Freshwater biologyFreshwater biology is the scientific biological study of freshwater ecosystems and is a branch of limnology. This field seeks to understand the relationships between living organisms in their physical environment. These physical environments may include rivers, lakes, streams, ponds, lakes, reservoirs, or wetlands. Knowledge from this discipline is also widely used in industrial processes to make use of biological processes involved with sewage treatment and water purification.
Zone néritiquethumb|Les sargasses vivent dans la zone néritique. La zone néritique est la partie de l'océan qui s'étend à partir du niveau de la marée basse jusqu'au bord du plateau continental, avec des eaux de faible profondeur, jusqu'à (cf. épipélagique). La zone néritique dispose généralement d'une eau bien oxygénée, à faible pression et avec une température et une salinité relativement stables. Tout ceci, combiné à la présence de la lumière et à la vie photosynthétique qui en résulte, notamment via le phytoplancton et les sargasses flottantes, fait de la zone néritique une zone privilégiée pour la vie marine.
Freshwater ecosystemFreshwater ecosystems are a subset of Earth's aquatic ecosystems. They include lakes, ponds, rivers, streams, springs, bogs, and wetlands. They can be contrasted with marine ecosystems, which have a larger salt content. Freshwater habitats can be classified by different factors, including temperature, light penetration, nutrients, and vegetation. There are three basic types of freshwater ecosystems: Lentic (slow moving water, including pools, ponds, and lakes), lotic (faster moving water, for example streams and rivers) and wetlands (areas where the soil is saturated or inundated for at least part of the time).
Phylogénétique moléculairevignette|Séquençage moléculaire La phylogénétique moléculaire est l'utilisation de séquences de macromolécules biologiques pour obtenir des informations sur l'histoire évolutive des organismes vivants, et notamment sur leurs liens de parenté (leur phylogénie). C'est un important outil d'étude parmi ceux de l'évolution moléculaire. Le produit d'une analyse de phylogénétique moléculaire est soit un arbre phylogénétique, soit un graphe du réseau phylogénétique.
Biodiversité marineLa biodiversité marine est l'ensemble de la diversité biologique propre aux océans ou en dépendant très directement. Elle est en forte régression (du point de vue de la richesse trophique notamment) depuis plus de , incontestablement du fait des activités humaines et en particulier du fait de la surpêche et de la pollution et artificialisation des fleuves, estuaires, ports et zones côtières. thumb|left|Animaux marins.
Rocky shoreA rocky shore is an intertidal area of seacoasts where solid rock predominates. Rocky shores are biologically rich environments, and are a useful "natural laboratory" for studying intertidal ecology and other biological processes. Due to their high accessibility, they have been well studied for a long time and their species are well known. Marine habitats#Rocky shores Many factors favour the survival of life on rocky shores. Temperate coastal waters are mixed by waves and convection, maintaining adequate availability of nutrients.
Marine habitatA marine habitat is a habitat that supports marine life. Marine life depends in some way on the saltwater that is in the sea (the term marine comes from the Latin mare, meaning sea or ocean). A habitat is an ecological or environmental area inhabited by one or more living species. The marine environment supports many kinds of these habitats. Marine habitats can be divided into coastal and open ocean habitats. Coastal habitats are found in the area that extends from as far as the tide comes in on the shoreline out to the edge of the continental shelf.
LittoralLe littoral est la bande de terre constituant la zone comprise entre une étendue maritime et la terre ferme, le continent, ou l'arrière-pays. Son exacte définition est cependant difficile à déterminer compte tenu des différents concepts qui lui sont accordés (exemples : géographiques, géomorphologiques, océanographiques, biologiques, juridiques, populaires) . Selon les échelles retenues, le littoral peut s'étendre de quelques centaines de mètres à plusieurs kilomètres de part et d'autre de la limite terre-eau ou au sens strict, correspondre à l'estran.
Biologie marinevignette|redresse=1.1|Les écosystèmes marins comptent parmi les plus complexes, les plus répandus et les moins bien connus de notre planète. La biologie marine est l'étude scientifique des organismes et écosystèmes marins, littoraux et estuariens ou d’organismes indirectement liés à l'eau de mer (oiseaux marins par exemple). La biologie marine diffère de l'écologie marine. En écologie marine, les chercheurs se concentrent sur la façon dont les organismes interagissent les uns avec les autres et l'environnement, tandis qu’en biologie marine, les chercheurs étudient l’organisme lui-même.
