Sédimentation marinevignette|Répartition des sédiments marins dans l'Océan mondial. Jaune : sédiments carbonatés biogènes ; brun : argiles rouges des grands fonds ; orange : sédiments terrigènes ; blanc : sédiments des marges continentales ; vert : sédiments siliceux biogènes ; bleu : sédiments glaciaires. La sédimentation marine comprend tous les processus conduisant à la formation de sédiments marins (sédimentation littorale ou côtière, océanique, bathyale, abyssale, etc.).
Séquençage de l'ADNcadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.
Sédimentvignette|Le processus de sédimentation est d'abord une loi physique, liée à la pesanteur. Des phénomènes biologiques peuvent l'accélérer ou le réduire, intervenant notamment dans les cycles écologiques et biogéochimiques. vignette|La sédimentation dépend du contexte géomorphologique, climatique, écologique et de la vitesse de l'eau. vignette|Une faune spécifique aux sédiments contribue à leur nature, à leur mobilité et à la biodisponibilité des éléments qu'ils contiennent ; particules, nutriments, ou polluants.
Extraction d'ADNL'extraction de l'ADN est une technique permettant d'isoler l'acide désoxyribonucléique (ADN) des cellules ou des tissus. L'ADN ainsi extrait peut ensuite être utilisé pour des recherches de biologie moléculaire, telles que le séquençage, la PCR ou le clonage. Il existe différents protocoles pour extraire l'ADN, qui suivent approximativement le même schéma de principe : Lyse des cellules Elimination des protéines Elimination des autres acides nucléiques (acide ribonucléique (ARN), etc.
Deep-sea communityA deep-sea community is any community of organisms associated by a shared habitat in the deep sea. Deep sea communities remain largely unexplored, due to the technological and logistical challenges and expense involved in visiting this remote biome. Because of the unique challenges (particularly the high barometric pressure, extremes of temperature and absence of light), it was long believed that little life existed in this hostile environment. Since the 19th century however, research has demonstrated that significant biodiversity exists in the deep sea.
Sanger sequencingSanger sequencing is a method of DNA sequencing that involves electrophoresis and is based on the random incorporation of chain-terminating dideoxynucleotides by DNA polymerase during in vitro DNA replication. After first being developed by Frederick Sanger and colleagues in 1977, it became the most widely used sequencing method for approximately 40 years. It was first commercialized by Applied Biosystems in 1986. More recently, higher volume Sanger sequencing has been replaced by next generation sequencing methods, especially for large-scale, automated genome analyses.
Third-generation sequencingThird-generation sequencing (also known as long-read sequencing) is a class of DNA sequencing methods currently under active development. Third generation sequencing technologies have the capability to produce substantially longer reads than second generation sequencing, also known as next-generation sequencing. Such an advantage has critical implications for both genome science and the study of biology in general. However, third generation sequencing data have much higher error rates than previous technologies, which can complicate downstream genome assembly and analysis of the resulting data.
AbysseLe terme abysse (du grec ancien signifiant ) désigne l'ensemble des zones très profondes d'un océan. Comme les caractéristiques environnementales de ces zones sont partout les mêmes, on utilise pour les dénommer globalement le terme abysses au pluriel. Aussi appelés grands fonds océaniques ou grandes profondeurs, les abysses occupent les deux tiers de la planète terre. Au singulier, un abysse correspond à un point de profondeur extrême, comme la fosse des Mariannes qui est l'abysse le plus profond connu ().
Séquençage shotgunEn génétique, le séquençage shotgun (littéralement séquençage "fusil de chasse") est une méthode utilisée pour séquencer des brins d'ADN aléatoires. On l'appelle ainsi par analogie avec le modèle de tir quasi-aléatoire en pleine expansion d'un fusil de chasse : cette métaphore illustre le caractère aléatoire de la fragmentation initiale de l'ADN génomique où l'on "arrose" tout le génome, un peu comme se dispersent les plombs de ce type d'arme à feu.
Exome sequencingExome sequencing, also known as whole exome sequencing (WES), is a genomic technique for sequencing all of the protein-coding regions of genes in a genome (known as the exome). It consists of two steps: the first step is to select only the subset of DNA that encodes proteins. These regions are known as exons—humans have about 180,000 exons, constituting about 1% of the human genome, or approximately 30 million base pairs. The second step is to sequence the exonic DNA using any high-throughput DNA sequencing technology.
