ClostridiumClostridium est un genre bactérien regroupant des bacilles gram positifs strictement anaérobies et sporulés, assurant généralement leur mobilité par des flagelles péritriches. Il inclut des pathogènes humains comme ceux causant le botulisme ou le tétanos. On a longtemps inclus dans ce genre la bactérie Clostridium difficile aujourd'hui renommée Clostridioides difficile après analyse de son ARN ribosomique 16S. Les cellules reproductives, dites forme végétative, ont la forme d'un bacille d'où leur nom, du grec κλωστήρ 'fuseau'.
Bacillus subtilisBacillus subtilis est une bactérie catalase-positive que l'on trouve habituellement dans le sol, mais c'est surtout une espèce ubiquitaire. Comme son embranchement l'indique, c'est une bactérie à gram +. Sa longueur varie de 2 à 4 μm et sa largeur de 0,5 à 2 μm. Elle a pour forme cellulaire des bâtonnets droits à bout arrondis. Elle est mobile grâce à une ciliature péritriche (un système de flagelle qui recouvre tous les côtés de la surface d'une bactérie).
BacillusLes Bacillus forment un genre de bactéries à gram positif, appartenant à la famille des bacillacées (Bacillaceae), l’ordre des bacillales (Bacillales), la classe des bacilles (Bacillis), le phyllum des firmicutes (Firmicutes). De forme bacilles, les dimensions de ces bactéries sont variables ; elles peuvent aller de (0.5 × 1.2 μm) à (2.5 × 10 μm). Elles sont aérobies ou aéro-anaérobies facultatives, et tirent leur énergie par respiration ou fermentation.
Sulfur-reducing bacteriaSulfur-reducing bacteria are microorganisms able to reduce elemental sulfur (S0) to hydrogen sulfide (H2S). These microbes use inorganic sulfur compounds as electron acceptors to sustain several activities such as respiration, conserving energy and growth, in absence of oxygen. The final product of these processes, sulfide, has a considerable influence on the chemistry of the environment and, in addition, is used as electron donor for a large variety of microbial metabolisms.
Microbial metabolismMicrobial metabolism is the means by which a microbe obtains the energy and nutrients (e.g. carbon) it needs to live and reproduce. Microbes use many different types of metabolic strategies and species can often be differentiated from each other based on metabolic characteristics. The specific metabolic properties of a microbe are the major factors in determining that microbe's ecological niche, and often allow for that microbe to be useful in industrial processes or responsible for biogeochemical cycles.
Clostridioides difficileClostridioides difficile, anciennement Clostridium difficile, est une espèce de bactéries du genre Clostridioides. Il s’agit de bacilles gram positifs, anaérobies stricts et sporulés. Cette espèce a été initialement appelée Clostridium difficile car associée au genre Clostridium mais l'analyse de son ARN ribosomique 16S en 2016 a conduit à l'en distinguer. Clostridioides difficile est le principal agent étiologique de la diarrhée nosocomiale chez les patients sous antibiothérapie.
Clostridium perfringens(anciennement appelé Clostridium welchii ou parfois Bacillus perfringens) est un bacille Gram positif du genre Clostridium. La bactérie est immobile, sporulée et anaérobie stricte. Cette bactérie va produire des nécrotoxines, provoquant ainsi l'entérite nécrosante. La toxine majeure la plus fréquente est la toxine alpha, essentiellement produite par Clostridium perfringens type A. Cette toxine est impliquée dans de très nombreux cas de gangrène chez les animaux dont l'humain.
EndosporeL’endospore ou spore est une structure qui se forme au sein du cytoplasme de certaines espèces de bactéries lorsque les conditions environnementales sont défavorables (stress nutritif, dessiccation, chaleur...). L’endospore permet à la bactérie de survivre à ces conditions défavorables dans un état de vie ralentie (état de dormance). L’endospore représente donc une forme de résistance mais aussi une forme de dissémination. Les bactéries des genres Clostridium, Bacillus, Sporosarcina sont des exemples de bactéries pouvant sporuler.
Clostridium botulinumLa bactérie Clostridium botulinum est un bacille à Gram positif, anaérobie, du genre Clostridium, responsable du botulisme. Clostridium botulinum est une bactérie productrice de spores, qui représentent la forme de résistance de la bactérie. Cette spore peut résister à de faibles traitements thermiques (ex : pasteurisation) et germer (c'est-à-dire donner une cellule métaboliquement active), ce qui peut poser des problèmes en sécurité alimentaire. C. botulinum sécrète une des toxines les plus puissantes du monde vivant.
Bacillus cereusBacillus cereus est une bactérie appartenant au genre Bacillus. La morphologie du germe correspond à un grand bacille en forme de bâtonnet de de large pour 3 à de long, sporulé, mobile grâce à une ciliature péritriche, d'une longueur supérieure à 3 μm et d'un diamètre moyen de 1,4 μm et de type respiratoire aéro-anaérobie, présentant une positivité à la coloration de Gram, et synthétisant deux types de toxines : une toxine thermostable et une toxine thermolabile.