Marine microorganismsMarine microorganisms are defined by their habitat as microorganisms living in a marine environment, that is, in the saltwater of a sea or ocean or the brackish water of a coastal estuary. A microorganism (or microbe) is any microscopic living organism or virus, that is too small to see with the unaided human eye without magnification. Microorganisms are very diverse. They can be single-celled or multicellular and include bacteria, archaea, viruses and most protozoa, as well as some fungi, algae, and animals, such as rotifers and copepods.
PhylogénieLa phylogenèse ou phylogénie, du grec ancien , « tribu, famille, clan » et , « création », est l'étude des liens de parenté (relations phylogénétiques ou phylétiques) entre les êtres vivants et ceux qui ont disparu : entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? », tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ; entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qu
Mare résiduellethumb|250px|Des chitons, des algues vertes et des algues rouges corallines sont visibles sur cette mare résiduelle à San Diego, en Californie. thumb|250px|Cette mare résiduelle en Californie renferme un nudibranche (Acanthodoris lutea) pondant ses œufs. On appelle couramment mare résiduelle (ou flaque de marée) les petites mares d'eau stagnante formées dans des cavités rocheuses ou vaseuses après le passage d'une marée (d'où le nom, en espagnol, de pozas de marea, littéralement « point d'eau de marée »).
Computational phylogeneticsComputational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.
Maximum de parcimonieLes méthodes de maximum de parcimonie, ou plus simplement méthodes de parcimonie ou encore parcimonie de Wagner, sont une méthode statistique non-paramétrique très utilisée, notamment pour l'inférence phylogénétique. Cette méthode permet de construire des arbres de classification hiérarchique après enracinement, lesquels permettent d'obtenir des informations sur la structure de parenté d'un ensemble de taxons. Sous l'hypothèse du maximum de parcimonie, l'arbre phylogénétique « préféré » est celui qui requiert le plus petit nombre de changements évolutifs.
Marine virusesMarine viruses are defined by their habitat as viruses that are found in marine environments, that is, in the saltwater of seas or oceans or the brackish water of coastal estuaries. Viruses are small infectious agents that can only replicate inside the living cells of a host organism, because they need the replication machinery of the host to do so. They can infect all types of life forms, from animals and plants to microorganisms, including bacteria and archaea.
Inférence bayésienne en phylogénieL'inférence bayésienne de la phylogénie est la combinaison des informations dans l'a priori et dans la vraisemblance des données pour créer la soi-disant probabilité postérieure des arbres, qui est la probabilité que l'arbre soit correct compte tenu des données, de l'a priori et du modèle de vraisemblance. L'inférence bayésienne a été introduite dans la phylogénétique moléculaire dans les années 1990 par trois groupes indépendants : Bruce Rannala et Ziheng Yang à Berkeley, Bob Mau à Madison, et Shuying Li à l'Université de l'Iowa, les deux derniers étant doctorants à l'époque.
ProtistaLes protistes, sont des microorganismes eucaryotes à organisation cellulaire dite simple, unicellulaire le plus souvent, multicellulaire parfois mais sans tissus spécialisés. Ce sont des Eucaryotes autres qu'un animal (Animalia), un champignon (Fungi) ou une plante (Plantae). Ce groupe est très hétérogène, tant du point de vue anatomique que physiologique. Certains protistes sont des organismes autotrophes (on parlait de protophytes), d'autres sont hétérotrophes (appelés protozoaires) et d'autres encore sont mixotrophes comme certains dinoflagellés.
Eau douceL'eau douce est une eau dont la salinité est très faible ou inexistante, par opposition à l'eau de mer et à l'eau saumâtre. C'est l'eau de pluie, l'eau des rivières, des lacs, des nappes phréatiques, des glaciers, des tourbières Sa très faible salinité permet sa consommation. C'est un critère de potabilité essentiel. Une eau douce contient généralement moins d'un gramme de matières solides dissoutes (comme les sels, métaux et éléments nutritifs) par litre.
Marine prokaryotesMarine prokaryotes are marine bacteria and marine archaea. They are defined by their habitat as prokaryotes that live in marine environments, that is, in the saltwater of seas or oceans or the brackish water of coastal estuaries. All cellular life forms can be divided into prokaryotes and eukaryotes. Eukaryotes are organisms whose cells have a nucleus enclosed within membranes, whereas prokaryotes are the organisms that do not have a nucleus enclosed within a membrane.
Marine ecosystemMarine ecosystems are the largest of Earth's aquatic ecosystems and exist in waters that have a high salt content. These systems contrast with freshwater ecosystems, which have a lower salt content. Marine waters cover more than 70% of the surface of the Earth and account for more than 97% of Earth's water supply and 90% of habitable space on Earth. Seawater has an average salinity of 35 parts per thousand of water. Actual salinity varies among different marine ecosystems.
