Microbiote de l'organisme humainLe microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal est extrêmement divers (biodiversité taxonomique, génétique et fonctionnelle). Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
Colonisation bactérienne chronique de l'intestin grêleLa colonisation bactérienne chronique de l'intestin grêle (CBCG), aussi appelé SIBO (pour Small Intestinal Bacterial Overgrowth), consiste en une prolifération excessive et pathologique de bactéries au niveau de l'intestin grêle. Normalement, c'est dans le côlon que se trouve la majorité du microbiote intestinal, soit de bactéries, selon les individus.
Microbiote intestinal humainvignette|Rôles du microbiote intestinal : il protège contre des pathogènes, synthétise des vitamines, participe au développement et à la maturation du système immunitaire, promeut l'angiogenèse, participe à la prise de poids, fermente les fibres en AGCC (acides gras à chaînes courtes), module le SNC (système nerveux central). Le 'microbiote intestinal humain', anciennement appelé flore intestinale humaine, est l'ensemble des microorganismes (archées, bactéries et levures — et les virus qui les infectent) du tractus digestif humain, c'est-à-dire .
Agent infectieuxUn est un agent biologique pathogène responsable d'une maladie infectieuse. Les agents infectieux sont majoritairement des micro-organismes, notamment des bactéries et des virus. Cependant, certains agents pathogènes ne sont pas des organismes (les prions), d'autres ne sont pas microscopiques (les vers parasites). Le pouvoir pathogène d'un agent infectieux mesure sa capacité à provoquer une maladie chez un organisme hôte. La virulence d'un agent infectieux mesure sa capacité à se développer dans un organisme (pouvoir invasif) et à y sécréter des toxines (pouvoir toxique).
InfectionAn infection is the invasion of tissues by pathogens, their multiplication, and the reaction of host tissues to the infectious agent and the toxins they produce. An infectious disease, also known as a transmissible disease or communicable disease, is an illness resulting from an infection. Infections can be caused by a wide range of pathogens, most prominently bacteria and viruses. Hosts can fight infections using their immune systems. Mammalian hosts react to infections with an innate response, often involving inflammation, followed by an adaptive response.
Adhésine bactérienneAdhesins are cell-surface components or appendages of bacteria that facilitate adhesion or adherence to other cells or to surfaces, usually in the host they are infecting or living in. Adhesins are a type of virulence factor. Adherence is an essential step in bacterial pathogenesis or infection, required for colonizing a new host. Adhesion and bacterial adhesins are also a potential target for prophylaxis or treatment of bacterial infections. Bacteria are typically found attached to and living in close association with surfaces.
Digestionvignette|Système digestif. La digestion est un mode de transformation mécanique et chimique des aliments en nutriments assimilables ou non par l'organisme. Par définition, la digestion est un processus présent chez tous les organismes hétérotrophes. Cette digestion se réalise dans un système digestif qui peut correspondre à une simple vacuole digestive d'une eubactérie, ou se spécialiser comme c'est le cas des mammifères ruminants (bovins, moutons, cervidés).
Méthanisationvignette|upright=1.7|Digesteurs anaérobies : Tel-Aviv (Israël). La méthanisation est un processus biologique de dégradation des matières organiques. Elle est appelée aussi biométhanisation ou digestion anaérobie. La digestion anaérobie est le processus naturel biologique de dégradation de la matière organique en absence d'oxygène (anaérobie) ; les polluants organiques sont convertis par des micro-organismes anaérobies en un produit gazeux (dont le méthane) et une boue résiduelle, le digestat, qui ont un potentiel de réutilisation.
Skin infectionA skin infection is an infection of the skin in humans and other animals, that can also affect the associated soft tissues such as loose connective tissue and mucous membranes. They comprise a category of infections termed skin and skin structure infections (SSSIs), or skin and soft tissue infections (SSTIs), and acute bacterial SSSIs (ABSSSIs). They are distinguished from dermatitis (inflammation of the skin), although skin infections can result in skin inflammation.
Escherichia coliEscherichia coli, en abrégée E. coli, est une bactérie intestinale des organismes à sang chaud, Gram négatif, du genre Escherichia, en forme de bâtonnet. E. coli est une bactérie aero-anaerobie facultative, appartenant au groupe des colibacilles, très commune chez l'être humain. E. coli constitue, avec d'autres bactéries anaérobies facultatives, 0,1% du microbiote intestinal. Découverte en 1885, par le pédiatre et bactériologiste austro-allemand Theodor Escherich, dans des selles de chèvres, c'est un coliforme fécal généralement commensal.
