Publication

Reconstructed ancestral sequences improve pathogen identification using resequencing DNA microarrays

Stewart Cole
2010
Journal Articles

Résumé

We describe the benefit of using reconstructed ancestral sequences (RAS) on resequencing microarrays for rapid pathogen identification, with Enterobacteriaceae rpoB sequences as a model. Our results demonstrate a sharp improvement of call rate and accuracy when using RASs as compared to extant sequences. This improvement was attributed to the lower sequence divergence of RASs, which also expanded the sequence space covered by the microarray. Extension of this novel microarray design strategy to viruses, antimicrobial resistance elements or toxins is straightforward.

Source officielle

https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/8c899f98-fad1-4e9f-b94e-fa0efeff5f08

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Stewart Cole
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Puce à ADN

thumb|upright=1.2|Principe d'utilisation de la puce à ADN. Une puce à ADN est un ensemble de molécules d'ADN fixées en rangées ordonnées sur une petite surface qui peut être du verre, du silicium ou du plastique. Cette biotechnologie récente permet d'analyser le niveau d'expression des gènes (transcrits) dans une cellule, un tissu, un organe, un organisme ou encore un mélange complexe, à un moment donné et dans un état donné par rapport à un échantillon de référence.

Microarray analysis techniques

Microarray analysis techniques are used in interpreting the data generated from experiments on DNA (Gene chip analysis), RNA, and protein microarrays, which allow researchers to investigate the expression state of a large number of genes - in many cases, an organism's entire genome - in a single experiment. Such experiments can generate very large amounts of data, allowing researchers to assess the overall state of a cell or organism. Data in such large quantities is difficult - if not impossible - to analyze without the help of computer programs.

Séquençage de l'ADN

cadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.

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High-throughput transcriptomics is of increasing fundamental biological and clinical interest. The generation of molecular data from large collections of samples, such as biobanks and drug libraries, is boosting the development of new biomarkers and treatm ...

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