VirusUn virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont les constituants et le métabolisme déclenchent la réplication. Le nom virus a été emprunté au par Ambroise Paré au latin . La science des virus est la virologie, et ses experts sont des virologues ou virologistes. On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades : Une phase extracellulaire sous forme de particule virale.
GeminiviridaeLes Geminiviridae sont une famille de virus de l'ordre des Geplafuvirales qui comprend neuf genres et 485 espèces. Ce sont des virus à ADN circulaire à simple brin ambisens (c'est-à-dire que la transcription est bidirectionnelle), rattachés au groupe II de la classification Baltimore, qui infectent essentiellement les plantes (phytovirus) Le génome peut être soit monopartite, et constitué d'un seul segment de 2500 à 3000 nucléotides, soit bipartite (dans le cas de certains Begomovirus), et alors constitué de deux segments de taille similaire comprenant chacun de 2600 à 2800 nucléotides.
PolyomaviridaePolyomaviridae is a family of viruses whose natural hosts are primarily mammals and birds. As of 2020, there are six recognized genera and 117 species, five of which are unassigned to a genus. 14 species are known to infect humans, while others, such as Simian Virus 40, have been identified in humans to a lesser extent. Most of these viruses are very common and typically asymptomatic in most human populations studied.
Nucléoprotéinevignette|400x400px| Un nucléosome est une combinaison d'ADN + protéines histones. Les nucléoprotéines sont des protéines conjuguées à des acides nucléiques (soit ADN soit ARN). Les nucléoprotéines typiques comprennent les ribosomes, les nucléosomes et les protéines de la nucléocapside virale. vignette|227x227px| Dessin en coupe de la particule du virus Ebola, avec les structures des principales protéines représentées et étiquetées à droite Les nucléoprotéines ont tendance à être chargées positivement, facilitant l'interaction avec les chaînes d'acide nucléique chargées négativement.
Dicervignette|La protéine Dicer Dicer est une enzyme impliquée dans le processus d'ARN interférence. Ses quatre domaines protéiques sont encodés par le gène DICER1. La protéine dicer composée de 1922 acides aminés, aussi connue sous le nom d’endoribonucléase dicer, est une ribonucléase de classe 3 qui clive les fragments doubles brins d’ARN et les pré-microARN afin d’obtenir des petits ARN interférant et des microARN. Ces fragments ont une longueur d’environ 25 paires de bases et la coupure laisse une extrémité cohésive 3’ débordante de deux bases.
FiloviridaeLa famille des Filoviridae, ou filovirus, appartient à l'ordre des Mononegavirales (mononégavirus) regroupant les virus à ARN monocaténaire non segmenté à polarité négative. Les filovirus sont ainsi dénommés car ils présentent une apparence filamenteuse. La plupart d'entre eux (mais il existe peu d'exceptions) sont des agents infectieux responsables de fièvres hémorragiques aiguës particulièrement létales, notamment : le virus Ebola, responsable de la maladie à virus Ebola ; le virus de Marburg, responsable de la fièvre hémorragique de Marbourg.
ProvirusUn provirus (ou encore prophage dans le cas des bactéries) est une séquence virale incorporée dans le génome de la cellule hôte après virolage de celle-ci. Afin de réaliser ce virolage et plus particulièrement l'intégration au génome hôte, il faut que la cellule soit à la fois : vivante ; sensible (c'est-à-dire qu'à sa surface il y ait des protéines et en particulier des récepteurs membranaires) ; permissive (que son métabolisme permette l'ensemble du cycle de reproduction virale à savoir : l'entrée, la réplication et la sortie des nouveaux virions).
Hépatite DL’Hépatite D est une maladie provoquée par un petit virus à ARN circulaire (virus de l'hépatite delta ou virus de l'hépatite D, VHD, Hepatitis delta virus, HDV). Le VHD est considéré comme un sous virus satellite, car il ne peut se propager qu’en présence d'un autre virus, notamment le virus de l'hépatite B (HBV). La transmission du VHD peut se produire soit par le biais d’une infection simultanée par le HBV (co-infection) soit par infection d'une personne déjà porteuse du virus de l'hépatite B (surinfection).
PoxviridaeLes Poxviridés (Poxviridae) est une famille qui appartient au groupe I des virus à ADN à double brin et comprend 2 sous-familles : les Chordopoxvirinae chez les vertébrés et les Entomopoxvirinae chez les insectes. « Pox » est le pluriel de « pock » qui en anglais signifie « pustule ». Ce sont de grands virus de forme généralement ovale de 200 nm de diamètre et 300 nm de long. Ils contiennent un core central en forme d'haltère ou nucléoïde qui contient le génome et qui est flanqué de deux corps latéraux.
