Chemical spaceChemical space is a concept in cheminformatics referring to the property space spanned by all possible molecules and chemical compounds adhering to a given set of construction principles and boundary conditions. It contains millions of compounds which are readily accessible and available to researchers. It is a library used in the method of molecular docking. A chemical space often referred to in cheminformatics is that of potential pharmacologically active molecules. Its size is estimated to be in the order of 1060 molecules.
Biological activityIn pharmacology, biological activity or pharmacological activity describes the beneficial or adverse effects of a drug on living matter. When a drug is a complex chemical mixture, this activity is exerted by the substance's active ingredient or pharmacophore but can be modified by the other constituents. Among the various properties of chemical compounds, pharmacological/biological activity plays a crucial role since it suggests uses of the compounds in the medical applications.
Java (technique)Java est une technique informatique développée initialement par Sun Microsystems puis acquise par Oracle à la suite du rachat de l'entreprise. Défini à l'origine comme un langage de programmation, Java a évolué pour devenir un ensemble cohérent d'éléments techniques et non techniques.
Petite moléculeEn biochimie, une petite molécule est un composé organique de faible masse moléculaire qui par définition n'est pas un polymère. En pharmacologie, ce terme est restreint aux molécules qui ont une forte affinité pour des biopolymères tels que des protéines, les acides nucléiques ou les polysaccharides et modifient leur fonction ou leur activité biologique en se liant à eux. On fixe à environ la borne supérieure de la masse d'une petite molécule, ce qui correspond à la limite en dessous de laquelle les molécules peuvent diffuser à travers la membrane cellulaire pour atteindre leur cible à l'intérieur de la cellule.
Java SEJava Platform, Standard Edition, ou Java SE (anciennement Java 2 Platform, Standard Edition, ou J2SE), est une spécification de la plateforme Java d'Oracle, destinée typiquement aux applications pour poste de travail. La plateforme est composée, outre les API de base : des API spécialisées dans le poste client (JFC et donc Swing, AWT et Java2D) ; des API d'usage général comme JAXP (pour le parsing XML) ; de JDBC (pour la gestion des bases de données).
Drug discoveryIn the fields of medicine, biotechnology and pharmacology, drug discovery is the process by which new candidate medications are discovered. Historically, drugs were discovered by identifying the active ingredient from traditional remedies or by serendipitous discovery, as with penicillin. More recently, chemical libraries of synthetic small molecules, natural products or extracts were screened in intact cells or whole organisms to identify substances that had a desirable therapeutic effect in a process known as classical pharmacology.
Java Web StartJava Web Start (JWS) est un outil informatique de déploiement de logiciels fondés sur la technique Java, intégré au JRE depuis sa version 5 et supprimé par Oracle depuis la version 11 du JRE. La technique Java Web Start est construite sur la plate-forme Java 2, ce qui assure une architecture étendue de sécurité. Par défaut, les applications lancées avec Java Web Start s'exécutent dans un environnement réservé (« bac à sable ») à partir duquel l'accès aux fichiers et au réseau est limité.
Machine virtuelle Javavignette|Machine virtuelle Java - Spécification Java 7 La machine virtuelle Java (en anglais Java virtual machine, abr. JVM) est un appareil informatique fictif qui exécute des programmes compilés sous forme de bytecode Java. L'appareil est simulé par un logiciel spécifique à chaque plateforme ou couple (machine/système d’exploitation) et permet aux applications Java compilées en bytecode de produire les mêmes résultats quelle que soit la plate-forme, tant que celle-ci est pourvue de la machine virtuelle Java adéquate.
Structure–activity relationshipThe structure–activity relationship (SAR) is the relationship between the chemical structure of a molecule and its biological activity. This idea was first presented by Crum-Brown and Fraser in 1865. The analysis of SAR enables the determination of the chemical group responsible for evoking a target biological effect in the organism. This allows modification of the effect or the potency of a bioactive compound (typically a drug) by changing its chemical structure.
MacromoléculeUne macromolécule (ou molécule polymère) est une très grande molécule, qui possède une masse moléculaire relativement élevée. La notion de macromolécule a été introduite en 1922 par le chimiste allemand Hermann Staudinger. Une macromolécule formée d'unités chimiques similaires assemblées par des liaisons covalentes peut être décrite comme une molécule polymère, un ensemble de telles molécules est un polymère. De nombreuses protéines peuvent également être considérées comme des macromolécules.
