PseudomonasLes bactéries du genre Pseudomonas peuvent être définies par : Bacilles à Gram négatif, oxydase + ; Aérobies stricts (« Respiration nitrate » chez certaines espèces) ; Dégradant le glucose par respiration aérobie ou inerte vis-à-vis du glucose. Ils n'attaquent pas les sucres ou les attaquent par voie oxydative et non fermentative ; Généralement mobiles par ciliature polaire (monotriche ou lophotriche) ; Peu exigeantes, cultivant de ; Indole - ; Asporulés ; Colonies souvent pigmentées.
PhylogénieLa phylogenèse ou phylogénie, du grec ancien , « tribu, famille, clan » et , « création », est l'étude des liens de parenté (relations phylogénétiques ou phylétiques) entre les êtres vivants et ceux qui ont disparu : entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? », tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ; entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qu
Arbre phylogénétiquevignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.
Computational phylogeneticsComputational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.
Phylogénétique moléculairevignette|Séquençage moléculaire La phylogénétique moléculaire est l'utilisation de séquences de macromolécules biologiques pour obtenir des informations sur l'histoire évolutive des organismes vivants, et notamment sur leurs liens de parenté (leur phylogénie). C'est un important outil d'étude parmi ceux de l'évolution moléculaire. Le produit d'une analyse de phylogénétique moléculaire est soit un arbre phylogénétique, soit un graphe du réseau phylogénétique.
Maximum de parcimonieLes méthodes de maximum de parcimonie, ou plus simplement méthodes de parcimonie ou encore parcimonie de Wagner, sont une méthode statistique non-paramétrique très utilisée, notamment pour l'inférence phylogénétique. Cette méthode permet de construire des arbres de classification hiérarchique après enracinement, lesquels permettent d'obtenir des informations sur la structure de parenté d'un ensemble de taxons. Sous l'hypothèse du maximum de parcimonie, l'arbre phylogénétique « préféré » est celui qui requiert le plus petit nombre de changements évolutifs.
Phylogenetic comparative methodsPhylogenetic comparative methods (PCMs) use information on the historical relationships of lineages (phylogenies) to test evolutionary hypotheses. The comparative method has a long history in evolutionary biology; indeed, Charles Darwin used differences and similarities between species as a major source of evidence in The Origin of Species. However, the fact that closely related lineages share many traits and trait combinations as a result of the process of descent with modification means that lineages are not independent.
Bacterial taxonomyBacterial taxonomy is subfield of taxonomy devoted to the classification of bacteria specimens into taxonomic ranks. In the scientific classification established by Carl Linnaeus, each species is assigned to a genus resulting in a two-part name. This name denotes the two lowest levels in a hierarchy of ranks, increasingly larger groupings of species based on common traits. Of these ranks, domains are the most general level of categorization. Presently, scientists classify all life into just three domains, Eukaryotes, Bacteria and Archaea.
PyoverdineUne pyoverdine est un sidérophore fluorescent et un oligopeptide antibiotique produit notamment par un Pseudomonas aeruginosa et Pseudomonas fluorescens, des bactéries à Gram négatif. On en connaît actuellement une soixantaine de molécules apparentées. Les pyoverdines agissent comme facteurs de virulence des Pseudomonas. Contrairement à l'entérobactine, les pyoverdines sont des peptides non ribosomiques contenant un dérivé de la dihydroxyquinoléine.
Cladistiquevignette|300x300px|Cladogramme représentant les relations de degré de parenté entre taxons représentant les archées, les eucaryotes et les procaryotes. La cladistique (ou systématique phylogénétique) est la théorie des clades et des cladogrammes (du grec ancien , « branche »), et de la reconstruction des relations de parenté entre les êtres vivants. Un clade (groupe monophylétique) est un groupe dont tous les membres sont plus apparentés entre eux qu'avec n'importe quel autre groupe, et un cladogramme (arbre phylogénétique) est une hiérarchie de clades.
AmikacineLamikacine est un antibiotique de la classe des aminosides utilisé dans le traitement des infections bactériennes, telles les infections articulaires, intra-abdominales, la méningite, la pneumonie, la septicémie, les infections des voies urinaires ou le traitement de la tuberculose multirésistante. La molécule est administrée uniquement par injection intraveineuse ou intramusculaire. L'amikacine est une molécule proche de la kanamycine, découverte en 1971 par une équipe japonaise.
