Clinical metagenomic sequencingClinical metagenomic next-generation sequencing (mNGS) is the comprehensive analysis of microbial and host genetic material (DNA or RNA) in clinical samples from patients by next-generation sequencing. It uses the techniques of metagenomics to identify and characterize the genome of bacteria, fungi, parasites, and viruses without the need for a prior knowledge of a specific pathogen directly from clinical specimens.
Séquençage de l'ADNcadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.
Third-generation sequencingThird-generation sequencing (also known as long-read sequencing) is a class of DNA sequencing methods currently under active development. Third generation sequencing technologies have the capability to produce substantially longer reads than second generation sequencing, also known as next-generation sequencing. Such an advantage has critical implications for both genome science and the study of biology in general. However, third generation sequencing data have much higher error rates than previous technologies, which can complicate downstream genome assembly and analysis of the resulting data.
NorovirusNorovirus (NoV) est un genre de virus de la famille des Caliciviridae. La seule espèce reconnue est le virus de Norwalk, mais une centaine de souches différentes lui sont rattachées parmi lesquelles le (qui se distingue par un de lecture ouverte) ou la souche . Ces virus ont des effets gastro-intestinaux (vomissements, diarrhées) et semblent (chez la souris au moins) pouvoir infecter les glandes salivaires, la salive véhiculant alors l'agent infectieux ; avec les rotavirus, ils causent des infections chez environ de nouveau-nés et jeunes enfants.
Sanger sequencingSanger sequencing is a method of DNA sequencing that involves electrophoresis and is based on the random incorporation of chain-terminating dideoxynucleotides by DNA polymerase during in vitro DNA replication. After first being developed by Frederick Sanger and colleagues in 1977, it became the most widely used sequencing method for approximately 40 years. It was first commercialized by Applied Biosystems in 1986. More recently, higher volume Sanger sequencing has been replaced by next generation sequencing methods, especially for large-scale, automated genome analyses.
SéquençageEn biochimie, le séquençage consiste à déterminer l'ordre linéaire des composants d'une macromolécule (les acides aminés d'une protéine, les nucléotides d'un acide nucléique comme l'ADN, les monosaccharides d'un polysaccharide, etc.). En génétique, le séquençage concerne la détermination de la séquence des gènes voire des chromosomes, voire du génome complet, ce qui techniquement revient à effectuer le séquençage de l'ADN constituant ces gènes ou ces chromosomes.
Whole genome sequencingWhole genome sequencing (WGS), also known as full genome sequencing, complete genome sequencing, or entire genome sequencing, is the process of determining the entirety, or nearly the entirety, of the DNA sequence of an organism's genome at a single time. This entails sequencing all of an organism's chromosomal DNA as well as DNA contained in the mitochondria and, for plants, in the chloroplast. Whole genome sequencing has largely been used as a research tool, but was being introduced to clinics in 2014.
Exome sequencingExome sequencing, also known as whole exome sequencing (WES), is a genomic technique for sequencing all of the protein-coding regions of genes in a genome (known as the exome). It consists of two steps: the first step is to select only the subset of DNA that encodes proteins. These regions are known as exons—humans have about 180,000 exons, constituting about 1% of the human genome, or approximately 30 million base pairs. The second step is to sequence the exonic DNA using any high-throughput DNA sequencing technology.
Gastro-entériteUne gastro-entérite ou gastroentérite est une inflammation du système digestif pouvant entraîner de la nausée, des vomissements, des crampes abdominales, des flatulences et de la diarrhée, ainsi que de la déshydratation, de la fièvre et des céphalées (maux de tête). La gastro-entérite peut être d'origine bactérienne, c'est-à-dire provoquée par la consommation d'eau ou de nourriture contaminée par des bactéries, telles que les colibacilles présents dans les selles.
Massive parallel sequencingMassive parallel sequencing or massively parallel sequencing is any of several high-throughput approaches to DNA sequencing using the concept of massively parallel processing; it is also called next-generation sequencing (NGS) or second-generation sequencing. Some of these technologies emerged between 1993 and 1998 and have been commercially available since 2005. These technologies use miniaturized and parallelized platforms for sequencing of 1 million to 43 billion short reads (50 to 400 bases each) per instrument run.
