LuciféraseLes luciférases sont les enzymes clés de la réaction de bioluminescence. La luciférase la plus connue est celle de Photinus pyralis, soit une luciole de la famille des Lampyridae. Cette enzyme est classée comme une mono-oxygénase ATP-dépendante. C’est une enzyme bifonctionnelle puisqu’elle catalyse les réactions de deux voies métaboliques distinctes, soit la voie de bioluminescence et la voie de synthèse de l’acyl-CoA. Le terme Luciférase est dû à Raphaël Dubois, pionnier de l'étude des principes chimiques de la bioluminescence.
LuciférineLes luciférines sont des molécules dont l'oxydation, sous le contrôle d'une enzyme, la luciférase, aboutit à la formation d'oxyluciférine et à l'émission de photons. La luciférine a été découverte chez plus de 300 espèces capables de bioluminescence. Il existe cinq types de luciférine, chacun étant lié à une luciférase spécifique. Luciférine de luciole L'espèce la plus étudiée est Photinus pyralis (le lampyre), dont la réaction de bioluminescence nécessite la présence d'ATP et de magnésium.
Protéine fluorescente vertevignette|Aequorea victoria. La protéine fluorescente verte (souvent abrégé GFP, de l'anglais « Green Fluorescent Protein ») est une protéine ayant la propriété d'émettre une fluorescence de couleur verte. Issue d'une méduse (Aequorea victoria), cette protéine est intrinsèquement fluorescente sous l'action d'une enzyme, l'aequoréine, une luciférase qui agit en présence de calcium. Son gène peut être fusionné in-vitro au gène d'une protéine que l'on souhaite étudier.
Poisson abyssalthumb|Un poisson-vipère de Sloane (Chauliodus sloani). Les poissons abyssaux, poissons des abysses ou poissons des profondeurs sont des poissons qui passent la plus grande partie de leur vie dans les abysses. Les poissons des abysses constituent un élément important de la faune abyssale et une ressource halieutique considérable. Réputés pour leur apparence monstrueuse, la plupart mesurent à peine une dizaine de centimètres de longueur, rares sont ceux qui dépassent le mètre.
Aliivibrio fischeriAliivibrio fischeri est une bactérie marine Gram-négative. C'est une bactérie bioluminescente hétérotrophe : certaines colonies sont libres et se nourrissent en décomposant de la matière organique, mais très souvent cette bactérie forme des symbioses avec de nombreux organismes marins. A. fischeri se déplace à l'aide d'un flagelle. En 2007, des analyses ARN ont permis de reclasser cette espèce, originellement placée dans le genre Vibrio, dans le nouveau genre Aliivibrio. Les formes planctoniques d'A.
Fungivignette|La présence de sporophores en console du Polypore amadouvier sur le volis et la chandelle d'un hêtre montre que ce dernier a été attaqué par ce champignon nécrotrophe lignicole à l'origine de la pourriture blanche qui creuse le cœur de l'arbre qu'il parasite en le faisant mourir d'épuisement. La poursuite du développement de ce macromycète sur le volis entraîne une modification rapide de l'orientation de la « fructification » en croissance, afin de pouvoir projeter les spores fongiques dans les conditions optimales.
MolluscaLes mollusques (Mollusca) sont un embranchement d'animaux lophotrochozoaires. Ce sont des animaux non segmentés, à symétrie bilatérale quelquefois altérée. Leur corps se compose généralement d'une tête, d'une masse viscérale, et d'un pied. La masse viscérale est recouverte en tout ou partie par un manteau, qui sécrète une coquille calcaire. Le système nerveux comprend un double collier périœsophagien. La cavité générale est plus ou moins réduite au péricarde et aux néphridies.
LampyridaeLa famille des lucioles et des lampyres (Lampyridae) regroupe plus de connues de coléoptères produisant presque toutes de la lumière (jaune à verdâtre, longueur d'onde de ), au stade larvaire et/ou adulte, réparties sur tous les continents sauf l'Antarctique. Ces insectes, en tant que prédateurs des strates herbacée et arbustive, jouent un rôle important dans leur niche écologique en limitant notamment la pullulation des chenilles, escargots et limaces. Bien que ces espèces fassent partie des coléoptères, la plupart des femelles ne peuvent pas voler.
Camouflagevignette|upright=1.2|Un flet (poisson marin plat) se fondant dans le gravier du fond de la mer. vignette|upright=1.2|Un caméléon, animal célèbre pour sa capacité à modifier la couleur de sa peau pour se camoufler. Le camouflage est une méthode de dissimulation. Il permet à un organisme visible ou à un objet de passer inaperçu, en se fondant dans son environnement. Les exemples incluent des rayures d'un tigre, le treillis d'un soldat moderne et un papillon présentant l'apparence d'une feuille.
