Pyrophosphatevignette|Anion pyrophosphate ou PPi. Les pyrophosphates (appelés aussi « diphosphates ») sont l'anion (base conjuguée), les sels et les esters de l'acide pyrophosphorique. Les pyrophosphates sont constitués de deux molécules de phosphate condensées. Ils sont constitués autour d'une liaison P-O-P de type anhydride d'acide (formule semi-développée (O3P)–O–(PO3)4−). Les esters sont constitués autour d'une liaison de type C–O–P (formule semi-développée R–O–(PO2)–O–(PO3)3−).
Flavine adénine dinucléotideLa flavine adénine dinucléotide (FAD) est une coenzyme d'oxydo-réduction dérivant de la riboflavine (vitamine B2). Il est associé aux enzymes de la classe des oxydo-réductases auxquelles il est lié par une liaison covalente : c'est un groupement prosthétique. Ce coenzyme est notamment utilisé par les flavoprotéines du complexe II de la chaîne respiratoire mitochondriale : glycérol 3-P déshydrogénase, acylCoA déshydrogénase, succinate déshydrogénase.
Cyclic nucleotideA cyclic nucleotide (cNMP) is a single-phosphate nucleotide with a cyclic bond arrangement between the sugar and phosphate groups. Like other nucleotides, cyclic nucleotides are composed of three functional groups: a sugar, a nitrogenous base, and a single phosphate group. As can be seen in the cyclic adenosine monophosphate (cAMP) and cyclic guanosine monophosphate (cGMP) images, the 'cyclic' portion consists of two bonds between the phosphate group and the 3' and 5' hydroxyl groups of the sugar, very often a ribose.
Nucleic acid notationThe nucleic acid notation currently in use was first formalized by the International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) in 1970. This universally accepted notation uses the Roman characters G, C, A, and T, to represent the four nucleotides commonly found in deoxyribonucleic acids (DNA). Given the rapidly expanding role for genetic sequencing, synthesis, and analysis in biology, some researchers have developed alternate notations to further support the analysis and manipulation of genetic data.
Aptamèrevignette|Structure d'un aptamère ARN spécifique de la biotine. L'aptamère et sa surface moléculaire sont représentés en jaune. La biotine (sphères) s'insère de manière très ajustée dans une cavité de la structure de l'ARN Un aptamère est un oligonucléotide synthétique, le plus souvent un ARN qui est capable de fixer un ligand spécifique et parfois de catalyser une réaction chimique sur ce ligand. Les aptamères sont en général des composés synthétiques, isolés in vitro à partir de banques combinatoires d'un grand nombre de composés de séquence aléatoire par une méthode de sélection itérative appelée SELEX.
PentoseLes pentoses sont des oses (monosaccharides) qui comportent 5 atomes de carbone. Ils ont tous la même formule brute . Ils possèdent tous un groupement carbonyle : soit une fonction aldéhyde en position 1 (aldopentoses) ; soit une fonction cétone en position 2 (principalement), 3, ou 4 (cétopentoses). Les aldopentoses ont 3 centres de chiralité ("atomes de carbone asymétriques"); il y a donc 4 paires d'énantiomères, diastéréoisomères entre elles, possibles. Image:DL-Ribose.svg|D et L [[ribose]] Image:DL-Arabinose.
Guanosine triphosphateLe guanosine triphosphate (GTP) est un coenzyme de transfert de groupements phosphate. Les propriétés du guanosine triphosphate et de ses dérivés, guanosine diphosphate et guanosine monophosphate, sont identiques à celles de l'adénosine triphosphate (et ses dérivés). C'est un donneur de phosphate. Il est hydrolysé par toute une série d'enzymes appelées les GTPases. Ces protéines alternent entre deux conformations : active liée au GTP et inactive liée au GDP.
ArabinoseL'arabinose, ou sucre de pectine ou sucre de gomme existe sous deux formes énantiomères gauche et droite présentes à l'état naturel (la L-arabinose étant plus fréquente à l'état naturel). L'arabinose est un des constituants des pectines et de l'hémicellulose, sa source principale étant la gomme arabique. Le L-arabinose est aussi présent dans les vins et ses teneurs varient de 260 à . L'arabinose () est un aldopentose. C'est une substance cristalline blanche, soluble dans l'eau et fondant à . Sa masse moléculaire est de .
De novo synthesisIn chemistry, de novo synthesis () refers to the synthesis of complex molecules from simple molecules such as sugars or amino acids, as opposed to recycling after partial degradation. For example, nucleotides are not needed in the diet as they can be constructed from small precursor molecules such as formate and aspartate. Methionine, on the other hand, is needed in the diet because while it can be degraded to and then regenerated from homocysteine, it cannot be synthesized de novo.
DésoxyriboseLe désoxyribose (), ou plus exactement le 2-désoxyribose, est un pentose (aldopentose) dérivé du ribose par substitution d'hydrogène en remplacement du groupement hydroxyle en position 2, ce qui implique la perte d'un oxygène. Il s'agit donc d'un désoxyose. Ce sucre intervient principalement dans la chaîne composant les hélices de l'ADN. Il en existe 3 formes différentes en solution aqueuse. On sait qu'un tel composé peut apparaître dans des conditions de naissance d'une étoile dans une nébuleuse.
