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Publications associées (17)

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Sequence-dependent structural properties of B-DNA: what have we learned in 40 years?

John Maddocks, Daiva Petkeviciute, Paolo Carloni, Marco Pasi, Rahul Sharma

The structure of B-DNA, the physiological form of the DNA molecule, has been a central topic in biology, chemistry and physics. Far from uniform and rigid, the double helix was revealed as a flexible and structurally polymorphic molecule. Conformational ch ...

Springernature2021

Accuracy of Molecular Simulation-Based Predictions of k(off) Values: A Metadynamics Study

Ursula Röthlisberger, Michele Parrinello, Paolo Carloni, Simone Meloni, Viacheslav Bolnykh

The k(off) values of ligands unbinding to proteins are key parameters for drug discovery. Their predictions based on molecular simulation may under- or overestimate experiment in a system- and/or technique-dependent way. Here we use an established method-i ...

AMER CHEMICAL SOC2020

Biomolecular Simulation: a Perspective from High Performance Computing

Ursula Röthlisberger, Paolo Carloni, Viacheslav Bolnykh

High-Performance Computing is impacting on all biomedical sciences, including molecular biophysics. Here, we describe general parallel computing strategies (multi-threading and distributed computing) used in all the natural sciences, including molecular bi ...

WILEY-V C H VERLAG GMBH2020