ADN polymérasethumb|right|250px|La réplication de l'ADN par une ADN polymérase. Une ADN polymérase est une enzyme faisant partie du complexe enzymatique intervenant dans la réplication de l’ADN au cours du cycle cellulaire lors de la phase S, mais aussi dans des processus de réparation et de recombinaison de l'ADN. Les ADN polymérases utilisent des désoxyribonucléosides triphosphate comme base pour la synthèse d'un brin d'ADN, en utilisant un autre brin d'ADN comme matrice.
PapillomaviridaeLa famille des Papillomaviridae, dont les membres sont couramment appelés papillomavirus, est un groupe de petits virus à ADN. Ils sont très répandus dans la nature. C’est la seule famille de l’ordre des Zurhausenvirales. Ils infectent de nombreux mammifères (humains, bovidés, canidés) et ont un tropisme particulier pour les kératinocytes des épithéliums malpighiens qu'ils soient kératinisés ou non. Ils peuvent également affecter d'autres groupes comme les oiseaux, les serpents et les tortues.
Transcriptase inverseLa transcriptase inverse ou rétrotranscriptase (en anglais en ou encore en) est une enzyme utilisée par les rétrovirus et les rétrotransposons qui transcrivent l'information génétique des virus ou rétrotransposons de l'ARN en ADN, qui peut s'intégrer dans le génome de l'hôte. Les eucaryotes à ADN linéaire utilisent la télomérase, une variante de la transcriptase inverse, avec le modèle d'ARN contenu dans l'enzyme elle-même.
RetroviridaeLes Retroviridae (rétrovirus) sont une famille de virus qui regroupe les sous-familles suivantes : et . Ce sont des virus à ARN monocaténaire de polarité positive infectant les vertébrés. Ils se distinguent notamment par la présence d'une enzyme virale : la transcriptase inverse (TI, ou encore RT pour reverse transcriptase), qui rétrotranscrit leur génome d'ARN en ADN pour être intégré par la suite dans le génome de la cellule hôte. La TI a la particularité de commettre relativement facilement des erreurs, ce qui fait que certains rétrovirus ont une grande variabilité génétique.
Classification des virusLa classification des virus n'est pas intégrée à celle réalisée pour les êtres vivants, l'appartenance même des virus au monde vivant étant sujette à débat. Deux méthodes font autorité : la classification Baltimore, proposée par David Baltimore, lauréat du prix Nobel de physiologie ou médecine en 1975, qui est basée sur le type d'acide nucléique des virus (ADN ou ARN) et son mode d'expression ; la classification de l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), qui utilise une méthode assez semblable à celle utilisée pour les êtres vivants, où les virus sont rangés par ordre, famille, sous-famille, genre et espèce.
OrthomyxoviridaeLes Orthomyxoviridae sont une famille de virus à ARN monocaténaire de polarité négative de l'ordre des Articulavirales. Ils rassemblent notamment les quatre types de virus de la grippe. Les virus de cette famille ont un génome segmenté, c'est-à-dire divisé en segments d'acides nucléiques distincts. Dans le cas des Orthomyxoviridae, il s'agit de six à huit segments d'ARN monocaténaire de polarité négative. La longueur totale de ce génome est comprise entre .
DNA methylationDNA methylation is a biological process by which methyl groups are added to the DNA molecule. Methylation can change the activity of a DNA segment without changing the sequence. When located in a gene promoter, DNA methylation typically acts to repress gene transcription. In mammals, DNA methylation is essential for normal development and is associated with a number of key processes including genomic imprinting, X-chromosome inactivation, repression of transposable elements, aging, and carcinogenesis.
IntégraseL'intégrase est une protéine enzymatique produite par de nombreux virus et éléments génétiques mobiles tel que les rétroéléments à ARN (par exemple les rétrovirus ou les rétrotransposons), et qui catalyse l'étape dite d'intégration du cycle réplicatif de ces agents infectieux. Parfois ce sont les organismes eux-mêmes qui possèdent une ou des intégrases, elles ont de nombreux rôles tel que la décaténation des chromosomes circulaires bactérien. L'ADN étranger est ainsi "intégré" dans le génôme de l'organisme hôte.
