Realm (virologie)

En virologie, le realm (terme anglais officiel) est le rang taxinomique le plus élevé d'une nouvelle classification établie en 2020 par lInternational Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV, « Comité international de taxinomie des virus »), qui supervise la taxinomie des virus. En français, ce terme peut être traduit par domaine (bien que l'ICTV ait cherché explicitement à faire la distinction avec le domaine en biologie) ou règne (différent du règne en biologie dont l'équivalent en anglais est « kingdom »). Fin 2022, le terme de sphère a été proposé comme nom français de ce nouveau rang, se rapprochant de la notion de « virosphère » souvent utilisée pour décrire l'ensemble des virus. Six realms viraux sont reconnus et caractérisés par des traits spécifiques hautement conservés : Adnaviria, qui contient tous les virus archéens filamenteux avec des génomes linéaires d'ADN double brin (ADNdb) ; Duplodnaviria, qui contient tous les virus à ADN bicaténaire (ADNbc) codant la protéine de capside HK97 ; Monodnaviria, qui contient tous les virus à ADN monocaténaire (ADNmc) codant une superfamille d'endonucléases HUH et leurs descendants ; Riboviria, qui contient tous les virus à ARN qui codent l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) et tous les virus qui codent la transcriptase inverse (RT) ; Ribozyviria, qui contient le virus de l'hépatite D (VHD), qui possède un génome d'ARN circulaire simple brin à sens négatif contenant un ribozyme, qui rappelle ceux des viroïdes, mais code une protéine qui se lie à l'ARN génomique en formant un complexe ribonucléoprotéique ; Varidnaviria, qui contient tous les virus à ADNbc qui codent une protéine de capside à repliement jelly roll vertical. Avant le , on croyait que les relations évolutives profondes entre les virus ne pourraient pas être découvertes en raison de leur taux de mutation élevé et du petit nombre de gènes impliqués rendant plus difficile la découverte de ces relations. Pour cette raison, de 1991 à 2017, le rang taxinomique le plus élevé dans la classification des virus était l'ordre.