Whole genome sequencingWhole genome sequencing (WGS), also known as full genome sequencing, complete genome sequencing, or entire genome sequencing, is the process of determining the entirety, or nearly the entirety, of the DNA sequence of an organism's genome at a single time. This entails sequencing all of an organism's chromosomal DNA as well as DNA contained in the mitochondria and, for plants, in the chloroplast. Whole genome sequencing has largely been used as a research tool, but was being introduced to clinics in 2014.
Projet de séquençage de génomeLes projets de séquençage de génome sont des projets scientifiques qui ont pour but d'obtenir les séquences complètes des génomes de différents organismes: bactéries, plantes, champignons, animaux, et humain. Ce travail nécessite la séquence de l'ADN de chacun des chromosomes de l'espèce. Pour une bactérie, il n'y a qu'un chromosome à séquencer. Pour l'espèce humaine, qui possède 22 paires de chromosomes et 2 chromosomes sexuels (X et Y), il y a 24 chromosomes à séquencer. Le projet génome humain est abouti depuis 2003.
Projet Génome humainvignette|Le génome humain est constitué de l'ensemble de l'information portée par nos 23 paires de chromosomes. Le (PGH, ou HGP pour l'anglais Human Genome Project) est un programme lancé fin 1988 dont la mission était d'établir le séquençage complet de l'ADN du génome humain. Son achèvement a été annoncé le . Le nouveau projet lancé dans la foulée en , ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements), donne des résultats importants sur l'ADN non codant humain.
Vibrio choleraeVibrio cholerae (le vibrion cholérique ou le bacille virgule en français) est une bactérie à gram négatif, en forme de bâtonnet incurvé, mobile et responsable chez l'Homme du choléra, une maladie épidémique contagieuse. Pendant des siècles, la maladie reste inconnue en Europe, se propageant surtout en Asie et en Afrique. La première mention de cette maladie en Europe est faite en 1503 par un officier portugais revenant des Indes, racontant une maladie y ayant fait morts.
CholéraLe choléra est une toxi-infection entérique épidémique contagieuse due à la bactérie Vibrio choleræ (« vibrion cholérique ») ou parfois aussi appelée « bacille virgule », découverte par l'anatomiste italien Filippo Pacini en 1854 et redécouverte par le bactériologiste allemand Robert Koch en 1884. Strictement limité à l'espèce humaine, le choléra se caractérise par des diarrhées brutales et très abondantes (gastro-entérite) menant à une sévère déshydratation.
Séquençage de l'ADNcadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.
Vibrio vulnificusVibrio vulnificus est une espèce de bactéries Gram-négative, en forme de bâtonnet appartenant au genre Vibrio. Présente dans les environnements marins comme les estuaires ou les eaux côtières, V. vulnificus est proche de V. cholerae, l'agent responsable du choléra. Les infections causées par V. vulnificus conduisent à une cellulite ou une septicémie. Elle a été isolée pour la première fois en 1976. L'étymologie de l'épithète de l'espèce Vibrio vulnificus est la suivante : vul.ni.fi.cus L. masc. adj.
Reference genomeA reference genome (also known as a reference assembly) is a digital nucleic acid sequence database, assembled by scientists as a representative example of the set of genes in one idealized individual organism of a species. As they are assembled from the sequencing of DNA from a number of individual donors, reference genomes do not accurately represent the set of genes of any single individual organism. Instead a reference provides a haploid mosaic of different DNA sequences from each donor.
Third-generation sequencingThird-generation sequencing (also known as long-read sequencing) is a class of DNA sequencing methods currently under active development. Third generation sequencing technologies have the capability to produce substantially longer reads than second generation sequencing, also known as next-generation sequencing. Such an advantage has critical implications for both genome science and the study of biology in general. However, third generation sequencing data have much higher error rates than previous technologies, which can complicate downstream genome assembly and analysis of the resulting data.
GénomeLe génome (//), ou plus rarement génôme, est l'ensemble du matériel génétique d'une espèce codé dans son acide désoxyribonucléique (ADN), à l'exception de certains virus dont le génome est constitué d'acide ribonucléique (ARN). Il contient en particulier tous les gènes codant des protéines ou correspondant à des ARN structurés. Il se décompose donc en séquences codantes (transcrites en ARN messagers et traduites en protéines) et non codantes (non transcrites, ou transcrites en ARN, mais non traduites).
VibrioVibrio (en français les Vibrions) est un genre de bacilles Gram négatifs de la famille des Vibrionaceae. Son nom tiré du latin vibro (vibrer, tressaillir, trembler) fait référence à la mobilité extrême et d'allure désordonnée observée chez ces bactéries. C'est le genre type de l'ordre des Vibrionales et de la famille des Vibrionaceae. En 2022 le nombre d'espèces décrites et validement publiées a déjà largement dépassé la centaine. La plus célèbre est aussi l'espèce type, Vibrio cholerae, qui est l'agent responsable de l'infection toxinique grave appelée choléra.
