ChronoxyleLe mot chronoxyle, ou l'expression monolithe de bois mort, est un néologisme qui désigne : soit de gros et vieux arbres morts ou moribonds, qu’on laisse se décomposer sur pied, souvent après les avoir « mis en sécurité ». soit des pièces de bois agencées et conservées de telle sorte qu’elles constituent au fur et à mesure de leur décomposition une succession d'habitats susceptibles d’abriter la diversité des communautés d’espèces saproxyliques (qui consomment le bois mort ou vivent dessus en épiphytes) et qui sont en forte régression dans les forêts où la sylviculture ne laisse plus que peu de place pour les arbres anciens et les gros bois morts.
PodzosolLe podzosol, dans le référentiel pédologique français, appelé aussi podzol dans la Base de référence mondiale pour les ressources en sols ou spodosol dans la taxonomie des sols de l'USDA, est un type de sol lessivé qui se forme sous les climats froids et humides sur substrat au pH très acide. Il est très peu fertile pour l'agriculture. Ce sont des sols caractérisés par un horizon O épais de type mor, un horizon E cendreux, décoloré et sans structure, et un horizon B dit spodique composé d'une accumulation de matières organiques (acides fulviques principalement) et d'oxydes de fer, appauvri en aluminium, plutôt siliceux.
Soil organic matterSoil organic matter (SOM) is the organic matter component of soil, consisting of plant and animal detritus at various stages of decomposition, cells and tissues of soil microbes, and substances that soil microbes synthesize. SOM provides numerous benefits to the physical and chemical properties of soil and its capacity to provide regulatory ecosystem services. SOM is especially critical for soil functions and quality.
Cycle des nutrimentsvignette|Nutrient-cycle Le cycle des nutriments (ou recyclage écologique) est le processus par lequel les composés organiques et inorganiques sont réutilisés dans un nouveau but de production de la matière. A l'inverse, l'énergie est utilisée dans un but de consommation sans jamais revenir à son état de départ. On ne peut pas parler de cycle de l'énergie, contrairement au cycle des nutriments minéraux.
DetritusIn biology, detritus (dᵻˈtraɪtəs) is dead particulate organic material, as distinguished from dissolved organic material. Detritus typically includes the bodies or fragments of bodies of dead organisms, and fecal material. Detritus typically hosts communities of microorganisms that colonize and decompose (i.e. remineralize) it. In terrestrial ecosystems it is present as leaf litter and other organic matter that is intermixed with soil, which is denominated "soil organic matter".
Espèce pionnièreEn écologie, une espèce pionnière est l'une des premières formes de vie qui colonisent ou recolonisent un espace écologique donné. Il peut s'agir d'un milieu nouveau (île volcanique, mur ou autre construction, friche industrielle, sol ou flanc de carrière...) ou récemment « perturbé » (destruction humaine, éboulis, érosion, glissement de terrain, incendie, chablis, coulée de lave...). Cette (re)colonisation est le premier stade d'une succession écologique.
Biologie des solsvignette|La biologie des sols est l'étude de la vie microbienne et faunique dans le sol, dont l'activité est visible sur cette photo. La biologie des sols est l'étude de l'activité et de l’écologie microbienne et faunique du sol. Lédaphon (la vie, le biot et la faune du sol) est un terme collectif qui englobe tous les organismes passant une partie importante de leur cycle de vie au sein d'un profil pédologique, ou de l'interface sol-litière.
Horizon (pédologie)vignette|271x271px|Les différents horizons d'un profil de sol. Un horizon est une couche du sol, homogène et grossièrement parallèle à la surface. Les pédologues utilisent plutôt le terme de couche si toutes ses propriétés sont issues de la roche-mère ou si son origine génétique est indéterminée. Les caractères de différenciation des horizons sont en particulier les suivants : couleur, texture (composition granulométrique : argiles, limons, sables, cailloux), pierrosité, structure, porosité, consistance, acidité, richesse en matière organique, exploitation racinaire, activité biologique, humidité, salinité, richesse en calcaire.
Carbone organique dissousLe carbone organique dissous ou COD (en anglais, dissolved organic carbon ou DOC) est un paramètre global de la chimie de l'eau utilisé pour caractériser et suivre l’évolution du taux de carbone dissous dans les eaux (douces, saumâtres ou marines), ou la pollution organique des milieux aquatiques. C'est une fraction parfois importante du Carbone organique total (COT). La pollution par certaines matières organiques et le carbone dissous tend à augmenter dans le monde, dont en France, en Bretagne par exemple.
Sol (pédologie)vignette|Le sol recèle un trésor vivant insoupçonné qui représente 50 % de la biodiversité spécifique sur la terre. En région tempérée, chaque mètre carré (sur de profondeur) abrite en moyenne animales (dont un millier d'espèces d'invertébrés constitués de près de 50 % d'acariens) comprenant, en les distinguant par leur taille, la microfaune, la mésofaune et la macrofaune. Une cuillère à café de sol, soit environ un gramme, héberge en moyenne 100 arthropodes, à , des millions de protozoaires et près d'un milliard de cellules bactériennes, issues de plus de 1 million d'espèces.
