Microbiote intestinal humainvignette|Rôles du microbiote intestinal : il protège contre des pathogènes, synthétise des vitamines, participe au développement et à la maturation du système immunitaire, promeut l'angiogenèse, participe à la prise de poids, fermente les fibres en AGCC (acides gras à chaînes courtes), module le SNC (système nerveux central). Le 'microbiote intestinal humain', anciennement appelé flore intestinale humaine, est l'ensemble des microorganismes (archées, bactéries et levures — et les virus qui les infectent) du tractus digestif humain, c'est-à-dire .
Microbiotevignette|Escherichia coli, l'une des espèces bactériennes sous-dominantes du microbiote intestinal. Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal : zoobiote ; végétal : phytobiote ; sol : microbiote tellurique ; air : aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale). Ces micro-organismes peuvent être présents sans impact sur leur hôte (commensalisme) ou entrer en interaction étroite avec lui (mutualisme, parasitisme non létal).
Microbiomevignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
Axe intestin-cerveauvignette|L'axe intestin-cerveau est la relation entre le tractus gastro-intestinal et la fonction et le développement du cerveau. L'axe intestin-cerveau est la signalisation biochimique qui se produit entre le tractus gastro-intestinal et le système nerveux central (SNC). Le terme "axe intestin-cerveau" est parfois utilisé pour désigner le rôle du microbiote intestinal dans l'interaction, alors que le terme "axe microbiote-intestin-cerveau" inclut explicitement le rôle de la flore intestinale dans les événements de signalisation biochimique qui ont lieu entre le tractus gastro-intestinal et le SNC.
Acide biliaireLes acides biliaires (également connus sous le nom de sels biliaires) sont formés par des dérivés du cholestérol et par des stéroïdes acides sécrétés par le foie et se trouvent principalement dans la bile des mammifères. Ils permettent la fragmentation des gros globules de lipides alimentaires, conduisant ainsi à la formation de microgoutelettes. Cette émulsion facilite alors la digestion des lipides par la lipase pancréatique.
Malabsorption des acides biliairesLa malabsorption des acides biliaires, également appelée diarrhée biliaire, est à l’origine de plusieurs problèmes intestinaux, le principal étant une diarrhée chronique. On l'appelle aussi diarrhée provoquée par les acides biliaires, entéropathie cholérétique et malabsorption des sels biliaires. Elle peut résulter d'un syndrome de malabsorption secondaire à une maladie gastro-intestinale ou d'un trouble primaire associé à une production excessive d'acides biliaires. Le traitement avec de séquestrants d'acides biliaires est souvent efficace.
Microbiote de l'organisme humainLe microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal est extrêmement divers (biodiversité taxonomique, génétique et fonctionnelle). Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
Bilevignette|right|upright=0.7|Le cycle entéro-hépatique de la bile ou cycle biliaire de Schiff La bile est un liquide biologique jaune-verdâtre, légèrement basique (pH compris entre 7,6 et 8,6) qui favorise la digestion, plus spécifiquement celle des lipides. Elle est sécrétée de manière continue par le foie à raison de par jour. Près de la moitié de cette production est stockée et concentrée dans la vésicule biliaire principalement la nuit et l'autre moitié est directement déversée dans le duodénum.
Métagénomiquevignette|300px|À titre d'exemple : Indices comparés de biodiversité pour 19 métagénomes marins échantillonnés par l'expédition , tels qu'analysés avec GenGIS. La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex : intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire).
Appareil digestifLe système digestif, appelé aussi appareil digestif, est l'ensemble des organes qui chez les êtres vivants a pour rôle d'assurer l'ingestion et la digestion des aliments pour en extraire l'énergie et les nutriments nécessaires à la survie de l'organisme qui sont ensuite absorbés par l'organisme. Ce système est essentiel à la vie des animaux et se retrouve nécessairement pour toutes les espèces. Le rôle de ce système biologique est également d'assurer l'excrétion des matières alimentaires qui n'ont pu être absorbées par l'organisme.
Marine microorganismsMarine microorganisms are defined by their habitat as microorganisms living in a marine environment, that is, in the saltwater of a sea or ocean or the brackish water of a coastal estuary. A microorganism (or microbe) is any microscopic living organism or virus, that is too small to see with the unaided human eye without magnification. Microorganisms are very diverse. They can be single-celled or multicellular and include bacteria, archaea, viruses and most protozoa, as well as some fungi, algae, and animals, such as rotifers and copepods.
