Escherichia coliEscherichia coli, en abrégée E. coli, est une bactérie intestinale des organismes à sang chaud, Gram négatif, du genre Escherichia, en forme de bâtonnet. E. coli est une bactérie aero-anaerobie facultative, appartenant au groupe des colibacilles, très commune chez l'être humain. E. coli constitue, avec d'autres bactéries anaérobies facultatives, 0,1% du microbiote intestinal. Découverte en 1885, par le pédiatre et bactériologiste austro-allemand Theodor Escherich, dans des selles de chèvres, c'est un coliforme fécal généralement commensal.
Biofilmvignette|Lorsque le biofilm est indécelable, il forme un voile microbien. Lorsqu'il est suffisamment épais pour être visible à l'œil nu, il forme un tapis microbien (ici un biofilm autotrophe constitué de cyanobactéries). vignette|Cloître de l'abbaye du Thoronet. Les pierres exposées au ruissellement des eaux de pluie montrent des croûtes constituées de biofilms de lichens épilithiques, de cyanobactéries responsables de la biopatine noire, de parasites (virus ou microchampignons) qui attaquent ces bactéries photosynthétiques et d'autres micro-organismes qui s'en nourrissent.
GentamicineLa gentamicine est un antibiotique de la famille des aminoglycosides utilisé pour traiter divers types d'infections bactériennes, en particulier celles provoquées par des bactéries à Gram négatif. La gentamicine agit en se liant à l'ARN ribosomique au site A du ribosome bactérien, qui est le site de décodage des codons de l'ARN messager. La fixation de la gentamicine augmente fortement le taux d'erreur de lecture par le ribosome, provoquant la synthèse de protéines anormales, dont l'accumulation est létale pour la bactérie.
Détection du quorumvignette| Diagramme montrant les étapes de détection du quorum chez une bactérie Gram négatif. La détection du quorum, ou en, est la capacité d'un micro-organisme (bactérie, archée, microchampignon, virus) à détecter et à réagir à la densité de population de ce microbe par des mécanismes de régulation génétique. À haute densité de population, la concentration de signaux moléculaires présents dans l'environnement sont perçus par les micro-organismes.
AmpicillineLampicilline est un antibiotique à spectre large de la classe des bêta-lactamines agissant sur les bactéries Gram-positives et sur certaines bactéries Gram-négatives. Elle est largement utilisée pour traiter les infections des voies respiratoires, les infections urinaires, la méningite bactérienne, les salmonelloses et l'endocardite infectieuse. Elle est également employée dans le traitement des infections aux streptocoques B chez les nouveau-nés. L'ampicilline est une molécule hémysynthétique découverte en 1961.
Enterococcus faecalisEnterococcus faecalis est une bactérie commensale à Gram positif, habitant le tube digestif des humains et d'autres mammifères. Comme d'autres espèces du genre Enterococcus, E. faecalis peut causer des infections mortelles chez l'homme et le singe, particulièrement dans un environnement hospitalier : le haut niveau de résistance naturelle aux antibiotiques de la bactérie contribue à sa pathogénicité et au risque nosocomial. Elle peut aussi déclencher des inflammations chroniques de l'intestin. E.
AminosideLes aminosides ou aminoglycosides constituent une famille d'antibiotiques actifs sur certains types de bactéries. Ils comprennent l'amikacine, l'isépamicine, la gentamicine, la kanamycine, la néomycine (dont la néomycine B ou framycétine), la nétilmicine, la paromomycine, la streptomycine (le plus connu, découvert non pas par Selman Waksman, comme on l'a longtemps cru, mais par son étudiant, Albert Schatz), la généticine et la tobramycine. La plupart de ces antibiotiques sont produits par des bactéries de la famille des actinomycètes, ou en sont dérivés par hémisynthèse.
Antibiotique bêta-lactamineLes bêta-lactamines (β-lactamines) ou antibiotiques β-lactame sont une large classe d'antibiotiques qui comprennent les dérivés de la pénicilline, les céphalosporines, les monobactames, les carbapénèmes et les inhibiteurs de la β-lactamase, en bref, tout antibiotique qui contient un noyau β-lactame dans sa structure moléculaire. Ces molécules possèdent un noyau (cycle bêta-lactame) qui est la partie efficace de la molécule. Des variations au niveau de la chaîne latérale naturelle ou greffée permettent de modifier les propriétés de la molécule antibiotique.