Matière organiquevignette|Le bois est essentiellement composé de matière organique (lignine et cellulose principalement), très dense en carbone. La matière organique (parfois abrégée MO) est la matière fabriquée par les êtres vivants (végétaux, animaux, champignons et autres décomposeurs dont micro-organismes). La matière organique compose leurs tissus (tige, coquille, muscles, etc). Elle compose la biomasse vivante et morte (nécromasse) au sein d'un cycle décomposition/biosynthèse où une part de cette matière est fossilisée (charbon, pétrole, gaz naturel), minéralisée ou recyclée dans les écosystèmes et agro-écosystèmes.
Décomposeurvignette|Cycle de la matière organique : minéralisation et humification. Les décomposeurs sont les êtres vivants participant directement à la décomposition de la matière organique morte (nécromasse) ou des excréments ou excrétats d'êtres vivants. Ils jouent un rôle majeur, nécessaire au recyclage des éléments (minéraux, oligo-éléments...) qui composent la matière organique.
CloporteLes cloportes ou porcellions sont des crustacés formant le sous-ordre des Oniscidea dans l'ordre des isopodes, avec plus de espèces connues, dont 218 en France. L'espèce la plus répandue est le cloporte commun (Armadillidium vulgare). Les cloportes sont les seuls crustacés entièrement terrestres et vivent principalement sous les vieilles souches ou sous les feuilles mortes, afin de se protéger du soleil. Ils sont munis d'un exosquelette rigide, segmenté, de couleur jaunâtre-brun pâle (plutôt chez les jeunes) à noirâtre en passant par le gris ardoise.
Canopéethumb|Pont du ciel, permettant de découvrir la canopée de l'île de Langkawi, Malaisie vignette|Arbre émergent dont le fût émerge de la canopée (Parc national de Khao Yai en Thaïlande). La canopée (du latin la, « moustiquaire, lit entouré d’une moustiquaire », lui-même du grec grc, kônôpeion, « rideau contre les cousins », qui a pris le sens de conopée, canopée, avant d’évoluer encore pour devenir canapé) est la strate supérieure d'une forêt, composée des feuillages directement exposés au rayonnement solaire.
Chert de RhynieLe chert de Rhynie (ou plus rarement chaille de Rhynie) est un dépôt sédimentaire contenant des fossiles du Dévonien, trouvé près du village de Rhynie, Aberdeenshire, en Écosse. Un site secondaire nommé chert de Windyfield se situe à 700 mètres du site originel de Rhynie. Le chert de Rhynie constitue un cas particulier de préservation exceptionnelle (Lagerstätte) contenant des végétaux (plantes, algues, champignons, lichens) et des animaux (arthropodes, nématodes) pétrifiés en trois dimensions révélant leur structure interne, grâce à la fixation rapide de minéraux siliceux issue de sources hydrothermales.
Lumbricinavignette|redresse=2|Les vers de terre font partie des détritivores qui interviennent dans le cycle biogéochimique de la matière organique en tant qu'agents de l'humification et de la minéralisation du carbone et de l'azote. vignette|redresse=2|Les lombrics jouent un rôle important dans le cycle du carbone organique des sols qui stockent plus de de tonnes de carbone par an. Leur bioturbation favorise la pénétration de l'air et de l'eau et leur rôle de décomposeur contribue à la formation des nutriments nécessaires aux plantes environnantes et au microbiote tellurique.
Fertilité des solsvignette|Schéma global des composantes de la fertilité des sols. vignette|Le diagramme de Mulder illustre la loi de l'optimum de Liebscher. La fertilité des sols est une notion importante dans les domaines de l'agriculture et de l'agronomie, désignant l'aptitude d'un sol à produire dans les conditions actuelles de culture. Elle est une des composantes de la qualité des sols. Il n'existe pas de définition consensuelle de la fertilité des sols. La valeur scientifique du terme et la possibilité de parvenir à le définir est contestée.
Réseau trophiquevignette|Deux représentations rendant compte du fonctionnement d'un écosystème : pyramide écologique (a) et réseau trophique (b). Un réseau trophique est un ensemble de chaînes alimentaires reliées entre elles au sein d'un écosystème et par lesquelles l'énergie et la biomasse circulent (échanges d'éléments tels que le flux de carbone et d'azote entre les différents niveaux de la chaîne alimentaire, échange de carbone entre les végétaux autotrophes et les hétérotrophes).
Arbrevignette|Les arbres sont notamment représentés par des espèces du groupe des plantes à fleurs comme ces jacarandas au Zimbabwe. vignette|Même les arbres les plus majestueux commencent leur existence sous forme de modestes plantules, comme celle-ci de hêtre (Fagus sylvatica). vignette|Les arbres contribuent significativement au bien-être et à la subsistance des sociétés humaines. De nombreuses espèces produisent des fruits comestibles, comme ici l'arbre à pain (Artocarpus altilis).
Microfaunevignette|Taille et diversité des organismes du sol. La microfaune désigne l'ensemble des tout petits animaux (inférieurs à ) présents dans un espace donné. La plus grande partie de la microfaune n'est visible qu'à la loupe, à la loupe binoculaire ou au microscope. En dépit de sa discrétion, elle joue un rôle fondamental pour la formation et l'évolution des sols et des sédiments, ainsi que pour la décomposition du bois mort et des cadavres animaux.