Pelagic sedimentPelagic sediment or pelagite is a fine-grained sediment that accumulates as the result of the settling of particles to the floor of the open ocean, far from land. These particles consist primarily of either the microscopic, calcareous or siliceous shells of phytoplankton or zooplankton; clay-size siliciclastic sediment; or some mixture of these. Trace amounts of meteoric dust and variable amounts of volcanic ash also occur within pelagic sediments.
Étage montagnardvignette|La hêtraie-sapinière est la forêt mixte typique de l'étage montagnard du massif des Vosges. En automne, les sapins restent verts tandis que le feuillage des hêtres prend des teintes orangées (Le Tholy). vignette|Étage montagnard Dans les massifs montagneux des régions tempérées, l'étage montagnard est le deuxième étage de végétation qui se rencontre lors de la montée en altitude. Il est généralement compris entre ~500 m et ~1500 m d'altitude. Il est situé au-dessus de l'étage collinéen et au-dessous de l'étage subalpin.
TranscriptomiqueLa transcriptomique est l'étude de l'ensemble des ARN messagers produits lors du processus de transcription d'un génome. Elle repose sur la quantification systématique de ces ARNm, ce qui permet d'avoir une indication relative du taux de transcription de différents gènes dans des conditions données. Plusieurs techniques permettent d'avoir accès à cette information, en particulier celle des puces à ADN, celle de la PCR quantitative ou encore celle du séquençage systématique d'ADN complémentaires. Métatransc
Service écosystémiqueLes écosystèmes procurent de nombreux services dits services écologiques ou services écosystémiques. Certains étant vitaux pour de nombreuses espèces ou groupes d'espèces (comme la pollinisation), ils sont généralement classés comme bien commun et/ou bien public. Les notions d'évaluation (économique et parfois marchande) de la biodiversité et des services fournis par les écosystèmes, basées sur une vision anthropocentrée de la nature, ont émergé dans les années 1970-1990 avec notamment les travaux de Westman (1977), puis de Randall (1988), Pearce & Moran en 1994 et de Perrings (1995).
Perturbation écologiqueDans le domaine de l'environnement, la notion de perturbation (à ne pas confondre avec celle de « dérangement », plus utilisée dans les contextes légaux), désigne une détérioration naturelle et souvent provisoire de l’environnement ou d'un écosystème. Ce concept a pris une importance croissante dans l'étude des cycles naturels et des habitats.
Microbial loopThe microbial loop describes a trophic pathway where, in aquatic systems, dissolved organic carbon (DOC) is returned to higher trophic levels via its incorporation into bacterial biomass, and then coupled with the classic food chain formed by phytoplankton-zooplankton-nekton. In soil systems, the microbial loop refers to soil carbon. The term microbial loop was coined by Farooq Azam, Tom Fenchel et al. in 1983 to include the role played by bacteria in the carbon and nutrient cycles of the marine environment.
Écologie de la restaurationL'écologie de la restauration est la science qui sert de base théorique aux pratiques d'ingénierie écologique visant au retour d'un écosystème vers un état de référence. L'écologie de la restauration est la science qui sert de base théorique aux pratiques de restauration ou de réhabilitation des écosystèmes.
Puce à ADNthumb|upright=1.2|Principe d'utilisation de la puce à ADN. Une puce à ADN est un ensemble de molécules d'ADN fixées en rangées ordonnées sur une petite surface qui peut être du verre, du silicium ou du plastique. Cette biotechnologie récente permet d'analyser le niveau d'expression des gènes (transcrits) dans une cellule, un tissu, un organe, un organisme ou encore un mélange complexe, à un moment donné et dans un état donné par rapport à un échantillon de référence.
Carbone organique dissousLe carbone organique dissous ou COD (en anglais, dissolved organic carbon ou DOC) est un paramètre global de la chimie de l'eau utilisé pour caractériser et suivre l’évolution du taux de carbone dissous dans les eaux (douces, saumâtres ou marines), ou la pollution organique des milieux aquatiques. C'est une fraction parfois importante du Carbone organique total (COT). La pollution par certaines matières organiques et le carbone dissous tend à augmenter dans le monde, dont en France, en Bretagne par exemple.
Acide désoxyribonucléiquevignette|Structure de la double hélice d'ADN. vignette|Structure chimique de l'ADN illustrant les quatre configurations des paires AT et GC entre les deux armatures de la double hélice, constituées d'une alternance de phosphate et de désoxyribose. L'acide désoxyribonucléique, ou ADN, est une macromolécule biologique présente dans presque toutes les cellules ainsi que chez de nombreux virus. L'ADN contient toute l'information génétique, appelée génome, permettant le développement, le fonctionnement et la reproduction des êtres vivants.
