Reverse transcription polymerase chain reactionReverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) is a laboratory technique combining reverse transcription of RNA into DNA (in this context called complementary DNA or cDNA) and amplification of specific DNA targets using polymerase chain reaction (PCR). It is primarily used to measure the amount of a specific RNA. This is achieved by monitoring the amplification reaction using fluorescence, a technique called real-time PCR or quantitative PCR (qPCR).
Réaction en chaîne par polymérasevignette|Diagramme des quatre premiers cycles de la PCR. Lamplification en chaîne par polymérase (ACP) ou réaction de polymérisation en chaîne, généralement siglée PCR (de l'polymerase chain reaction) est une méthode de biologie moléculaire permettant d'obtenir rapidement, in vitro, un grand nombre de segments d'ADN identiques, à partir d'une séquence initiale.
PCR quantitativeLa PCR quantitative (ou qPCR), ou PCR en temps réel, est une méthode particulière de réaction en chaîne par polymérase permettant de mesurer la quantité initiale d'ADN. En réalité, la PCR quantitative mesure le nombre d'amplicon (portion d'ADN définie par un couple d'amorces). Il existe diverses techniques permettant de quantifier l'ADN en biologie moléculaire. On peut utiliser la spectrophotométrie UV-visible à qui permet de connaître avec précision la concentration d'ADN total dans un échantillon par dosage optique.
SARS-CoV-2Le SARS-CoV-2 (acronyme anglais de severe acute respiratory syndrome ), soit du syndrome respiratoire aigu sévère, est le virus responsable de la Covid-19. Son acronyme est parfois partiellement francisé en SRAS-CoV-2. Ce coronavirus hautement pathogène a été découvert en dans la ville de Wuhan (province de Hubei, en Chine). Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN monocaténaire de polarité positive du groupe de la classification Baltimore. C'est une souche nouvelle de l'espèce SARSr-CoV, dans le genre betacoronavirus qui regroupe entre autres les SARS-CoV-1 et MERS-CoV.
Test diagnostique du SARS-CoV-2Un test diagnostique du SARS-CoV-2 peut être effectué en cas de suspicion de maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) à l'examen clinique et en complément à des examens approfondis (tomodensitométrie, etc.). Il peut être effectué par des tests de réaction en chaîne par polymérase après transcriptase inverse pour la détection de l'ARN viral (RT-PCR, pour « reverse transcription - polymerase chain reaction ») ou par des tests à base d'anticorps ELISA pour la détection des protéines du virion.
Charge viraleLa charge virale ou titre viral est le nombre de copies d'un virus (VIH, VHB...) indiquant une réplication virale dans un volume donné de fluide (sang, sperme, salive...). Elle est le plus souvent exprimée en copies par millilitre, ou bien sur une échelle logarithmique. Lorsqu'une charge virale est dite « indétectable », c'est par rapport au seuil d'une technique de mesure donnée. Par exemple dans le cas du VIH, le test de détection de l'antigène p24 détecte une charge virale de 104 copies par ml au début des années 2000, alors que la PCR quantitative de la fin des années 2010 détecte, selon les techniques, de 20 à 50 copies par ml.
Pandémie de grippeUne pandémie de grippe est une épidémie grippale touchant une part inhabituellement importante de la population et présente sur une large zone géographique.Il ne s'agit pas d'évènements tout à fait exceptionnels, sur la base des pandémies grippales documentées, une pandémie grippale intervient en moyenne tous les 11 à 22 ans.
Test rapide antigéniquethumb|Tests rapides SARS-CoV-2. Tests de détection des antigènes viraux par flux latéral Un test rapide antigénique (TRA), ou test rapide, est un test de diagnostic rapide adapté aux tests sur le lieu de soins qui détecte directement la présence ou l'absence d'un antigène. Il est couramment utilisé pour la détection du SARS-CoV-2, le virus à l'origine de la Covid-19. Les tests rapides sont un type de tests à flux latéral qui détectent les protéines, ce qui les distingue des autres tests médicaux qui détectent les anticorps (tests d'anticorps) ou l'acide nucléique (tests d'acide nucléique), de type laboratoire ou « point-of-care ».
Pandémie de Covid-19La pandémie de Covid-19 est une pandémie d'une maladie infectieuse émergente, appelée la maladie à coronavirus 2019 ou Covid-19, provoquée par le coronavirus SARS-CoV-2. Elle apparaît le à Wuhan, dans la province du Hubei (en Chine centrale), avant de se propager dans le monde. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) alerte dans un premier temps la république populaire de Chine et ses autres États membres, puis prononce l'état d'urgence de santé publique de portée internationale le .
AntigèneUn antigène est une macromolécule naturelle ou synthétique qui, reconnue par des anticorps ou des cellules du système immunitaire d’un organisme, peut déclencher une réaction immunitaire. Les antigènes sont généralement des protéines, des polysaccharides et leurs dérivés lipidiques. Des fragments d'antigènes appelés haptènes peuvent aussi provoquer une allergie.