Contre-illuminationvignette|Principe de l'éclairage Yehudi. La contre-illumination est une forme de camouflage actif utilisée par des animaux (mollusques céphalopodes, qui émettent une lumière ventrale par bioluminescence) et des prototypes militaires (camouflage via un éclairage diffus, éclairage Yehudi) qui leur permettent de se confondre avec leurs arrière-plans, à la fois en termes de luminosité et de longueur d'onde. Elle se distingue de l'ombre inversée, camouflage passif. Liste des méthodes de camouflage Camouflage Da
CalmarLes calmars, aussi appelés calamars, ou teuthides, constituent un groupe morphologique, apparu au début du Jurassique, de céphalopodes décapodes marins regroupant près de . La plupart des espèces n'ont pas de nom vernaculaire spécifique et sont donc désignées en français sous le nom générique de « calmar » ou « calamar ». Il en est de même pour le terme « encornet », autre nom vernaculaire plus particulièrement utilisé lorsque ces animaux sont considérés en tant que comestibles ou appâts de pêche.
EuphausiaceaLes Euphausiacés, communément appelés krill (nom générique d’origine norvégienne) sont de petits crustacés des eaux froides, de l’ordre des Euphausiacea, que l’on rencontre dans tous les océans où ils se nourrissent principalement de phytoplancton et constituent un élément fondamental du réseau trophique () des écosystèmes marins. En dépit de la ressemblance superficielle, les Euphausiacés sont des crustacés malacostracés comme les homards et les crabes, et non des « crevettes », qui sont des crustacés décapodes de l’infra-ordre des caridés.
MimétismeLe mimétisme est une stratégie adaptative d'imitation. Elle permet par exemple à une espèce d'échapper à d'éventuels prédateurs. Le processus le plus étudié est le mimétisme visuel, mais il existe aussi des mimétismes chimique (olfactif, gustatif), acoustique, tactile, comportemental. Les stratégies mimétiques visuelles sont de divers types, comme les espèces qui disposent de moyens d'échapper à la vision du prédateur — on parle alors de camouflage par mimétisme cryptique, homomorphique ou homotypique — ou comme le fait de se faire passer pour une autre espèce, par exemple en se parant des attributs d'espèces non comestibles, voire dangereuses.
InsecteLes Insectes () sont une classe d'animaux invertébrés de l'embranchement des Arthropodes et du sous-embranchement des Hexapodes. Ils sont caractérisés par un corps segmenté en trois tagmes (tête possédant des pièces buccales externes, une paire d'antennes et au moins une paire d'yeux composés ; thorax pourvu de trois paires de pattes articulées et deux paires d'ailes plus ou moins modifiées ; abdomen dépourvu d'appendices) contenant au maximum 11 segments protégés par une cuticule formant un exosquelette composé de chitine et pourvu de trachées respiratoires.
Zone pélagiqueLa zone pélagique est la partie des lacs, des mers ou océans comprenant la colonne d'eau, c'est-à-dire les parties autres que les côtes ou le fond marin (la plaine abyssale). Par opposition, la zone démersale comprend l'eau proche des côtes ou du fond marin. Le nom provient du grec πέλαγος (pélagos), qui peut se traduire par « haute mer ».
Ombre inverséeL’ombre inversée, ou loi de Thayer, est une forme de camouflage passif utilisée par de nombreuses espèces de mammifères, de reptiles, d'oiseaux et de poissons, au moins depuis la période crétacée. Cette contre-ombre se traduit par une pigmentation plus sombre sur la face dorsale que sur la face ventrale (colorations cryptiques à l'origine d'un fort contraste dorso-ventral). Quand un objet solide de couleur uniforme est éclairé d'en haut, la distribution de la lumière est inégale : il apparaît plus clair au-dessus et plus sombre au-dessous, ce qui rend l'animal plus facile à détecter pour ses prédateurs ou proies potentielles.
Luminescencevignette|Chimiluminescence du luminol. La luminescence est une émission de lumière dite « froide » par opposition à l'incandescence qui est dite « chaude ». La lumière émise par luminescence résulte d'interactions entre particules électriquement chargées. Dans les cas les plus fréquents, ce sont des transitions électroniques ayant lieu dans des atomes, des molécules ou des cristaux qui provoquent l'émission de photons.
BactérieLe terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
Planctonthumb|250px|right|Les diatomées sont une des bases des réseaux trophiques océaniques et d'eau douce. Certaines sont considérées comme bioindicatrices de la qualité de l'eau. thumb|250px|right|Zooplancton. Selon Hensen (1887), le plancton (du grec ancien , « errant, instable ») est un groupe polyphylétique d'organismes généralement unicellulaires vivant dans les eaux douces, saumâtres et salées, le plus souvent en suspension et apparemment passivement : gamètes, larves, animaux inaptes à lutter contre le courant (petits crustacés planctoniques, siphonophores et méduses), végétaux et algues microscopiques.
AbysseLe terme abysse (du grec ancien signifiant ) désigne l'ensemble des zones très profondes d'un océan. Comme les caractéristiques environnementales de ces zones sont partout les mêmes, on utilise pour les dénommer globalement le terme abysses au pluriel. Aussi appelés grands fonds océaniques ou grandes profondeurs, les abysses occupent les deux tiers de la planète terre. Au singulier, un abysse correspond à un point de profondeur extrême, comme la fosse des Mariannes qui est l'abysse le plus profond connu ().
