RizLe riz est une céréale de la famille des Poacées (anciennement graminées), cultivée dans les régions tropicales, subtropicales et tempérées chaudes pour son fruit, ou caryopse, riche en amidon. Il désigne l'ensemble des plantes du genre Oryza, parmi lesquelles les deux seules espèces cultigènes, qui sont cultivées le plus souvent dans des champs plus ou moins inondés appelés rizières : Oryza sativa (appelé couramment ) et Oryza glaberrima (appelé couramment ou ).
ZizanieZizania (zizanie) est un genre de plantes monocotylédones de la famille des Poaceae (graminées), sous-famille des Oryzoideae, originaire d'Amérique du Nord et d'Asie orientale. Ce genre comprend quatre espèces, dont Zizania palustris, connue sous le nom de « riz sauvage », qu'il ne faut pas confondre avec les véritables « riz sauvages », qui sont des espèces spontanées de riz (genre Oryza), faisant parfois l'objet de cueillette, et souvent assimilées à des mauvaises herbes dans les rizières d'Asie.
Micro-organismeUn micro-organisme ou microorganisme (du grec μικρός, mikrós, « petit » et de ὀργανισμός, organismós, « organisme ») ou microbe (du grec μικρός, mikrós, « petit » et βίος, bíos, « vie ») est un organisme vivant qui, individuellement invisible à l'œil nu, ne peut être observé qu'à l'aide d'un microscope. Ce sont tous des organismes unicellulaires. Les trois domaines du vivant sont représentés parmi les microorganismes : bactéries, archées et eucaryotes unicellulaires (protistes et champignons).
Anaérobiethumb|upright=1.25|Schéma présentant la corrosion dans des conditions anaérobies provoquées par des bactéries du genre Desulfovibrio. Un anaérobie ou organisme anaérobie est tout organisme dont le métabolisme redox ne dépend pas du dioxygène. Anaérobie signifie « vivant, actif, survenant ou existant en l'absence du dioxygène », par opposition à aérobie qui signifie « vivant, actif ou se produisant uniquement en présence de dioxygène ». Cela ne signifie pas que l'oxygène est absent des réactions chimiques.
Respiration anaérobieLa respiration anaérobie est un mécanisme dans lequel des électrons passent sur une chaîne de transporteurs dont l'accepteur final est une substance minérale autre que le dioxygène, contrairement à une respiration aérobie où l'accepteur final est du dioxygène. Certaines bactéries sont capables, en anaérobiose, de réduire les nitrates en nitrites puis, suivant les cas (par exemple Pseudomonas) en diazote (avec l'enzyme nitrate ). Cette chaîne respiratoire est plus courte que la chaîne respiratoire classique en aérobiose.
Grain (céréale)vignette|redresse|Grains de blé. vignette|redresse|Grains de maïs. vignette|redresse|Structure schématique d'un grain de blé (coupe longitudinale). Le grain est le fruit, ou la semence, des céréales (famille des Gramineae). Sur le plan botanique, c'est un caryopse, fruit sec indéhiscent contenant une seule graine dont le tégument est soudé aux tissus du péricarpe. Ce terme est dans le langage courant un quasi-synonyme de céréale, il est cependant parfois utilisé pour désigner les graines de légumes secs (famille des Leguminosae)lien web|langue =fr|url = =GRAIN subst.
Aerobic fermentationAerobic fermentation or aerobic glycolysis is a metabolic process by which cells metabolize sugars via fermentation in the presence of oxygen and occurs through the repression of normal respiratory metabolism. It is referred to as the Crabtree effect in yeast. and is part of the Warburg effect in tumor cells. While aerobic fermentation does not produce adenosine triphosphate (ATP) in high yield, it allows proliferating cells to convert nutrients such as glucose and glutamine more efficiently into biomass by avoiding unnecessary catabolic oxidation of such nutrients into carbon dioxide, preserving carbon-carbon bonds and promoting anabolism.
Micro-organisme sulfato-réducteurvignette|Desulfovibrio vulgaris est l'espèce de micro-organisme sulfato-réductrice la plus étudiée ; la barre d'échelle en haut à droite représente 0,5 μm de longueur. Les micro-organismes sulfato-réducteurs (MSR) ou réducteurs de sulfate, encore appelés procaryotes sulfato-réducteurs (PSR) sont un groupe de microorganismes comprenant les bactéries sulfato-réductrices (BSR) et les archées sulfato-réducteurs (ASR). Ces deux sous-groupes peuvent effectuer leur respiration anaérobie en utilisant le sulfate (SO42−) comme accepteur d'électron final, en le réduisant en sulfure d'hydrogène (H2S).
Facultative anaerobic organismA facultative anaerobic organism is an organism that makes ATP by aerobic respiration if oxygen is present, but is capable of switching to fermentation if oxygen is absent. Some examples of facultatively anaerobic bacteria are Staphylococcus spp., Escherichia coli, Salmonella, Listeria spp., Shewanella oneidensis and Yersinia pestis. Certain eukaryotes are also facultative anaerobes, including fungi such as Saccharomyces cerevisiae and many aquatic invertebrates such as nereid polychaetes.
Riz completvignette|Riz complet Le riz complet, appelé aussi riz brun ou riz cargo, est un riz décortiqué, c'est-à-dire que le riz brut (paddy) a été débarrassé de sa balle, ses enveloppes extérieures ou glumelles adhérentes non comestibles. Contrairement au riz blanc, son son et son germe sont toujours présents, et sa couleur est beige, rouge ou noire. Il est constitué par le grain entier qui a conservé une pellicule qui constitue le son de riz (formé du péricarpe du fruit et du tégument de la graine intimement soudés pour former le caryopse), ainsi que le germe.
