Pathogenic bacteriaPathogenic bacteria are bacteria that can cause disease. This article focuses on the bacteria that are pathogenic to humans. Most species of bacteria are harmless and are often beneficial but others can cause infectious diseases. The number of these pathogenic species in humans is estimated to be fewer than a hundred. By contrast, several thousand species are part of the gut flora present in the digestive tract.
Bronchopneumopathie chronique obstructiveLa , abrégée BPCO, est un groupe de maladies chroniques systémiques respiratoires, affectant souvent les bronches puis les poumons. Au Canada, la maladie est aussi appelée (MPOC). Sa prévalence est difficile à estimer à cause du sous-diagnostic, mais elle constitue la troisième cause de décès dans le monde avec de décès en 2019, touchant pour 80 % des pays peu ou moyennement développés. En France, cette pathologie aurait fortement augmenté depuis quelques décennies (probablement pour partie en lien avec le vieillissement de la population, le tabagisme et la pollution de l'air).
Régression logistiqueEn statistiques, la régression logistique ou modèle logit est un modèle de régression binomiale. Comme pour tous les modèles de régression binomiale, il s'agit d'expliquer au mieux une variable binaire (la présence ou l'absence d'une caractéristique donnée) par des observations réelles nombreuses, grâce à un modèle mathématique. En d'autres termes d'associer une variable aléatoire de Bernoulli (génériquement notée ) à un vecteur de variables aléatoires . La régression logistique constitue un cas particulier de modèle linéaire généralisé.
Trouble ventilatoire obstructifUn trouble ventilatoire obstructif, ou syndrome obstructif pulmonaire, se caractérise par une limitation des débits dans l'arbre bronchique, qui se traduit par une augmentation des résistances aériennes. Le diagnostic se fait lors d'une exploration fonctionnelle respiratoire (EFR), qui montre : VEMS/CV (coefficient de Tiffeneau) diminué d'au moins 10 % par rapport aux valeurs prédites (en pratique
Microbiotevignette|Escherichia coli, l'une des espèces bactériennes sous-dominantes du microbiote intestinal. Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal : zoobiote ; végétal : phytobiote ; sol : microbiote tellurique ; air : aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale). Ces micro-organismes peuvent être présents sans impact sur leur hôte (commensalisme) ou entrer en interaction étroite avec lui (mutualisme, parasitisme non létal).
Multinomial logistic regressionIn statistics, multinomial logistic regression is a classification method that generalizes logistic regression to multiclass problems, i.e. with more than two possible discrete outcomes. That is, it is a model that is used to predict the probabilities of the different possible outcomes of a categorically distributed dependent variable, given a set of independent variables (which may be real-valued, binary-valued, categorical-valued, etc.).
Agent infectieuxUn est un agent biologique pathogène responsable d'une maladie infectieuse. Les agents infectieux sont majoritairement des micro-organismes, notamment des bactéries et des virus. Cependant, certains agents pathogènes ne sont pas des organismes (les prions), d'autres ne sont pas microscopiques (les vers parasites). Le pouvoir pathogène d'un agent infectieux mesure sa capacité à provoquer une maladie chez un organisme hôte. La virulence d'un agent infectieux mesure sa capacité à se développer dans un organisme (pouvoir invasif) et à y sécréter des toxines (pouvoir toxique).
Micro-organismeUn micro-organisme ou microorganisme (du grec μικρός, mikrós, « petit » et de ὀργανισμός, organismós, « organisme ») ou microbe (du grec μικρός, mikrós, « petit » et βίος, bíos, « vie ») est un organisme vivant qui, individuellement invisible à l'œil nu, ne peut être observé qu'à l'aide d'un microscope. Ce sont tous des organismes unicellulaires. Les trois domaines du vivant sont représentés parmi les microorganismes : bactéries, archées et eucaryotes unicellulaires (protistes et champignons).
Pneumopathie d'inhalationUne pneumopathie d'inhalation est une affection respiratoire liée à la pénétration dans les voies aériennes du contenu gastrique ou d'une autre substance étrangère qui va produire une obstruction et/ou une inflammation pulmonaire d'origine chimique. Cela arrive généralement chez des patients inconscients qui n'ont plus de réflexes digestifs et dont les résidus alimentaires remontent et passent dans les bronches. Sur un lavage broncho-alvéolaire coloré en oil red o, on peut identifier des lipophages qui sont des macrophages alvéolaires chargés de lipides.
BronchectasieLa bronchectasie ou bronchiectasie ou dilatation des bronches (DDB) est une dilatation des bronches chronique, le plus souvent acquise à la suite d'une maladie des bronches, du poumon ou de la plèvre. Elle est caractérisée par une dilatation des bronches de petit et moyen calibre et s'accompagne souvent d'une expectoration mucopurulente abondante, qui traduit l'infection surajoutée. Elles peuvent être localisées ou diffuses. Un syndrome obstructif se développe.