MetaproteomicsMetaproteomics (also Community Proteomics, Environmental Proteomics, or Community Proteogenomics) is an umbrella term for experimental approaches to study all proteins in microbial communities and microbiomes from environmental sources. Metaproteomics is used to classify experiments that deal with all proteins identified and quantified from complex microbial communities. Metaproteomics approaches are comparable to gene-centric environmental genomics, or metagenomics.
MétabolomiqueLa métabolomique est une science très récente qui étudie l'ensemble des métabolites primaires (sucres, acides aminés, acides gras) et des métabolites secondaires dans le cas des plantes (polyphénols, flavonoïdes, alcaloïdes) présents dans une cellule, un organe ou un organisme. C'est l'équivalent de la génomique pour l'ADN. Elle utilise la spectrométrie de masse et la résonance magnétique nucléaire. Médecine : selon des chercheurs de la Harvard Medical School, les taux sanguins de cinq acides aminés (isoleucine, leucine, valine, tyrosine et phénylalanine) aideraient à prédire le risque de diabète.
Épithélium intestinalvignette|Structure schématique d'une villosité intestinale. Les entérocytes proviennent des cellules souches indifférenciées localisées dans les cryptes (4 à 6 par cryptes). L'épithélium intestinal est la couche de cellules qui recouvre les villosités de l'intérieur de l'intestin et qui fait la liaison entre l'intérieur de l'intestin et l'intérieur de l'organisme. Cet épithélium est de type prismatique unistratifié (ou simple) à plateau strié.
MétabolomeThe metabolome refers to the complete set of small-molecule chemicals found within a biological sample. The biological sample can be a cell, a cellular organelle, an organ, a tissue, a tissue extract, a biofluid or an entire organism. The small molecule chemicals found in a given metabolome may include both endogenous metabolites that are naturally produced by an organism (such as amino acids, organic acids, nucleic acids, fatty acids, amines, sugars, vitamins, co-factors, pigments, antibiotics, etc.
Biliary tractThe biliary tract (also biliary tree or biliary system) refers to the liver, gallbladder and bile ducts, and how they work together to make, store and secrete bile. Bile consists of water, electrolytes, bile acids, cholesterol, phospholipids and conjugated bilirubin. Some components are synthesized by hepatocytes (liver cells); the rest are extracted from the blood by the liver. Bile is secreted by the liver into small ducts that join to form the common hepatic duct. Between meals, secreted bile is stored in the gallbladder.
Lithiase biliaireLa lithiase biliaire, ou cholélithiase, est une maladie caractérisée par la présence de calcul biliaire, corps cristallin formé par accrétion ou concrétion de composants normaux ou anormaux de la bile dans la vésicule ou les voies biliaires. Il peut y avoir un ou de multiples calculs biliaires, parfois plus de 100, mesurant de moins d' (soit la taille d'un grain de sable) jusqu'à plus de (la taille d'une balle de golf). La composition des calculs peut varier et dépend de l'âge, du régime alimentaire et de l'ethnie.
Écologie microbienneL'écologie microbienne aborde la place et le rôle des micro-organismes dans un habitat (environnement, écosystème) ainsi que les interactions des micro-organismes entre eux, avec leur milieu et/ou avec un hôle (holobionte). Les micro-organismes étant très nombreux, ubiquistes (présents partout dans le monde), très diversifiés, très adaptatifs, ont une importance primordiale dans de nombreux domaines.
ClostridiumClostridium est un genre bactérien regroupant des bacilles gram positifs strictement anaérobies et sporulés, assurant généralement leur mobilité par des flagelles péritriches. Il inclut des pathogènes humains comme ceux causant le botulisme ou le tétanos. On a longtemps inclus dans ce genre la bactérie Clostridium difficile aujourd'hui renommée Clostridioides difficile après analyse de son ARN ribosomique 16S. Les cellules reproductives, dites forme végétative, ont la forme d'un bacille d'où leur nom, du grec κλωστήρ 'fuseau'.
Bile d'oursvignette|Un ours en cage pour récolte de bile dans une ferme à Huizhou en Chine. vignette|L'Ours noir d'Asie sur lequel est prélevé la bile pour ses vertus thérapeutiques et aphrodisiaques supposées La bile d'ours est un remède de la médecine traditionnelle chinoise. Elle est prélevée directement sur les animaux vivants, coincés dans leur cage, à l'aide d'un cathéter introduit dans la vésicule biliaire après incision. La bile d'ours est encore très prisée en Asie, et le gramme de bile séchée se vend en moyenne .
