladie du sommeil, est une maladie mortelle chez l'Homme. Elle existe sous deux formes: la forme chronique est causée par la sous-espèce Trypanosoma brucei gambiense et a une installation lente avec une longue période d'incubation.
ChoanoflagellataLes Choanoflagellés, Choanoflagellata ou Choanomonada, sont un petit groupe d’eucaryotes opisthocontes unicellulaires proches des métazoaires. Ces protistes flagellés ont un mode de vie colonial et non-fixé (vivant en pleine eau) ou pour certaines espèces sont associés au périphyton. On en connait plus de 125 espèces, largement réparties et souvent abondantes. L'inventaire n'en est peut-être pas exhaustif.
ApicomplexaLes apicomplexes (Apicomplexa), ou sporozoaires (Sporozoa), sont des eucaryotes unicellulaires tous parasites d'animaux et certaines, de l'être humain. Les Plasmodium notamment, responsables du paludisme, sont un exemple d'apicomplexes. Sur le plan de leurs caractéristiques, ils ne possèdent pas de flagelle, sauf à certains moments du cycle vital. Ce cycle fait généralement intervenir plusieurs hôtes.
PhaeophyceaeLes algues brunes, aussi nommées Phaeophyceae ou Phéophycées, sont une classe d'algues de l'embranchement des Ochrophyta. Ce sont des algues qui utilisent comme pigment collecteur de lumière principalement de la combinée à un pigment brun, la fucoxanthine. Leur taille varie de l'échelle microscopique à plusieurs dizaines de mètres. On désigne aussi parfois comme « algues brunes » des algues filamenteuses de couleur brune qu'il ne faut en aucun cas confondre avec les phaeophycées.
ProtoplasmProtoplasm (ˈproʊtəˌplæzəm; ) is the living part of a cell that is surrounded by a plasma membrane. It is a mixture of small molecules such as ions, monosaccharides, amino acids, and macromolecules such as proteins, polysaccharides, lipids, etc. In some definitions, it is a general term for the cytoplasm (e.g., Mohl, 1846), but for others, it also includes the nucleoplasm (e.g., Strasburger, 1882).
OsmotrophieL'osmotrophie est un mode d'alimentation où l'organisme osmotrophe se nourrit à partir de substances dissoutes. La nutrition des organismes osmotrophes est assurée par échange transmembranaire, c'est-à-dire par diffusion d'ions ou de petites molécules au travers de la membrane cytoplasmique, selon un gradient osmotique. Ce type de nutrition, très répandu chez les micro-organismes, est également le fait d'un certain nombre d'animaux, libres ou parasites.
ForaminiferaLes Foraminifera, en français les Foraminifères, du latin la, « ouverture, trou », sont un embranchement de chromistes, caractérisés par leurs coquilles, leurs tests, le plus souvent calcaires et en général multiloculaires (formées de plusieurs loges ou chambres) qui restent en communication entre elles par leurs ouvertures successives (ces perforations dans les parois de séparation des chambres étant appelées la).
CercozoaLes Cercozoa sont un groupe de rhizaires comprenant la plupart des amiboïdes ou flagellés qui se nourrissent par des pseudopodes fileux (filopode). thumb|upright=1.3|Enveloppe rigide d'une Euglypha sp. La plupart sont hétérotrophes mais ne disposent pas de vrai cytostome (bouche). Ils vivent dans les sols — où ils sont les plus nombreux des Eukaryotes — en mer ou en eau douce. Certains sont devenus photosynthétiques en assimilant une algue verte.
AmoebozoaLes amibozoaires (Amoebozoa) (du grec amoibē signifiant « transformation ») constituent un grand groupe de protozoaires simples, . À ne pas confondre avec les amiboïdes (également nommés rhizopodes), qui sont un sous-groupe des amibes, avec environ d'organismes vivants unicellulaires hétérotrophes. Leur pseudopode est appelé lobopode. Ils peuvent plus rarement être équipés de flagelles pour assurer leur mobilité. La plupart sont unicellulaires, et sont souvent rencontrés dans les sols et les milieux aquatiques, où ils cohabitent avec d'autres organismes.
Règne (biologie)vignette|Principaux rangs taxinomiques. Le règne (du latin « regnum », au pluriel « regna ») est, dans la taxonomie de Carl von Linné (qui classe la biodiversité en fonction des caractères communs partagés), le plus haut niveau de classification des êtres vivants. Dans les classifications les plus récentes, le règne n'est plus que le deuxième niveau de classification, après le domaine ou l'empire. Chaque règne est divisé en embranchements (ou parfois divisions, en botanique), que l'on nomme également phylum en latin comme en anglais.
DinophytaLes Dinoflagellés (Dinoflagellata), encore appelées Dinophytes ou Péridiniens, sont une super-classe d'organismes eucaryotes unicellulaires. Ce sont des microorganismes aquatiques (marins ou dulçaquicoles). Ils sont très diversifiés, en particulier par leurs comportements alimentaires. Certains sont hétérotrophes, d'autres sont mixotrophes et d'autres encore sont des organismes photosynthétiques qui sont donc assimilés à des algues unicellulaires, en majorité biflagellées. Environ 50 % des dinoflagellés sont hétérotrophes.
AlveolataLe groupe des Alvéolés (Alveolata), ou alvéolobiontes, est constitué d'organismes vivants unicellulaires de formes assez diverses. La monophylie du groupe est basée essentiellement sur l'étude des ARNr 18S. Il existe cependant un caractère qui leur est propre : la présence de vésicules sous-membranaires, les alvéoles (d'où ce taxon tire son nom), largement distribuées et pouvant servir de réservoir calcique, ou contenir un matériel dense comme les plaques thécales des dinophytes.
Physarum polycephalumPhysarum polycephalum, plus couramment appelé blob, est une espèce unicellulaire de myxomycète de l'ordre des Physarales, vivant dans les milieux frais et humides tels que les tapis de feuilles mortes des forêts ou le bois mort. Cet amibozoaire est classé depuis 2015 parmi les mycétozoaires. Organisme capable de prendre diverses formes, Physarum polycephalum, bien que n'ayant pas de cerveau ni système nerveux central, est doté de certaines capacités d'apprentissage.
ApicoplastAn apicoplast is a derived non-photosynthetic plastid found in most Apicomplexa, including Toxoplasma gondii, and Plasmodium falciparum and other Plasmodium spp. (parasites causing malaria), but not in others such as Cryptosporidium. It originated from algae through secondary endosymbiosis; there is debate as to whether this was a green or red alga. The apicoplast is surrounded by four membranes within the outermost part of the endomembrane system.