XyloseLe xylose (sucre de bois ou sucre de bouleau) est un aldopentose. C'est un ose constitué d’une chaîne de 5 éléments carbone (pentose) ainsi que d’une fonction aldéhyde (aldose). Il se présente sous forme d'une poudre cristalline blanche stable dans l'air et soluble dans l'eau. Il est non fermentescible. Le D-xylose est souvent présent dans les vins (teneurs de 0 à ). Le xylose possède une saveur sucrée similaire à celle du glucose, et un pouvoir sucrant similaire de 0,7.
NucléosideLes nucléosides sont des glycosylamines constituées d'une base nucléique liée à l'atome de carbone anomérique d'un résidu de pentose, généralement du ribose (ribonucléoside) ou du désoxyribose (désoxyribonucléoside), par une liaison glycosidique depuis l'atome d'azote N1 d'une pyrimidine ou l'atome N9 d'une purine. L'adénosine, la cytosine, la guanosine, l'inosine, la thymidine et l'uridine sont des nucléosides parmi les plus courants en biochimie. Fichier:Ribonucleoside generic.
Ose réducteurUn ose réducteur est un type d'ose possédant un groupe aldéhyde ou capable d'en former un par isomérie. La forme hémiacétal cyclique d'un aldose peut s'ouvrir pour présenter une fonction aldéhyde, et certains cétoses peuvent par tautomérie se transformer en aldoses. Cependant les acétals, notamment ceux formant des liaisons polyosidiques, ne peuvent pas facilement devenir des aldéhydes libres. Cette fonction aldéhyde permet à l'ose d'agir comme réducteur, comme dans la réaction de Tollens, le test de Benedict, ou la réaction de Fehling.
Guanosine diphosphateGuanosine diphosphate, abbreviated GDP, is a nucleoside diphosphate. It is an ester of pyrophosphoric acid with the nucleoside guanosine. GDP consists of a pyrophosphate group, a pentose sugar ribose, and the nucleobase guanine. GDP is the product of GTP dephosphorylation by GTPases, e.g., the G-proteins that are involved in signal transduction. GDP is converted into GTP with the help of pyruvate kinase and phosphoenolpyruvate. The hydrolysis of GTP to GDP is facilitated by GTPase enzymes, which utilize a conserved active site motif known as the GTPase-activating protein (GAP).
Sens 5' vers 3'Le est le sens de synthèse des acides nucléiques par une ADN polymérase ou une ARN polymérase. Par convention, on oriente le brin d'acide nucléique de gauche à droite en fonction des groupes libres sur les nucléotides localisés à chaque extrémité (5′ ou 3′). Nucléotide vignette |redresse=2 |alt=furanose |Représentation schématique d'un furanose, un ose possédant un hétérocycle à 5 carbones. Les atomes de carbone de ce pentose sont numérotés de 1′ à 5′. Dans un nucléotide, la base azotée se lie au carbone 1′ et le phosphate au 5′.
Liaison phosphodiesterIn chemistry, a phosphodiester bond occurs when exactly two of the hydroxyl groups () in phosphoric acid react with hydroxyl groups on other molecules to form two ester bonds. The "bond" involves this linkage . Discussion of phosphodiesters is dominated by their prevalence in DNA and RNA, but phosphodiesters occur in other biomolecules, e.g. acyl carrier proteins. Phosphodiester bonds make up the backbones of DNA and RNA. The phosphate is attached to the 5' carbon. The 3' carbon of one sugar is bonded to the 5' phosphate of the adjacent sugar.
AdénineL'adénine est un composé organique de formule brute C5H5N5, appartenant à la famille des purines. L'adénine est une molécule hétérocyclique, constituée d'un cycle possédant plusieurs atomes d'azote associés avec des atomes de carbone. L'adénine est une base nucléique entrant dans la constitution des nucléotides, composants de base (ou monomères) des acides nucléiques. On la trouve sous forme de nucléotide : dans l'ADN c'est la dAMP pour désoxyadénosine monophosphate ou désoxyadénylate, et dans l'ARN l'AMP pour adénosine monophosphate ou adénylate, ainsi que sous forme de nucléoside avec la désoxyadénosine et l'adénosine.
Liaison osidiqueUne liaison osidique est une liaison chimique covalente entre : Le groupement réducteur (hydroxyle) de la fonction alcool du carbone hémiacétalique d'un ose (carbone anomère, numéro 1 chez les aldoses et numéro 2 des cétoses) ; Le groupement acide (hydrogène libre) d'une autre molécule (alcool glucidique ou autre molécule carboxylique, molécule aminée...). La formation de la liaison produit de l'eau. Elle fixe les oses dans leur conformation α ou β.
NucleobaseNucleobases (nitrogenous bases or simply bases) are nitrogen-containing biological compounds that form nucleosides, which, in turn, are components of nucleotides, with all of these monomers constituting the basic building blocks of nucleic acids. The ability of nucleobases to form base pairs and to stack one upon another leads directly to long-chain helical structures such as ribonucleic acid (RNA) and deoxyribonucleic acid (DNA). Five nucleobases—adenine (A), cytosine (C), guanine (G), thymine (T), and uracil (U)—are called primary or canonical.
InosineL'inosine est un nucléoside formé par l'association d'hypoxanthine et d'un ribose, liés par l'intermédiaire d'une liaison β-N osidique. L'inosine peut former des appariements de type wobble avec les bases A, C et U. centré|vignette|Appariement Wobble Anticodon/Codon L'inosine se retrouve fréquemment dans l'ARNt, en particulier au niveau de la première position de l'anticodon, où elle permet à un même ARNt de s'apparier à plusieurs codons synonymes. Dans l'ARN, l'inosine est formée par désamination de l'adénosine.
