EukaryotaLes eucaryotes (Eukaryota) sont un domaine regroupant tous les organismes, unicellulaires ou multicellulaires, qui se caractérisent par la présence d'un noyau et généralement d'organites spécialisés dans la respiration, en particulier mitochondries chez les aérobies mais aussi hydrogénosomes chez certains anaérobies. On le distingue classiquement des deux autres domaines que sont les bactéries et les archées (mais le clade des eucaryotes s'embranche en fait parmi ces Archées).
PlanteLes plantes (Plantae) sont des organismes photosynthétiques et autotrophes, caractérisés par des cellules végétales. Elles forment l'un des règnes des Eukaryota. Ce règne est un groupe monophylétique comprenant les plantes terrestres. La science des plantes est la botanique, qui dans son acception classique étudie aussi les algues et les cyanobactéries (qui n'appartiennent pas au règne des Plantae). L'ancien « règne végétal » n'existe plus dans les classifications modernes (cladistes ou évolutionnistes).
Fungivignette|La présence de sporophores en console du Polypore amadouvier sur le volis et la chandelle d'un hêtre montre que ce dernier a été attaqué par ce champignon nécrotrophe lignicole à l'origine de la pourriture blanche qui creuse le cœur de l'arbre qu'il parasite en le faisant mourir d'épuisement. La poursuite du développement de ce macromycète sur le volis entraîne une modification rapide de l'orientation de la « fructification » en croissance, afin de pouvoir projeter les spores fongiques dans les conditions optimales.
ChlorophytaLes Chlorophytes (Chlorophyta) sont une division des Plantae. Elles comprennent une partie de ce que l’on appelle communément algues vertes. Les Chlorophytes, au sens large, constituent l'un des 14 embranchements (ou divisions) du règne végétal (Plantae), parfois plutôt classé dans un règne des Algues (Algae) qui comprend aussi par ailleurs des protistes dont il ne sera pas question ici (⇒ voir article Algue).
ChlamydomonasChlamydomonas est un genre d’algues vertes de la famille des Chlamydomonadaceae. Ces algues unicellulaire minuscules (d'une taille de environ) sont munies de deux flagelles, et d'un chloroplaste unique en forme de cloche leur permettant d'opérer la photosynthèse.Depuis les années 1960, l'espèce Chlamydomonas reinhardtii est un organisme modèle, de plus en plus utilisé en recherche fondamentale et appliquée, notamment pour étudier les gènes et mécanismes moléculaires impliqués dans la photosynthèse, la nutrition ou encore la motilité des flagelles.
GlaucophytaLes Glaucophytes (Glaucophyta), ou Glaucocystophytes, du grec γλαυκός [glaukos], « glauque » c'est-à-dire « vert ou bleu tirant vers le gris », et φυτ(ο) [phyt(o)], « végétal », constituent un groupe d'algues d'eau douce, de diversité réduite : seules 14 espèces ont été décrites et sont actuellement acceptées. Ce sont des organismes unicellulaires structurés dorso-ventralement, au dos arrondi et au ventre aplati et présentant deux flagelles de longueurs inégales. Ils nagent dans les mares d'eau douce des régions tempérées.
EuglenophytaLes Euglenophyta ou Euglénophytes, ou encore Euglénoïdes constituent une classe de l’embranchement des Euglenozoa des Euglenobionta, composée principalement d’algues aquatiques unicellulaires. Les flagellés de ce groupe, qui comprend environ mille espèces, se trouvent couramment dans les eaux douces chargées de matières organiques ; il existe également quelques espèces marines et endosymbiotiques. La reproduction se fait par division cellulaire longitudinale.
Thylakoïdepomme de pin Le thylakoïde [du grec thylakos, sac, et oides, semblable] (on peut aussi écrire : thylacoïde) est un ensemble de membranes présent chez les cyanobactéries et dans les chloroplastes où se déroule la phase photochimique (ou claire) de la photosynthèse. L'espace intérieur délimité par les membranes du thylakoïde s'appelle le lumen ou espace intrathylakoïdien. L'espace extérieur est le cytoplasme chez les cyanobactéries, ou le stroma des chloroplastes chez les Eucaryotes photosynthétiques.
HeterokontaLes Heterokonta sont un infra-règne d'organismes eucaryotes caractérisés par l'existence, au cours de leur cycle, d'une cellule biflagellée avec deux flagelles différents : un flagelle lisse et un flagelle plumeux à mastigonèmes tubulaires tripartites. Les Hétérokontes, ou Hétérocontes, ont investi des niches écologiques très variées. Certaines sont des algues, principalement brunes (Laminariales), et pratiquent la photosynthèse, comme l'embranchement des Ochrophytes.
RhodophytaLes algues rouges, ou Rhodophytes (division des Rhodophyta), sont un grand taxon d'algues pour la plupart marines et pour la plupart multicellulaires (la plupart sont sessiles, c'est-à-dire qu'elles se développent fixées sur un substrat quelconque). Elles sont caractérisées par une composition pigmentaire avec un seul type de chlorophylle, la chlorophylle a, des caroténoïdes et des pigments caractéristiques, les phycobiliprotéines.