VirusUn virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont les constituants et le métabolisme déclenchent la réplication. Le nom virus a été emprunté au par Ambroise Paré au latin . La science des virus est la virologie, et ses experts sont des virologues ou virologistes. On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades : Une phase extracellulaire sous forme de particule virale.
Sérologievignette|Présentation du test sérologique de diagnostic rapide. Les tests de diagnostic rapide (TDR) sont généralement basés sur un immunodosage colorimétrique à flux latéral, dans lequel les anticorps de l'hôte migrent à travers un tampon adhésif (par exemple, la nitrocellulose) et interagissent avec les antigènes spécifiques du virus liés et les anticorps secondaires (anticorps IgM/G antihumains). Les antigènes conjugués spécifiques du SRAS-CoV-2 (marqués ici avec de l'or) se lieront aux anticorps hôtes correspondants.
Cellule présentatrice d'antigèneUne cellule présentatrice d'antigène ou CPA (en anglais, antigen-presenting cell ou APC) est une cellule du système immunitaire qui présente des parties d'éléments intrus à des lymphocytes T. Il peut s’agir de monocytes, de macrophages, de lymphocytes B ou de cellules dendritiques. Les molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) sont au cœur de ce processus. Des chaînes polypeptidiques (antigènes) du corps étranger sont présentées par le CMH de classe II, toujours associé au CMH de classe I, qui joue le rôle de carte d'identité corporelle.
Grippe asiatiqueLa grippe asiatique est une pandémie de grippe A (H2N2) qui a duré de 1956 à 1958. Selon les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies, la pandémie aurait tué 1,1 million de personnes, alors que l'Organisation mondiale de la santé (OMS) avance 1–4 millions de personnes. C'est l'une des pandémies les plus meurtrières de l'histoire. En 1957, la surveillance mondiale des virus grippaux était encore peu développée (25 centres nationaux en 1952).
Enveloppe viralethumb|Un virus enveloppé de la famille des virus de la grippe vu en microscopie électronique par transmission : huit capsides en hélice sont enfermées dans une enveloppe virale (diamètre total d'environ ) L’enveloppe virale est une structure externe existant chez certains virus. Elle consiste en une membrane lipidique constituée à partir de la membrane en double couche de la cellule hôte, et de protéines virales qui y sont insérées. L'enveloppe virale contient habituellement une capside contenant l'acide nucléique viral.
Transcription-mediated amplificationTranscription-mediated amplification (TMA) is an isothermal (performed at constant temperature), single-tube nucleic acid amplification system utilizing two enzymes, RNA polymerase and reverse transcriptase. "Amplification" means creating many more copies of a strand of nucleic acid than was present at first, in order to readily detect it or test it. Rapidly amplifying the target RNA/DNA allows a lab to simultaneously detect multiple pathogenic organisms in a single tube.
Présentation d'antigèneLa présentation d'antigène est un processus du système immunitaire d'un organisme par lequel les macrophages, les cellules dendritiques et d'autres types de cellules capturent des antigènes, puis activent leur reconnaissance par les lymphocytes T. La base de l'immunité adaptative réside dans la capacité des cellules du système immunitaire de distinguer entre les propres cellules du corps et les agents pathogènes infectieux. Les cellules de l'hôte expriment des antigènes « soi » qui permettent de les identifier comme telles.
Grippe espagnoleLa grippe espagnole, également appelée « pandémie grippale de l'année 1918 », est une pandémie de grippe A (H1N1), due à une souche particulièrement virulente et contagieuse qui s'est répandue en et a fini par s'éteindre dans la seconde moitié de l'année 1919. Quelques derniers cas sporadiques ont eu lieu en Nouvelle-Calédonie en . Bien que les premiers cas dûment répertoriés soient apparus en France et aux États-Unis, on lui a attribué le nom de « grippe espagnole » car l'Espagne (non impliquée dans la Première Guerre mondiale) fut le seul pays à publier librement les informations relatives à cette épidémie.
AntiviralUn antiviral est une molécule perturbant le cycle de réplication d'un ou de plusieurs virus, permettant ainsi de ralentir mais rarement d'arrêter une infection virale. Avec les vaccins et la prévention, ils constituent le seul moyen connu pour lutter contre les infections d'origines virales. Les antiviraux sont efficaces pour lutter contre les virus en attendant la mise au point d'un vaccin, qui est la seule manière connue d'éradiquer un virus à long terme, comme l'ont montré les différentes campagnes d'éradication de la poliomyélite et surtout de la variole.
Transcriptase inverseLa transcriptase inverse ou rétrotranscriptase (en anglais en ou encore en) est une enzyme utilisée par les rétrovirus et les rétrotransposons qui transcrivent l'information génétique des virus ou rétrotransposons de l'ARN en ADN, qui peut s'intégrer dans le génome de l'hôte. Les eucaryotes à ADN linéaire utilisent la télomérase, une variante de la transcriptase inverse, avec le modèle d'ARN contenu dans l'enzyme elle-même.