Human genomeThe human genome is a complete set of nucleic acid sequences for humans, encoded as DNA within the 23 chromosome pairs in cell nuclei and in a small DNA molecule found within individual mitochondria. These are usually treated separately as the nuclear genome and the mitochondrial genome. Human genomes include both protein-coding DNA sequences and various types of DNA that does not encode proteins. The latter is a diverse category that includes DNA coding for non-translated RNA, such as that for ribosomal RNA, transfer RNA, ribozymes, small nuclear RNAs, and several types of regulatory RNAs.
Genome evolutionGenome evolution is the process by which a genome changes in structure (sequence) or size over time. The study of genome evolution involves multiple fields such as structural analysis of the genome, the study of genomic parasites, gene and ancient genome duplications, polyploidy, and comparative genomics. Genome evolution is a constantly changing and evolving field due to the steadily growing number of sequenced genomes, both prokaryotic and eukaryotic, available to the scientific community and the public at large.
Troisième pandémie de choléraLa troisième pandémie de choléra (1846-1860) est une épidémie de choléra à l'échelle mondiale. Elle est généralement considérée comme la plus dévastatrice des grandes pandémies historiques. Partie de l'Inde elle s'est étendue à de vastes zones d'Asie, d'Europe, d'Amérique du Nord et d'Afrique. Selon des chercheurs de l'UCLA, elle a pu commencer dès 1837 et durer jusqu'en 1863. Issu, comme celui de 1832, du sous-continent indien, le choléra touche la Birmanie en 1842, puis l’Afghanistan et le Turkestan.
Sequence analysisIn bioinformatics, sequence analysis is the process of subjecting a DNA, RNA or peptide sequence to any of a wide range of analytical methods to understand its features, function, structure, or evolution. Methodologies used include sequence alignment, searches against biological databases, and others. Since the development of methods of high-throughput production of gene and protein sequences, the rate of addition of new sequences to the databases increased very rapidly.
Continentvignette|Carte animée montrant les différents systèmes de continents. Le mot continent vient du latin continere pour , ou continens terra, les . Au sens propre, ce terme désigne une vaste étendue émergée continue du sol à la surface du globe terrestre. Cependant, en géographie, la définition est souvent amendée selon des critères faisant appel à des habitudes historiques et culturelles. On retrouve ainsi certains systèmes de continents qui considèrent l'Europe et l'Asie comme deux continents, alors que l'Eurasie ne forme qu'une étendue de terre.
Afriquevignette|alt=photo de la Terre vue de l'espace, centrée sur l'Afrique|L'Afrique vue de l'espace. L’Afrique est un continent qui couvre 6 % de la surface de la Terre et 20 % de la surface des terres émergées. Sa superficie est de avec les îles, ce qui en fait la troisième mondiale si l'on compte l'Amérique comme un seul continent. Avec plus de 1,3 milliard d'habitants, l'Afrique est le deuxième continent le plus peuplé après l'Asie et représente 17,2 % de la population mondiale en 2020.
Épidémie de choléraLe choléra est une maladie strictement humaine, elle se manifeste par des diarrhées gravissimes entraînant une déshydratation rapide, souvent mortelle en l'absence de traitement. Elle se transmet par voie digestive en étant provoquée par l'ingestion de Vibrio cholerae. La maladie peut se présenter sous une forme endémique ou épidémique. Elle est endémique quand elle réapparaît régulièrement dans une même région (Asie du sud, Afrique centrale). Elle est épidémique quand elle survient de façon imprévisible dans des régions jusque-là indemnes.
République démocratique du CongoLa république démocratique du Congo (en kikongo ya leta : Repubilika ya Kôngo ya Dimokalasi, en swahili : Jamhuri ya Kidemokrasia ya Kongo, en lingala : Republíki ya Kongó Demokratíki, en tshiluba : Ditunga dia Kongu wa Mungalaata), aussi appelée plus simplement RDC, Congo, RD Congo ou de manière informelle Congo-Kinshasa (pour le distinguer du Congo-Brazzaville), est un pays d'Afrique centrale. C'est le troisième pays le plus peuplé d'Afrique (derrière le Nigeria et l'Éthiopie), ainsi que le pays francophone le plus peuplé.
Continent australienthumb|250px|La plaque continentale australienne (en bleu clair) comprend la Nouvelle-Guinée mais pas les îles du Pacifique comme la Nouvelle-Zélande. En géologie et géographie, le continent australien (appelé aussi Australie-Nouvelle-Guinée, Sahul, Meganesia, Grande Australie, Australasie, ou Australinea) est un continent comprenant, par ordre de taille, l'Australie continentale, la Nouvelle-Guinée, la Tasmanie et les îles environnantes.