Balle de rizthumb|Balle du riz La balle de riz est un sous-produit dérivé du décorticage du riz, opération qui permet de transformer le riz récolté (ou riz paddy), en riz complet (ou riz cargo). Ce dernier doit subir une deuxième étape de transformation, le blanchiment, qui consiste à ôter le péricarpe pour donner le riz blanc et un autre coproduit, le son. La balle de riz est constituée par les glumes et glumelles, bractées modifiées qui enveloppent l'épillet, et donc à maturité le caryopse constituant le grain de riz.
Cycle biogéochimiqueUn cycle biogéochimique est le processus de transport et de transformation cyclique (recyclage) d'un élément ou composé chimique entre les grands réservoirs que sont la géosphère, l'atmosphère, l'hydrosphère, dans lesquels se retrouve la biosphère. Un tel cycle induit souvent des passages de l'état organique à l'état minéral au sein de la biosphère. Les divers cycles en interaction confèrent à la biosphère une capacité de régulation, appelée homéostasie.
Rizièrethumb|Récolte du riz à Bali (juin 2010). Une rizière est une parcelle réservée à la culture du riz ou riziculture, et dans laquelle, en général, on inonde la culture. On a tendance à faire l'amalgame entre la riziculture et la culture en terrasses, mais d'une part la riziculture ne se fait pas nécessairement en terrasse, et d'autre part d'autres cultures peuvent se faire en terrasse : vignobles, vergers Le terme s'applique à une grande diversité de milieux.
Effluxalt=TolC|vignette|Structure de TolC, protéine de la membrane externe d'Escherichia coli constituant d'une pompe d'efflux tripartite. En biologie, l'efflux est un mécanisme par lequel les cellules rejettent à l'extérieur des composés toxiques : antibiotiques, métaux lourds, drogues... L'efflux est un mécanisme de transport actif, énergie-dépendant, assuré par des protéines transmembranaires appelées pompes d'efflux. On trouve des nombreux systèmes d'efflux chez les bactéries, mais aussi chez les cellules eucaryotes.
Méthanisationvignette|upright=1.7|Digesteurs anaérobies : Tel-Aviv (Israël). La méthanisation est un processus biologique de dégradation des matières organiques. Elle est appelée aussi biométhanisation ou digestion anaérobie. La digestion anaérobie est le processus naturel biologique de dégradation de la matière organique en absence d'oxygène (anaérobie) ; les polluants organiques sont convertis par des micro-organismes anaérobies en un produit gazeux (dont le méthane) et une boue résiduelle, le digestat, qui ont un potentiel de réutilisation.
Methylated DNA immunoprecipitationMethylated DNA immunoprecipitation (MeDIP or mDIP) is a large-scale (chromosome- or genome-wide) purification technique in molecular biology that is used to enrich for methylated DNA sequences. It consists of isolating methylated DNA fragments via an antibody raised against 5-methylcytosine (5mC). This technique was first described by Weber M. et al. in 2005 and has helped pave the way for viable methylome-level assessment efforts, as the purified fraction of methylated DNA can be input to high-throughput DNA detection methods such as high-resolution DNA microarrays (MeDIP-chip) or next-generation sequencing (MeDIP-seq).
MéthanotropheUn organisme méthanotrophe (étymologiquement : « qui se nourrit de méthane ») est un procaryote (bactérie ou archée) capable de se développer en n'utilisant que le méthane comme source de carbone et d'énergie, ce qui en fait des organismes chimioautotrophes. Par extension on inclut parfois dans cette catégorie des organismes pluricellulaires (vers) qui abritent des communautés de microorganismes symbiotiques méthanotrophes et en vivent. On ne les a qu'assez récemment identifiées et on ne les connaît probablement que très partiellement.
Sol (pédologie)vignette|Le sol recèle un trésor vivant insoupçonné qui représente 50 % de la biodiversité spécifique sur la terre. En région tempérée, chaque mètre carré (sur de profondeur) abrite en moyenne animales (dont un millier d'espèces d'invertébrés constitués de près de 50 % d'acariens) comprenant, en les distinguant par leur taille, la microfaune, la mésofaune et la macrofaune. Une cuillère à café de sol, soit environ un gramme, héberge en moyenne 100 arthropodes, à , des millions de protozoaires et près d'un milliard de cellules bactériennes, issues de plus de 1 million d'espèces.
Méthyltransférasevignette|Groupe méthyle Les méthyltransférases sont un groupe d'enzymes de la famille des transférases qui, comme leur nom l'indique, transfèrent un groupe méthyle d'un donneur à un accepteur. Les méthyltransférases forment la sous-classe EC 2.1.1 dans la nomenclature EC. La méthylation se produit couramment sur les bases nucléiques de l'ADN ou sur des acides aminés d'une protéine. De nombreuses méthytransferases, les méthylases SAM-dépendantes, utilisent la S-adénosylméthionine (SAM) comme donneur, où le groupe méthyle est activé par une liaison à un atome de soufre.
Communauté bactérienneUne communauté bactérienne est un ensemble de bactéries de différentes espèces vivant dans un même biotope, qui pour certains aspects se comporte comme un tout, chaque espèce contribuant pour sa part aux fonctions de la communauté. Les plus vieilles communautés bactériennes en bon état de conservation datent de , dans le Francevillien du Gabon. Les microbialites (des roches organo-sédimentaires) vieilles d'au moins témoignent sans doute d'une plus grande ancienneté de ces communautés. Analyse des fragments