Séquençage shotgunEn génétique, le séquençage shotgun (littéralement séquençage "fusil de chasse") est une méthode utilisée pour séquencer des brins d'ADN aléatoires. On l'appelle ainsi par analogie avec le modèle de tir quasi-aléatoire en pleine expansion d'un fusil de chasse : cette métaphore illustre le caractère aléatoire de la fragmentation initiale de l'ADN génomique où l'on "arrose" tout le génome, un peu comme se dispersent les plombs de ce type d'arme à feu.
Métagénomiquevignette|300px|À titre d'exemple : Indices comparés de biodiversité pour 19 métagénomes marins échantillonnés par l'expédition , tels qu'analysés avec GenGIS. La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex : intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire).
RotavirusRotavirus est un genre de virus de la famille des Reoviridae. Le virus a été identifié en 1973 par Ruth Bishop à Melbourne. Les rotavirus sont la première cause de gastro-entérites graves chez les nourrissons et les jeunes enfants dans le monde ; Ils semblent (chez la souris au moins) pouvoir infecter les glandes salivaires, la salive devenant alors un agent infectieux ; avec les norovirus, ils causent des gastro-entérites chez environ 300 millions de nouveau-nés et jeunes enfants par an.
Emergent virusAn emergent virus (or emerging virus) is a virus that is either newly appeared, notably increasing in incidence/geographic range or has the potential to increase in the near future. Emergent viruses are a leading cause of emerging infectious diseases and raise public health challenges globally, given their potential to cause outbreaks of disease which can lead to epidemics and pandemics. As well as causing disease, emergent viruses can also have severe economic implications.
VirusUn virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont les constituants et le métabolisme déclenchent la réplication. Le nom virus a été emprunté au par Ambroise Paré au latin . La science des virus est la virologie, et ses experts sont des virologues ou virologistes. On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades : Une phase extracellulaire sous forme de particule virale.
AntiviralUn antiviral est une molécule perturbant le cycle de réplication d'un ou de plusieurs virus, permettant ainsi de ralentir mais rarement d'arrêter une infection virale. Avec les vaccins et la prévention, ils constituent le seul moyen connu pour lutter contre les infections d'origines virales. Les antiviraux sont efficaces pour lutter contre les virus en attendant la mise au point d'un vaccin, qui est la seule manière connue d'éradiquer un virus à long terme, comme l'ont montré les différentes campagnes d'éradication de la poliomyélite et surtout de la variole.
EntérovirusEnterovirus (du grec ἔντερον, « intestin ») est un genre de virus non enveloppés à ARN simple brin de polarité positive. Ils appartiennent à la famille des Picornaviridae. Ce genre comprend neuf espèces dénommées entérovirus et trois espèces dénommées rhinovirus, elles-mêmes subdivisées en 300 sérotypes environ. Ce genre a été découvert par le Docteur David Tyrrell. Contrairement à ce que l'étymologie pourrait laisser croire, les virus du genre Enterovirus ne sont pas spécifiques des intestins et ne regroupent pas tous les virus atteignant les intestins.
Agent infectieuxUn est un agent biologique pathogène responsable d'une maladie infectieuse. Les agents infectieux sont majoritairement des micro-organismes, notamment des bactéries et des virus. Cependant, certains agents pathogènes ne sont pas des organismes (les prions), d'autres ne sont pas microscopiques (les vers parasites). Le pouvoir pathogène d'un agent infectieux mesure sa capacité à provoquer une maladie chez un organisme hôte. La virulence d'un agent infectieux mesure sa capacité à se développer dans un organisme (pouvoir invasif) et à y sécréter des toxines (pouvoir toxique).
PicornaviridaeLes Picornaviridae (Picornaviridés) sont une famille de virus à ARN de polarité positive, du groupe IV. Ce sont des virus de petite taille (). Cette famille de virus comprend, entre autres : les Entérovirus : poliovirus Coxsackie A virus (24 sous types) et Coxsackie B virus (6 sous types) des ex-echovirus des ex-rhinovirus les les Hepatovirus (VHA) Les Picornavirus sont à l'origine du rhume banal et de certaines gastro-entérites, mais ils peuvent provoquer des maladies beaucoup plus graves comme la poliomyélite et des encéphalites dont des méningites.
Maladie viraleUne maladie virale, ou virose, est une maladie déclenchée par un virus et sa propagation dans l'organisme (et aux dépens de l'organisme). Les virus à ARN peuvent se transformer très rapidement et déjouer les défenses de l'hôte comme le montre celui de la grippe (influenza). Les antibiotiques n'ont aucune action contre les maladies virales, ils permettent juste d'éviter une surinfection.
