Taxonomievignette|350px|La classification classique du vivant classe les êtres vivants selon une hiérarchie de groupes de plus en plus vastes. La taxonomie ou taxinomie est une branche des sciences naturelles qui a pour objet l'étude de la diversité du monde vivant. Cette activité consiste à décrire et circonscrire en termes d'espèces les organismes vivants et à les organiser en catégories hiérarchisées appelées taxons. Elle doit proposer des outils et des méthodes permettant de les identifier (notamment grâce aux clés de détermination).
TaxonomyTaxonomy is the practice and science of categorization or classification. A taxonomy (or taxonomical classification) is a scheme of classification, especially a hierarchical classification, in which things are organized into groups or types. Among other things, a taxonomy can be used to organize and index knowledge (stored as documents, articles, videos, etc.), such as in the form of a library classification system, or a search engine taxonomy, so that users can more easily find the information they are searching for.
Espècevignette| redresse=1.2| L'espèce est l'unité de base de la classification du vivant. Dans les sciences du vivant, l’espèce (du latin species, « type » ou « apparence ») est le taxon de base de la systématique. La définition la plus communément admise est celle du concept biologique : une espèce est un ensemble d'individus qui peuvent effectivement ou potentiellement se reproduire entre eux et engendrer une descendance viable et féconde, dans des conditions naturelles.
Synonyme (taxinomie)thumb|Le vampire des abysses Vampyroteuthis infernalis Chun, 1903 admet de nombreux synonymes :• Cirroteuthis macrope Berry, 1911• Vampyroteuthis macrope Berry, 1911• Melanoteuthis lucens Joubin, 1912• Watasella nigra , 1920• Danateuthis schmidti Joubin, 1929• Hansenoteuthis lucens Joubin, 1929• Melanoteuthis schmidt Joubin, 1929• Melanoteuthis beebei Robson, 1929• Retroteuthis pacifica Joubin, 1929• Melanoteuthis anderseni Joubin, 1931. Dans la nomenclature scientifique du monde vivant, les synonymes sont des noms scientifiques différents pour désigner un même taxon.
Taxonthumb|upright=1.5|Les taxons sont des entités nommées, constituées d'organismes vivants regroupés et identifiés par la taxonomie : 1-Règne 2-Embranchement 3-Classe 4-Ordre 5-Famille 6-Genre 7-Espèce Un taxon est une entité conceptuelle qui regroupe tous les organismes vivants possédant en commun certains caractères taxinomiques ou diagnostiques bien définis. Le terme dérive du terme taxonomie par troncation, et non directement du grec / táxis, « placement », « mise en ordre ».
Rang taxonomiquevignette|Principaux rangs taxinomiques. En nomenclature biologique, on nomme rangs taxinomiques, ou rangs taxonomiques, les niveaux hiérarchiques de la classification scientifique du monde vivant, qui du règne à l'espèce, forment les étages de la pyramide accueillant les taxons de la systématique d'un groupe donné d'animaux, de plantes, de champignons, de protistes, de bactéries ou d’archées.
Plant taxonomyPlant taxonomy is the science that finds, identifies, describes, classifies, and names plants. It is one of the main branches of taxonomy (the science that finds, describes, classifies, and names living things). Plant taxonomy is closely allied to plant systematics, and there is no sharp boundary between the two. In practice, "plant systematics" involves relationships between plants and their evolution, especially at the higher levels, whereas "plant taxonomy" deals with the actual handling of plant specimens.
Organisme modèleUn organisme modèle est une espèce qui est étudiée de manière approfondie pour comprendre un phénomène biologique particulier, en supposant que les résultats de ces expériences seront partiellement valables pour la connaissance d'autres organismes. Cela est possible parce que les principes biologiques fondamentaux comme les voies métaboliques, régulatoires, et développementales, et les gènes qui déterminent ces processus, sont proches de ceux observés dans des cellules humaines, qui sont souvent plus difficiles à manipuler.
Systématique évolutionnistevignette|Arbre à « bulles », ici stylisé, typique de la systématique évolutionniste. La systématique évolutionniste, ou simplement évolutionnisme, appelée aussi systématique évolutive, éclectique ou synthétiste, est une école de systématique, et plus particulièrement de taxonomie (désignée dans ce cas par taxinomie ou taxonomie évolutive), qui a pour finalité d'établir une classification phylogénétique tenant compte à la fois de la généalogie des espèces et de leurs distances phénotypiques (notamment leurs différents plans d'organisation).
Bacterial taxonomyBacterial taxonomy is subfield of taxonomy devoted to the classification of bacteria specimens into taxonomic ranks. In the scientific classification established by Carl Linnaeus, each species is assigned to a genus resulting in a two-part name. This name denotes the two lowest levels in a hierarchy of ranks, increasingly larger groupings of species based on common traits. Of these ranks, domains are the most general level of categorization. Presently, scientists classify all life into just three domains, Eukaryotes, Bacteria and Archaea.