Moléculethumb|Modèle en 3 dimensions d'une molécule de saccharose.|alt= thumb|Schéma de la liaison covalente de deux atomes d'oxygène. Une molécule est une structure de base de la matière appartenant à la famille des composés covalents. L'Union internationale de chimie pure et appliquée définit la molécule comme . C'est l'assemblage chimique électriquement neutre d'au moins deux atomes, différents ou non, qui peut exister à l'état libre, et qui représente la plus petite quantité de matière possédant les propriétés caractéristiques de la substance considérée.
Gaseous signaling moleculesGaseous signaling molecules are gaseous molecules that are either synthesized internally (endogenously) in the organism, tissue or cell or are received by the organism, tissue or cell from outside (say, from the atmosphere or hydrosphere, as in the case of oxygen) and that are used to transmit chemical signals which induce certain physiological or biochemical changes in the organism, tissue or cell. The term is applied to, for example, oxygen, carbon dioxide, sulfur dioxide, nitrous oxide, hydrogen cyanide, ammonia, methane, hydrogen, ethylene, etc.
JavaFXJavaFX est un framework et une bibliothèque d'interface utilisateur issue du projet OpenJFX, qui permet aux développeurs Java de créer une interface graphique pour des applications de bureau, des applications internet riches et des applications smartphones et tablettes tactiles. Créé à l'origine par Sun MicroSystems, puis développé par Oracle après son rachat et ce, jusqu'à la version 11 du JDK, c'est depuis lors à la communauté OpenJFX que revient la poursuite de son développement.
Base de données chimiquesUne base de données chimiques est une base de données (éventuellement bibliographique) spécifiquement consacrée à l'information chimique. La plupart des bases de données chimiques stockent des informations sur des molécules stables. Les structures chimiques sont traditionnellement représentées dans une représentation de Lewis, qui utilise des lignes pour les liaisons chimiques (paires électroniques) entre atomes, et portées sur papier (formules structurales bidimensionnelles).
Liaison chimiqueUne liaison chimique est une interaction durable entre plusieurs atomes, ions ou molécules, à une distance permettant la stabilisation du système et la formation d'un agrégat ou d'une substance chimique. Les électrons, chargés négativement, gravitent autour d’un noyau constitué de protons chargés positivement. Les deux corps s’attirent du fait de la force électrostatique s’exerçant entre les électrons et les protons. Ainsi, un électron positionné entre deux noyaux sera attiré par les deux corps chargés positivement, et les noyaux seront attirés par l’électron.
PubChemPubChem est une banque de données américaine de molécules chimiques gérée par le National Center for Biotechnology Information (NCBI), branche de la Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis sous l'autorité des National Institutes of Health (NIH). PubChem répertorie plusieurs millions de composés en mettant gratuitement en ligne, pour chaque substance, une grande quantité de données de divers ordres : chimique, biochimique, pharmacologique, production, toxicologique, environnemental Des accès aux données de PubChem sont possibles par des langages de script tels que Python, Ruby ou Perl.
Base de donnéesUne base de données permet de stocker et de retrouver des données structurées, semi-structurées ou des données brutes ou de l'information, souvent en rapport avec un thème ou une activité ; celles-ci peuvent être de natures différentes et plus ou moins reliées entre elles. Leurs données peuvent être stockées sous une forme très structurée (base de données relationnelles par exemple), ou bien sous la forme de données brutes peu structurées (avec les bases de données NoSQL par exemple).
Carte géographiquethumb|right|Esquisse explicative de la plus ancienne carte géographique connue (époque sumérienne, env. 2500 av. J.-C.) vignette|250px|Carte mondiale datant de 1154 réalisée par Al Idrissi pour Roger II de Sicile (ici retournée à ). thumb|right|upright=1.3|Tabula Rogeriana, dessiné par Muhammad al-Idrisi pour Roger II de Sicile (ici retournée à ). Une carte géographique est une représentation d'un espace géographique. Elle met en valeur l'étendue de cet espace, sa localisation relative par rapport aux espaces voisins, ainsi que la localisation des éléments qu'il contient.
Virtual screeningVirtual screening (VS) is a computational technique used in drug discovery to search libraries of small molecules in order to identify those structures which are most likely to bind to a drug target, typically a protein receptor or enzyme. Virtual screening has been defined as "automatically evaluating very large libraries of compounds" using computer programs. As this definition suggests, VS has largely been a numbers game focusing on how the enormous chemical space of over 1060 conceivable compounds can be filtered to a manageable number that can be synthesized, purchased, and tested.