EmbryophytaLes Embryophytes (Embryophyta), couramment appelées plantes terrestres, sont une super-division de plantes streptophytes. Elle sont aussi dénommées Cormophytes (« plantes à tige », du latin cormus, tige ; du grec kormos, tronc) ou Archégoniates (végétaux dont le gamétange femelle est un archégone). Dans la , suivie par , les plantes terrestres sont regroupées dans la classe des Equisetopsida. Avec les « algues vertes » du règne des Plantes, elles constituent le groupe des « plantes vertes » ou Chlorobiontes caractérisées par l'association des chlorophylles a et b et l'amidon stocké dans les plastes.
PlasteLe plaste, appelé aussi plastide, est un organite présent dans les cellules des eucaryotes chlorophylliens (algues et plantes). Un plaste possède une enveloppe composée d'une ou plusieurs membranes. Suivant la cellule, les plastes peuvent se spécialiser pour accomplir certaines fonctions, ainsi les chloroplastes sont le siège de la photosynthèse, les amyloplastes sont spécialisés dans le stockage d'amidon, ou encore les chromoplastes qui donnent leurs couleurs aux fruits. Le plastidome désigne l'ensemble des plastes de ces cellules.
DinophytaLes Dinoflagellés (Dinoflagellata), encore appelées Dinophytes ou Péridiniens, sont une super-classe d'organismes eucaryotes unicellulaires. Ce sont des microorganismes aquatiques (marins ou dulçaquicoles). Ils sont très diversifiés, en particulier par leurs comportements alimentaires. Certains sont hétérotrophes, d'autres sont mixotrophes et d'autres encore sont des organismes photosynthétiques qui sont donc assimilés à des algues unicellulaires, en majorité biflagellées. Environ 50 % des dinoflagellés sont hétérotrophes.
FlagelleUn flagelle est un organite qui par ses mouvements permet la mobilité d'une cellule. Une même cellule peut en posséder plusieurs. Au plan fonctionnel, on peut considérer les flagelles comme des prolongements du cytoplasme. Ils sont capables de mouvements périodiques induisant le déplacement de la cellule dans un milieu liquide, ou du milieu liquide autour de la cellule. On trouve des flagelles chez les procaryotes (archées et bactéries) comme chez les eucaryotes, mais fondés sur des principes génétiques, architecturaux et fonctionnels très différents.
Centriolethumb|250px|Détail d'une coupe de cellule observée en microscopie électronique en transmission montrant un centriole. Le centriole est une structure cellulaire intracytoplasmique constituée de 9 triplets inclinés de microtubules, entourés par un certain nombre de protéines collectivement appelé matrice péricentriolaire de MAP (microtubule associated protein). Certaines cellules animales peuvent posséder de nombreux centrioles comme dans le cas des cellules épithéliales ciliées (surtout dans le système pulmonaire) qui possèdent une paire de centrioles pour chaque cil.
AlgueLes algues sont des organismes vivants capables de produire de la photosynthèse oxygénique et dont le cycle de vie se déroule généralement en milieu aquatique. Elles constituent une part très importante de la biodiversité et la base principale des chaînes alimentaires des eaux douces, saumâtres et marines. Diverses espèces sont utilisées pour l'alimentation humaine, l'agriculture et l'industrie. Les algues ne constituent pas un groupe évolutif unique, mais rassemblent toute une série d'organismes pouvant appartenir à des groupes phylogénétiques très différents.
Alternance de générationsvignette|Alternance de générations entre un sporophyte diploïde (en bas) et un gamétophyte haploïde (en haut). L'alternance de générations (appelée aussi métagenèse) est une caractéristique du cycle de vie des plantes (prises ici au sens dArchaeplastida). Une génération est un stade de développement multicellulaire issu d’un stade cellulaire (spore ou gamète) et produisant un stade cellulaire (gamète ou spore). La génération produisant des gamètes est le gamétophyte, et la génération produisant des spores est le sporophyte.
Division cellulairethumb|upright=1.2| Schémas des différents types de divisions cellulaires. La division cellulaire est le mode de multiplication de toute cellule. Elle lui permet de se diviser en plusieurs cellules (deux le plus souvent). C'est donc un processus fondamental dans le monde vivant, puisqu'il est nécessaire à la régénération de tout organisme. Chez les Eucaryotes — caractérisés principalement par des cellules qui possèdent un noyau — il y a deux types de division cellulaire : La mitose qui n'autorise qu'une multiplication asexuée; elle permet la régénération d'un organe, et aussi la croissance.
ChlorobiontaLes Chlorobiontes (Chlorobionta) ou Plantes vertes (Viridiplantae) sont un sous-règne des Plantes au sens large (comprenant aussi les algues). Ils forment un groupe monophylétique comprenant des « algues vertes » et les plantes terrestres. Ils sont notamment caractérisés par la présence de chlorophylle a et de chlorophylle b. Ils correspondent à l'image typique du végétal, de couleur verte, les chlorophylles n'étant généralement pas masquées par d'autres pigments. Certaines espèces sont unicellulaires, beaucoup sont pluricellulaires.
SymbiogenesisSymbiogenesis (endosymbiotic theory, or serial endosymbiotic theory) is the leading evolutionary theory of the origin of eukaryotic cells from prokaryotic organisms. The theory holds that mitochondria, plastids such as chloroplasts, and possibly other organelles of eukaryotic cells are descended from formerly free-living prokaryotes (more closely related to the Bacteria than to the Archaea) taken one inside the other in endosymbiosis. Mitochondria appear to be phylogenetically related to Rickettsiales bacteria, while chloroplasts are thought to be related to cyanobacteria.