Interaction hôte-pathogèneL' interaction hôte-pathogène est définie comme la manière dont les microbes ou les virus se maintiennent dans les organismes hôtes au niveau moléculaire, cellulaire, de l'organisme ou de la population. Ce terme est le plus souvent utilisé pour désigner des micro-organismes causant des maladies, bien qu'ils ne provoquent pas nécessairement de maladies chez tous les hôtes. Pour cette raison, la définition a été étendue à la manière dont les agents pathogènes connus survivent chez leur hôte, qu’ils causent une maladie ou non.
Bacterial cell structureThe bacterium, despite its simplicity, contains a well-developed cell structure which is responsible for some of its unique biological structures and pathogenicity. Many structural features are unique to bacteria and are not found among archaea or eukaryotes. Because of the simplicity of bacteria relative to larger organisms and the ease with which they can be manipulated experimentally, the cell structure of bacteria has been well studied, revealing many biochemical principles that have been subsequently applied to other organisms.
Appareil digestifLe système digestif, appelé aussi appareil digestif, est l'ensemble des organes qui chez les êtres vivants a pour rôle d'assurer l'ingestion et la digestion des aliments pour en extraire l'énergie et les nutriments nécessaires à la survie de l'organisme qui sont ensuite absorbés par l'organisme. Ce système est essentiel à la vie des animaux et se retrouve nécessairement pour toutes les espèces. Le rôle de ce système biologique est également d'assurer l'excrétion des matières alimentaires qui n'ont pu être absorbées par l'organisme.
Pathogenic bacteriaPathogenic bacteria are bacteria that can cause disease. This article focuses on the bacteria that are pathogenic to humans. Most species of bacteria are harmless and are often beneficial but others can cause infectious diseases. The number of these pathogenic species in humans is estimated to be fewer than a hundred. By contrast, several thousand species are part of the gut flora present in the digestive tract.
PéristaltismeOn appelle péristaltisme l'ensemble des contractions musculaires (« mouvements péristaltiques ») permettant la progression d'un contenu à l'intérieur d'un organe creux. Le mot dérive du néo-latin et provient du grec peristallein, « entourer ». thumb|Vue simplifiée du mécanisme de péristaltisme Concernant le tube digestif, il s'agit de la progression du bol alimentaire de la bouche (plus précisément du pharynx) jusqu'au rectum (anus). Il est unidirectionnel : on dit que la progression se fait dans le sens oral-aboral.
Microbiotevignette|Escherichia coli, l'une des espèces bactériennes sous-dominantes du microbiote intestinal. Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal : zoobiote ; végétal : phytobiote ; sol : microbiote tellurique ; air : aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale). Ces micro-organismes peuvent être présents sans impact sur leur hôte (commensalisme) ou entrer en interaction étroite avec lui (mutualisme, parasitisme non létal).
Neonatal infectionNeonatal infections are infections of the neonate (newborn) acquired during prenatal development or within the first four weeks of life. Neonatal infections may be contracted by mother to child transmission, in the birth canal during childbirth, or after birth. Neonatal infections may present soon after delivery, or take several weeks to show symptoms. Some neonatal infections such as HIV, hepatitis B, and malaria do not become apparent until much later.
IngestionL'ingestion est l'intégration d'aliments et de liquides, dans un organisme vivant, par une vésicule transportrice (endocytose), ou par un organe dédié tel que la bouche. L'ingestion est l'une des voies d'entrée dans l'organisme de certains parasites et microbes. La voie orale est aussi une voie de délivrance de médicaments.
Microscope confocalvignette|upright=2|Schéma de principe du microscope confocal par Marvin Minsky en 1957. vignette|upright=1.5|Principe de fonctionnement du microscope à fluorescence puis du microscope confocal. Un microscope confocal, appelé plus rarement microscope monofocal, est un microscope optique qui a la propriété de réaliser des images de très faible profondeur de champ (environ ) appelées « sections optiques ».
OstéomyéliteL’ostéomyélite hématogène est une infection osseuse due à un germe qui atteint l'os par voie hématogène. Elle siège préférentiellement au niveau des métaphyses des os longs. Elle doit être distinguée des autres atteintes osseuses par inoculation directe ou par contiguïté. vignette|Fémur découvert dans un cimetière ancien du Pérou (Vallée de Chicama) présentant des traces d'ostéomyélite vignette|Os dégradés par ostéomyélite (à partir de spécimens anciens ou issus des cadavres ou amputations induits par la guerre civile américaine) Source : Archives médicales militaires des États-Unis Lors d'une septicémie ou une bactériémie, le germe atteint l'os par voie sanguine.
