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Publications associées (6)

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Sequence-dependent structural properties of B-DNA: what have we learned in 40 years?

John Maddocks, Daiva Petkeviciute, Paolo Carloni, Marco Pasi, Rahul Sharma

The structure of B-DNA, the physiological form of the DNA molecule, has been a central topic in biology, chemistry and physics. Far from uniform and rigid, the double helix was revealed as a flexible and structurally polymorphic molecule. Conformational ch ...

Springernature2021

The static and dynamic structural heterogeneities of B-DNA: extending Calladine-Dickerson rules

John Maddocks, Daiva Petkeviciute, Alessandro Samuele Patelli, Marco Pasi

We present a multi-laboratory effort to describe the structural and dynamical properties of duplex B-DNA under physiological conditions. By processing a large amount of atomistic molecular dynamics simulations, we determine the sequence-dependent structura ...

Oxford University Press (OUP)2019

Analyzing ion distributions around DNA: sequence-dependence of potassium ion distributions from microsecond molecular dynamics

John Maddocks, Marco Pasi

Microsecond molecular dynamics simulations of B-DNA oligomers carried out in an aqueous environment with a physiological salt concentration enable us to perform a detailed analysis of how potassium ions interact with the double helix. The oligomers studied ...

Oxford University Press2015