MétabolomiqueLa métabolomique est une science très récente qui étudie l'ensemble des métabolites primaires (sucres, acides aminés, acides gras) et des métabolites secondaires dans le cas des plantes (polyphénols, flavonoïdes, alcaloïdes) présents dans une cellule, un organe ou un organisme. C'est l'équivalent de la génomique pour l'ADN. Elle utilise la spectrométrie de masse et la résonance magnétique nucléaire. Médecine : selon des chercheurs de la Harvard Medical School, les taux sanguins de cinq acides aminés (isoleucine, leucine, valine, tyrosine et phénylalanine) aideraient à prédire le risque de diabète.
MétabolomeThe metabolome refers to the complete set of small-molecule chemicals found within a biological sample. The biological sample can be a cell, a cellular organelle, an organ, a tissue, a tissue extract, a biofluid or an entire organism. The small molecule chemicals found in a given metabolome may include both endogenous metabolites that are naturally produced by an organism (such as amino acids, organic acids, nucleic acids, fatty acids, amines, sugars, vitamins, co-factors, pigments, antibiotics, etc.
CancerLe cancer est une maladie provoquée par la transformation de cellules qui deviennent anormales et prolifèrent de façon excessive. Ces cellules déréglées finissent parfois par former une masse qu'on appelle tumeur maligne. Les cellules cancéreuses ont tendance à envahir les tissus voisins et à se détacher de la tumeur initiale. Elles migrent alors par les vaisseaux sanguins et les vaisseaux lymphatiques pour aller former une autre tumeur (métastase).
Carcinome épidermoïdeUn carcinome épidermoïde ou carcinome malpighien est un carcinome développé aux dépens d'un épithélium malpighien et pouvant atteindre un épithélium malpighien, paramalpighien ou glandulaire. Ce type de cancer peut être retrouvé au niveau de plusieurs organes et s'oppose classiquement à l'adénocarcinome qui se développe aux dépens d'un épithélium glandulaire. En cancérologie humaine, le carcinome épidermoïde fait partie, avec le carcinome basocellulaire, des tumeurs malignes développées aux dépens d'un épithélium malpighien.
Gastrointestinal cancerGastrointestinal cancer refers to malignant conditions of the gastrointestinal tract (GI tract) and accessory organs of digestion, including the esophagus, stomach, biliary system, pancreas, small intestine, large intestine, rectum and anus. The symptoms relate to the organ affected and can include obstruction (leading to difficulty swallowing or defecating), abnormal bleeding or other associated problems. The diagnosis often requires endoscopy, followed by biopsy of suspicious tissue.
Recherche en oncologieLa recherche en cancérologie, ou recherche en oncologie, est l'effort scientifique intense fait depuis quelques décennies pour identifier ou comprendre les causes et co-facteurs de développement du cancer (cancérogenèse). Elle comprend des actions de recherche fondamentale et des actions de recherche appliquée. En France, les acteurs de la recherche clinique académique en cancérologie sont notamment organisés en de multiples sociétés savantes et intergroupes coopérateurs.
Cancer de l'œsophageLe cancer de l'œsophage est un cancer se développant dans la muqueuse de l'œsophage. Le type le plus fréquent est le carcinome épidermoïde de l'œsophage, souvent associé à une intoxication alcoolo-tabagique et/ou au fait de boire des boissons trop chaudes. Le deuxième type en fréquence est l'adénocarcinome. En 2016 il a peu de thérapies ciblées et le pronostic est mauvais. On distinguait 2 types de cancer (carcinomes épidermoïdes œsophagien, et adénocarcinomes œsophagiens, les premiers évoquant plus des carcinomes squameux d'autres organes que les adénocarcinomes œsophagiens).
Hereditary cancer syndromeA hereditary cancer syndrome (familial/family cancer syndrome, inherited cancer syndrome, cancer predisposition syndrome, cancer syndrome, etc.) is a genetic disorder in which inherited genetic mutations in one or more genes predispose the affected individuals to the development of cancer and may also cause early onset of these cancers. Hereditary cancer syndromes often show not only a high lifetime risk of developing cancer, but also the development of multiple independent primary tumors.
Treatment of cancerCancer can be treated by surgery, chemotherapy, radiation therapy, hormonal therapy, targeted therapy (including immunotherapy such as monoclonal antibody therapy) and synthetic lethality, most commonly as a series of separate treatments (e.g. chemotherapy before surgery). The choice of therapy depends upon the location and grade of the tumor and the stage of the disease, as well as the general state of the patient (performance status). Cancer genome sequencing helps in determining which cancer the patient exactly has for determining the best therapy for the cancer.