Gram positifLes bactéries à Gram positif sont mises en évidence par une technique de coloration appelée coloration de Gram. Cette technique de coloration, qui permet de classifier les bactéries dans deux catégories générales, repose sur les caractéristiques membranaires et de paroi de la bactérie. Les bactéries à Gram positif apparaissent alors mauves au microscope. La coloration au Gram est un facteur déterminant dans la taxonomie (classification) bactérienne.
BactérieLe terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
Colite pseudomembraneuseLa colite pseudomembraneuse est une inflammation très sévère du côlon causée par une infection à Clostridioides difficile, dans un contexte de prise d'antibiotiques récente. On parle aussi d'entérocolites pseudomembraneuses. La description clinique réunit Chen N, Shih SL, Images in clinical medicine. Pseudomembranous colitis, N Engl J Med. 2011;364(5):e8.
Micro-organisme sulfato-réducteurvignette|Desulfovibrio vulgaris est l'espèce de micro-organisme sulfato-réductrice la plus étudiée ; la barre d'échelle en haut à droite représente 0,5 μm de longueur. Les micro-organismes sulfato-réducteurs (MSR) ou réducteurs de sulfate, encore appelés procaryotes sulfato-réducteurs (PSR) sont un groupe de microorganismes comprenant les bactéries sulfato-réductrices (BSR) et les archées sulfato-réducteurs (ASR). Ces deux sous-groupes peuvent effectuer leur respiration anaérobie en utilisant le sulfate (SO42−) comme accepteur d'électron final, en le réduisant en sulfure d'hydrogène (H2S).
Bacillus anthracisLe bacille du charbon (Bacillus anthracis) ou bactéridie charbonneuse ou Bacille de Davaine est une bactérie du genre Bacillus qui cause la maladie du charbon. La bactéridie charbonneuse a été identifiée presque simultanément (et indépendamment) au début des années 1850, en Allemagne par Aloys Pollender, et en France par Pierre Rayer et Casimir Davaine, mais c'est Robert Koch qui, en 1876, parvient à la cultiver, et découvre le phénomène de la sporulation permettant sa survie dans le sol.
SporeEn biologie, une spore, du grec ancien , « ensemencement, semence » est une cellule ou plus rarement une formation pluricellulaire reproductive (elle donne un nouvel individu par reproduction asexuée ou sexuée). Elle constitue une des étapes du cycle de vie de nombreuses bactéries, plantes, algues, champignons, voire de certains protozoaires. Les spores (mitospore ou méiospore) donnent naissance par mitoses à un nouvel individu (appelé gamétophyte chez les plantes) sans fécondation, ce qui les distingue des gamètes.
GénomiqueLa génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'un cancer, etc. à l'échelle du génome, au lieu de se limiter à l'échelle d'un seul gène. La génomique se divise en deux branches : La génomique structurale, qui se charge du séquençage du génome entier ; La génomique fonctionnelle, qui vise à déterminer la fonction et l'expression des gènes séquencés en caractérisant le transcriptome et le protéome. La génomique est l'équivalent de la métabolomique pour les métabolites.
Bacterial cellular morphologiesBacterial cellular morphologies are morphologies that are characteristic of various types bacteria and often a key factor in identifying bacteria species. Their direct examination under the light microscope enables the classification of these bacteria and archaea. Generally, the basic morphologies are spheres (coccus) and round-ended cylinders or rod shaped (bacillus). But, there are also other morphologies such as helically twisted cylinders (example Spirochetes), cylinders curved in one plane (selenomonads) and unusual morphologies (the square, flat box-shaped cells of the Archaean genus Haloquadratum).
Cycle du soufreLe cycle du soufre est le cycle biogéochimique des différentes formes du soufre. Le soufre est un élément essentiel à la vie qui, comme le carbone, le phosphore, l'oxygène, l'azote ou encore l'eau, possède son propre cycle de vie. En effet, le soufre est présent partout sur Terre, atmosphère, océans, continents, mais aussi chez tous les êtres vivants sous forme de molécules organiques : les acides aminés soufrés constituants de protéines (méthionine et cystéine).
Génomique comparativeLa génomique comparative est l'étude comparative de la structure en fonction des génomes de différentes espèces. Elle permet d'identifier et de comprendre les effets de la sélection sur l'organisation et l'évolution des génomes. Ce nouvel axe de recherche bénéficie de l'augmentation du nombre de génomes séquencés et de la puissance des outils informatiques. Une des applications majeures de la génomique comparative est la découverte de gènes et de leurs séquences régulatrices non codantes basée sur le principe de conservation.