Folk taxonomyA folk taxonomy is a vernacular naming system, as distinct from scientific taxonomy. Folk biological classification is the way people traditionally describe and organize the world around them, typically making generous use of form taxa such as "shrubs", "bugs", "ducks", "fish", "algae", "vegetables", or of economic criteria such as "game animals", "pack animals", "weeds" and other like terms. Folk taxonomies are generated from social knowledge and are used in everyday speech.
Lois de MendelLes lois de Mendel sont trois lois concernant les principes de l'hérédité biologique, énoncées par le moine et botaniste de nationalité austro-hongroise Gregor Mendel (1822-1884). La redécouverte des lois de Mendel en 1900, puis leur combinaison avec la découverte des chromosomes, considérés comme le support physique de l'hérédité, est à l'origine de la fondation de la génétique formelle au début du . À la suite de la démonstration du rôle du hasard et de l'environnement dans les phénomènes biologiques, ces lois sont aujourd'hui remises en cause par le biologiste français Jean-Jacques Kupiec.
Nomenclature botaniqueLa nomenclature botanique et mycologique est une discipline non scientifique de droit botanique qui a pour objet d'édicter les règles permettant de former les noms de taxons des organismes « considérés comme plantes », et de déterminer leur priorité relative lorsque plusieurs d'entre eux sont en concurrence. Ces règles sont publiées dans un document mis à jour tous les six ans : le Code international de nomenclature botanique (CINB), qui est la traduction française (non officielle) de lInternational Code of Botanical Nomenclature (ICBN).
ProtistaLes protistes, sont des microorganismes eucaryotes à organisation cellulaire dite simple, unicellulaire le plus souvent, multicellulaire parfois mais sans tissus spécialisés. Ce sont des Eucaryotes autres qu'un animal (Animalia), un champignon (Fungi) ou une plante (Plantae). Ce groupe est très hétérogène, tant du point de vue anatomique que physiologique. Certains protistes sont des organismes autotrophes (on parlait de protophytes), d'autres sont hétérotrophes (appelés protozoaires) et d'autres encore sont mixotrophes comme certains dinoflagellés.
Hérédité non mendélienneEn génétique, l'hérédité non mendélienne incluant l'hérédité mitochondriale ou hérédité cytoplasmique désigne la transmission héréditaire d'un trait d'un organisme à sa descendance sans altération de la séquence génétique du génome nucléaire. On emploie ce terme par opposition à l'hérédité mendélienne qui est la forme la plus connue de transmission génétique dont les lois ont notamment été découvertes par Gregor Mendel au .
Unité taxonomique opérationnelleEn biologie, une Unité Taxonomique Opérationnelle (abrégée en OTU, d'après l'anglais Operational Taxonomic Unit), est une définition opérationnelle utilisée pour regrouper des individus phylogénétiquement proches. Le terme a été créé par Robert R. Sokal et Peter H. A. Sneath dans le contexte de la taxonomie numérique, et désigne un groupe d'individus étudiés, présentant des similarités. Aujourd'hui, le terme OTU désigne un regroupement d'organismes, généralement non cultivés ou non identifiés, regroupés sur la base de la similarité de la séquence d'ADN d'un gène donné, qui sert de marqueur taxonomique.
Linnaean taxonomyLinnaean taxonomy can mean either of two related concepts: The particular form of biological classification (taxonomy) set up by Carl Linnaeus, as set forth in his Systema Naturae (1735) and subsequent works. In the taxonomy of Linnaeus there are three kingdoms, divided into classes, and they, in turn, into lower ranks in a hierarchical order. A term for rank-based classification of organisms, in general. That is, taxonomy in the traditional sense of the word: rank-based scientific classification.
HéréditéL’ est la transmission, au sein d'une espèce vivante ou d'une lignée de cellules, de caractéristiques d'une génération à la suivante. Les mécanismes de l'hérédité sont au cœur de la théorie de l'évolution car ils permettent l'accumulation des variations au fil des générations qui conduit à l'apparition de nouvelles espèces. En général, on associe l'hérédité aux gènes tels qu'ils furent découverts par Gregor Mendel mais d'autres mécanismes dits non mendéliens et épigénétiques peuvent aussi intervenir dans la transmission des caractères biologiques.
Espèce envahissantevignette|Renouée du Japon et autres plantes exotiques envahissantes qui affectent les écosystèmes indigènes. thumb| Miconia calvescens, originaire d'Amérique centrale est pointée dans l'accélération de l'érosion de la biodiversité d'archipels du Pacifique comme Hawaii. thumb|En Europe, les (Trachemys spp.) et autres émydidées nord-américaines relâchées par leurs propriétaires dans la nature pourraient concurrencer les espèces natives comme la cistude.
Morphologie végétaleLa morphologie végétale est la partie de la botanique qui consiste à décrire la forme et la structure externe des plantes et de leurs organes. Elle se distingue de l'anatomie, qui s'intéresse à la structure interne des plantes. Le développement de cette science est lié à celui de la systématique, qui a conduit à une description précise et minutieuse des différents organes des plantes, notamment les racines, les tiges, les feuilles et les fleurs, et donné naissance à un vocabulaire botanique très riche et très spécialisé.