AdénocarcinomeUn adénocarcinome est une tumeur maligne développée aux dépens d'un épithélium glandulaire. Le terme est à distinguer de celui d'adénome qui désigne une tumeur développée aux dépens d'un épithélium glandulaire, mais bénigne. En pratique, une tumeur est reconnue comme adénocarcinome lorsque son analyse microscopique anatomo-pathologique démontre un aspect de glande (tubes glandulaires) ou la présence de sécrétions mucineuses (muco-sécrétions).
Jeux d'entrainement, de validation et de testEn apprentissage automatique, une tâche courante est l'étude et la construction d'algorithmes qui peuvent apprendre et faire des prédictions sur les données. De tels algorithmes fonctionnent en faisant des prédictions ou des décisions basées sur les données, en construisant un modèle mathématique à partir des données d'entrée. Ces données d'entrée utilisées pour construire le modèle sont généralement divisées en plusieurs jeux de données .
Cancer des voies aérodigestives supérieuresUn cancer des voies aérodigestives supérieures (ou improprement cancer de la tête et du cou) est un cancer localisé au niveau des voies aérodigestives supérieures, ce qui regroupe les sinus, les fosses nasales, le pharynx (composé du nasopharynx, de l'oropharynx et de l'hypopharynx), la cavité buccale et le larynx. Outre la localisation, ce type de cancer partage, pour un certain nombre, plusieurs éléments : survenue liée à la consommation importante d'alcool et de tabac, type histologique de carcinome épidermoïde, exploration médicale ORL stéréotypée.
Cancer colorectalLe cancer colorectal (ou colo-rectal) est une tumeur maligne de la muqueuse du côlon ou du rectum. Il peut toucher tous les segments anatomiques du gros intestin comme le caecum, le côlon ascendant, le côlon transverse, le côlon descendant, le côlon sigmoïde et le rectum mais ne concerne pas le cancer du canal anal qui est une entité distincte. Le type histologique est un adénocarcinome lieberkühnien dans la majorité des cas. Les symptômes de la maladie dépendent de l'emplacement de la tumeur et de son stade.
Cancer du poumonvignette|upright=1|Représentation en coupe tridimensionnelle par tomodensitométrie d'un poumon présentant une tumeur. vignette|upright=1|Radiographie de face du thorax montrant un probable cancer du poumon (taches claires sur le côté externe de chaque poumon). Les expressions cancer du poumon et cancer bronchique désignent au sens strict une tumeur maligne du poumon, et par extension les carcinomes pulmonaires, qui regroupent les tumeurs malignes épithéliales du poumon.
Validation croiséeLa validation croisée () est, en apprentissage automatique, une méthode d’estimation de fiabilité d’un modèle fondée sur une technique d’échantillonnage. Supposons posséder un modèle statistique avec un ou plusieurs paramètres inconnus, et un ensemble de données d'apprentissage sur lequel on peut apprendre (ou « entraîner ») le modèle. Le processus d'apprentissage optimise les paramètres du modèle afin que celui-ci corresponde le mieux possible aux données d'apprentissage.
GénomiqueLa génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'un cancer, etc. à l'échelle du génome, au lieu de se limiter à l'échelle d'un seul gène. La génomique se divise en deux branches : La génomique structurale, qui se charge du séquençage du génome entier ; La génomique fonctionnelle, qui vise à déterminer la fonction et l'expression des gènes séquencés en caractérisant le transcriptome et le protéome. La génomique est l'équivalent de la métabolomique pour les métabolites.
Microbiomevignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
Esophageal webEsophageal webs are thin membranes occurring anywhere along the esophagus. Its main symptoms are pain and difficulty in swallowing (dysphagia). Esophageal webs are thin membranes of normal esophageal tissue consisting of mucosa and submucosa that can partially protrude/obstruct the esophagus. They can be congenital or acquired. Congenital webs commonly appear in the middle and inferior third of the esophagus, and they are more likely to be circumferential with a central or eccentric orifice.
Regression validationIn statistics, regression validation is the process of deciding whether the numerical results quantifying hypothesized relationships between variables, obtained from regression analysis, are acceptable as descriptions of the data. The validation process can involve analyzing the goodness of fit of the regression, analyzing whether the regression residuals are random, and checking whether the model's predictive performance deteriorates substantially when applied to data that were not used in model estimation.
MétabolismeLe métabolisme est l'ensemble des réactions chimiques qui se déroulent à l'intérieur de chaque cellule d'un être vivant et lui permettent notamment de se maintenir en vie, de se reproduire (se diviser), de se développer et de répondre aux stimuli de son environnement (échanges par exemple). Certaines de ces réactions chimiques se déroulent en dehors des cellules de l'organisme, comme la digestion ou le transport de substances entre cellules. Cependant, la plupart de ces réactions ont lieu dans les cellules elles-mêmes et constituent le métabolisme intermédiaire.