Pseudomonas aeruginosaPseudomonas aeruginosa, autrement connu sous le nom de bacille pyocyanique, bacille du pus bleu ou pyo, est une bactérie gram-négative du genre Pseudomonas. Les bacilles sont fins, droits et très mobiles grâce à un flagelle polaire : ciliature monotriche, dépourvus de spores et de capsules. Ils apparaissent la plupart du temps isolés ou en diplobacilles. Elle peut, dans certaines conditions, être pathogène. Très résistante, elle est — avec d'autres bactéries à gram-négatif — de plus en plus souvent responsable d'infections nosocomiales.
Staphylococcus epidermidisStaphylococcus epidermidis, le staphylocoque blanc, (synonymes : staphylococcus albus, staphylococcus epidermis)est une bactérie du genre Staphylococcus. Cette espèce gram positive fait partie des cocci. Elle est anaérobie facultative. Il s'agit d'une bactérie commensale de l’humain, typique de la flore de la peau. De ce fait, c'est une source majeure de contamination des échantillons dans les laboratoires d'analyse. Trois souches multirésistantes se sont développées en milieu hospitalier et propagées à travers le monde, devenant une cause préoccupante de maladies nosocomiales.
Microbiote buccal humainvignette|Candidose buccale provoquée par le champignon Candida albicans. Le 'microbiote buccal humain' est l'ensemble des micro-organismes présents dans la bouche des êtres humains. L'étude de ces micro-organismes et de leurs interactions (entre eux et avec leur hôte humain) est la microbiologie orale. Qu'il soit normal ou pathologique, il est encore mal connu, car beaucoup de bactéries buccales ne peuvent être cultivées. Il serait selon N.B Arweiler & L Netuschil (2016) , ayant été découvertes par screening.
MétabolismeLe métabolisme est l'ensemble des réactions chimiques qui se déroulent à l'intérieur de chaque cellule d'un être vivant et lui permettent notamment de se maintenir en vie, de se reproduire (se diviser), de se développer et de répondre aux stimuli de son environnement (échanges par exemple). Certaines de ces réactions chimiques se déroulent en dehors des cellules de l'organisme, comme la digestion ou le transport de substances entre cellules. Cependant, la plupart de ces réactions ont lieu dans les cellules elles-mêmes et constituent le métabolisme intermédiaire.
Streptococcus pyogenesStreptococcus pyogenes, également appelée streptocoque du groupe A, est une bactérie responsable d'infections potentiellement graves chez l'Homme, à l'origine d'un demi-million de morts par an dans le monde. Elle appartient au genre Streptococcus. Il s'agit de cocci à Gram positif se présentant sous forme de chaînettes. Ils sont dépourvus de catalase et d'oxydase et sont anaérobies préférentiels aérotolérants. Sur gélose au sang, ils développent une large zone d'hémolyse complète (= hémolyse de type bêta).
Persister cellsPersister cells are subpopulations of cells that resist treatment, and become antimicrobial tolerant by changing to a state of dormancy or quiescence. Persister cells in their dormancy do not divide. The tolerance shown in persister cells differs from antimicrobial resistance in that the tolerance is not inherited and is reversible. When treatment has stopped the state of dormancy can be reversed and the cells can reactivate and multiply.
Microbiote de l'organisme humainLe microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal est extrêmement divers (biodiversité taxonomique, génétique et fonctionnelle). Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
ListeriaListeria est un genre bactérien, qui compte , dont Listeria monocytogenes, seule pathogène pour les humains où elle provoque la listériose (l'une des zoonoses les plus graves). Les autres espèces comprennent, entre autres, Listeria innocua, Listeria ivanovii subsp. ivanovii, Listeria ivanovii subsp. londoniensis, Listeria grayi, Listeria seeligeri, Listeria welshimeri, Listeria costaricensis, Listeria goaensis et Listeria thailandensis. Les Listeria, nommées d'après Joseph Lister, sont des bacilles de petite taille, mobiles à (grâce à des flagelles), gram positif.
Voie métaboliqueUne voie métabolique est un ensemble de réactions chimiques catalysées par une série d'enzymes qui agissent de manière séquentielle. Chaque réaction constitue une étape d'un processus complexe de synthèse ou de dégradation d'une molécule biologique finale. Dans une voie métabolique, le produit de la réaction catalysée par une enzyme sert de substrat pour la réaction suivante. Les voies métaboliques peuvent être linéaires, ramifiées (ou branchées), voire cycliques.