Pathogenic bacteriaPathogenic bacteria are bacteria that can cause disease. This article focuses on the bacteria that are pathogenic to humans. Most species of bacteria are harmless and are often beneficial but others can cause infectious diseases. The number of these pathogenic species in humans is estimated to be fewer than a hundred. By contrast, several thousand species are part of the gut flora present in the digestive tract.
Housekeeping geneIn molecular biology, housekeeping genes are typically constitutive genes that are required for the maintenance of basic cellular function, and are expressed in all cells of an organism under normal and patho-physiological conditions. Although some housekeeping genes are expressed at relatively constant rates in most non-pathological situations, the expression of other housekeeping genes may vary depending on experimental conditions. The origin of the term "housekeeping gene" remains obscure.
Pseudomonas putidaPseudomonas putida is a Gram-negative, rod-shaped, saprophytic soil bacterium. It has a versatile metabolism and is amenable to genetic manipulation, making it a common organism used in research, bioremediation, and synthesis of chemicals and other compounds. The Food and Drug Administration (FDA) has listed P. putida strain KT2440 as Host-vector system safety level 1 certified (HV-1), indicating that it is safe to use without any extra precautions. Thus, use of P.
Drosophila melanogasterLa drosophile ou mouche du vinaigre (Drosophila melanogaster) est une espèce d'insectes diptères brachycères de la famille des Drosophilidae. La drosophile mesure quelques millimètres de long et est connue pour pondre dans les fruits. Thomas Hunt Morgan, un embryologiste et généticien américain, était parmi les premiers à étudier sa zoologie et ses variations phénotypiques (Morgan, Bridges et Sturtevant, 1925) ; en 1933, il a reçu le prix Nobel de physiologie ou médecine pour ses découvertes sur le rôle joué par les chromosomes de la drosophile dans l’hérédité.
Culture microbienneLa culture microbienne ou culture microbiologique est une technique de laboratoire de développement contrôlé de micro-organismes, croissance in vitro, en principe d'une seule souche bactérienne. Ces cultures facilitent donc l'étude des souches bactériennes. Les techniques de culture sont nombreuses ; elles varient en fonction : de la nature du prélèvement: surfaces, pus, sécrétions, selles, organes, broyages ... des buts de l'étude: identification, dénombrement, antibiogramme...
GèneUn gène, du grec ancien (« génération, naissance, origine »), est, en biologie, une séquence discrète et héritable de nucléotides dont l'expression affecte les caractères d'un organisme. L'ensemble des gènes et du matériel non codant d'un organisme constitue son génome. Un gène possède donc une position donnée dans le génome d'une espèce, on parle de locus génique. La séquence est généralement formée par des désoxyribonucléotides, et est donc une séquence d'ADN (par des ribonucléotides formant de l'ARN dans le cas de certains virus), au sein d'un chromosome.
SpermSperm (: sperm or sperms) is the male reproductive cell, or gamete, in anisogamous forms of sexual reproduction (forms in which there is a larger, female reproductive cell and a smaller, male one). Animals produce motile sperm with a tail known as a flagellum, which are known as spermatozoa, while some red algae and fungi produce non-motile sperm cells, known as spermatia. Flowering plants contain non-motile sperm inside pollen, while some more basal plants like ferns and some gymnosperms have motile sperm.
Fermentationvignette|Fermentation industrielle. La fermentation est un processus métabolique convertissant généralement des glucides en acides, en gaz ou en alcools pour en extraire une partie de l'énergie chimique tout en ré-oxydant les coenzymes réduites par ces réactions. Il s'agit d'une voie métabolique d'oxydoréduction dans laquelle l'accepteur ultime d'électrons est souvent confondu avec le produit final des réactions. Elle se caractérise par une dégradation partielle de la substance fermentescible et ne permet qu'une production d'énergie limitée.
Gamètevignette|alt=Film d'une observation sous microscope de sperme humain au grossissement x 640, montrant l'agitation et les déplacements de nombreux spermatozoïdes|Les gamètes de l'homme sont des spermatozoïdes, petites cellules nageuses produites en grand nombre (film d'une observation sous microscope de sperme humain au grossissement x 640). Un gamète est une cellule reproductrice généralement haploïde spécialisée dans la fécondation, ou gamie (c'est-à-dire capable de fusionner avec un autre gamète, de type complémentaire le cas échéant), chez les Eucaryotes.