Régression linéaireEn statistiques, en économétrie et en apprentissage automatique, un modèle de régression linéaire est un modèle de régression qui cherche à établir une relation linéaire entre une variable, dite expliquée, et une ou plusieurs variables, dites explicatives. On parle aussi de modèle linéaire ou de modèle de régression linéaire. Parmi les modèles de régression linéaire, le plus simple est l'ajustement affine. Celui-ci consiste à rechercher la droite permettant d'expliquer le comportement d'une variable statistique y comme étant une fonction affine d'une autre variable statistique x.
Pneumopathie acquise sous ventilation mécaniqueUne pneumopathie acquise sous ventilation mécanique (PAVM) est une infection pulmonaire bactérienne développée par un patient intubé ne respirant pas seul. Il s'agit de l'infection liée aux soins la plus fréquente dans les unités de réanimation. Une pneumopathie acquise sous ventilation mécanique (PAVM) est « toute pneumonie survenant chez un malade dont la respiration est assistée par une machine soit de manière invasive par l’intermédiaire d’un tube endotrachéal ou d’une trachéotomie soit de manière non invasive par l’intermédiaire d’un masque facial ou d’un autre procédé dans les 48 heures précédant la survenue de l’infection ».
Analyse en composantes principalesL'analyse en composantes principales (ACP ou PCA en anglais pour principal component analysis), ou, selon le domaine d'application, transformation de Karhunen–Loève (KLT) ou transformation de Hotelling, est une méthode de la famille de l'analyse des données et plus généralement de la statistique multivariée, qui consiste à transformer des variables liées entre elles (dites « corrélées » en statistique) en nouvelles variables décorrélées les unes des autres. Ces nouvelles variables sont nommées « composantes principales » ou axes principaux.
Ordered logitIn statistics, the ordered logit model (also ordered logistic regression or proportional odds model) is an ordinal regression model—that is, a regression model for ordinal dependent variables—first considered by Peter McCullagh. For example, if one question on a survey is to be answered by a choice among "poor", "fair", "good", "very good" and "excellent", and the purpose of the analysis is to see how well that response can be predicted by the responses to other questions, some of which may be quantitative, then ordered logistic regression may be used.
PatientEn médecine, un patient est une personne physique recevant une attention médicale ou à qui est prodigué un soin. D'autres termes sont utilisés, comme personne soignée, bénéficiaire de soins, usager, client, sujet ou encore le néologisme actient. Le mot patient est dérivé du mot latin patiens, participe présent du verbe déponent pati, signifiant « celui qui endure » ou « celui qui souffre ». Il existe plusieurs dénominations communes au terme « patient », dont « personne soignée », « bénéficiaire de soins », « usager » ou encore « client » employé notamment dans la culture anglophone.
Acute exacerbation of chronic obstructive pulmonary diseaseAn acute exacerbation of chronic obstructive pulmonary disease, or acute exacerbations of chronic bronchitis (AECB), is a sudden worsening of chronic obstructive pulmonary disease (COPD) symptoms including shortness of breath, quantity and color of phlegm that typically lasts for several days. It may be triggered by an infection with bacteria or viruses or by environmental pollutants. Typically, infections cause 75% or more of the exacerbations; bacteria can roughly be found in 25% of cases, viruses in another 25%, and both viruses and bacteria in another 25%.
Haemophilus influenzaeHaemophilus influenzae, autrefois appelé bacille de Pfeiffer, est une bactérie strictement humaine de la famille des Pasteurellacae et de la classe des Gammaproteobacteria. Les cellules sont des coccobacilles ou de petits bâtonnets immobiles à Gram négatif. Richard Pfeiffer (1858-1945) a été le premier à les décrire en 1892 lors de la pandémie de grippe (influenza) de 1889-1892.
Marine microorganismsMarine microorganisms are defined by their habitat as microorganisms living in a marine environment, that is, in the saltwater of a sea or ocean or the brackish water of a coastal estuary. A microorganism (or microbe) is any microscopic living organism or virus, that is too small to see with the unaided human eye without magnification. Microorganisms are very diverse. They can be single-celled or multicellular and include bacteria, archaea, viruses and most protozoa, as well as some fungi, algae, and animals, such as rotifers and copepods.
Ordinal regressionIn statistics, ordinal regression, also called ordinal classification, is a type of regression analysis used for predicting an ordinal variable, i.e. a variable whose value exists on an arbitrary scale where only the relative ordering between different values is significant. It can be considered an intermediate problem between regression and classification. Examples of ordinal regression are ordered logit and ordered probit.
Klebsiella pneumoniaeKlebsiella pneumoniae (anciennement Hyalococcus aerogenes) est l'espèce type du genre Klebsiella. C'est un bacille Gram négatif, non-mobile, encapsulé, anaérobie facultatif, capable de fermenter le lactose sur milieu MacConkey avec des colonies d'aspect mucoïdes. L'espèce Klebsiella pneumoniae a d'abord été décrite comme Hyalococcus pneumoniae par Schroeter avant d'être renommée Klebsiella pneumoniae par Trevisan.
